| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,232,465 | G→C | 100% | A124P (GCG→CCG) | USA300HOU_1157 → | non‑specific serine/threonine protein kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,232,465 | 0 | G | C | 98.0% | 49.2 / ‑6.4 | 19 | A124P (GCG→CCG) | USA300HOU_1157 | non‑specific serine/threonine protein kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (8/10); minor base A (0/1); total (8/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AGAAGATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATGCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCA > CP000730/1232329‑1232598 | agaagaTGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATccgc < 2:22643/140‑1 (MQ=255) agaTGACTGGTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGTCTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATg < 2:136737/140‑1 (MQ=255) agcaCTGTTACTACTTAGTAATGGAAAAAATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTGAACATCCGCATGat < 1:152322/137‑1 (MQ=255) tactacTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGcatgt > 1:132904/1‑136 (MQ=255) actTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTa > 2:225027/1‑140 (MQ=255) ataaCGAAGGTCCGAATTGGGCTGAGGATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATGAAg < 2:10038/140‑1 (MQ=255) tgccGATTTTGTCGGAGGATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGTCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAat < 2:291080/138‑1 (MQ=255) tatTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACACCCGTATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATa < 2:37756/140‑1 (MQ=255) aaGTCATGGGACAATAAGTGTTAACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGt < 1:32967/140‑1 (MQ=255) aTGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGTTATTTAGCCACTAAATATATTAATTTAAAGCAATAAAACGTTGaaa > 1:118287/1‑140 (MQ=255) gCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAATACATGTATTACATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAatat < 1:239170/140‑1 (MQ=255) aGTGTTGAAACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTCAAAATATTTGAttt < 1:151748/140‑1 (MQ=255) tGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGaa < 1:27979/140‑1 (MQ=255) aGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTa > 1:250947/1‑140 (MQ=255) aaacAAATATTGGAAGGCATAAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGAc < 1:282099/137‑1 (MQ=255) atatTGGATGGCATTAAACATACGAATGATATGCGTATTGTAAATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCttt < 1:121707/140‑1 (MQ=255) ttGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAAc > 2:129234/1‑140 (MQ=255) tGGAAGGCAAAAAACATCCGAATGATATGCGTATTGTACATAGAGATGTTAACCCACAAAATCTTGTAATTAACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATCTTGGAATTGCTTAAGCGATAAGTGAGACGTCTTTaatt > 2:186705/1‑138 (MQ=255) aTGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATCTGATTATGGAATTGCGAAAGCTATAAGTGAGACGTCTTTAACTCAg > 1:122057/1‑140 (MQ=255) aaaCATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCa > 1:122491/1‑140 (MQ=255) | AGAAGATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATGCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCA > CP000730/1232329‑1232598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |