| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,481,355 | G→T | 100% | A6890E (GCA→GAA) | ebh ← | extracellular matrix binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,481,355 | 0 | G | T | 96.2% | 69.8 / ‑5.9 | 28 | A6890E (GCA→GAA) | ebh | extracellular matrix binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base T (9/17); total (11/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGC > CP000730/1481223‑1481491 | gCTGTATTCAGTTCCTGGTCGGTTTGAATGTCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGtt < 2:190014/140‑1 (MQ=255) ttCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTAAAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACGTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTCACGTGGATAATGTTTGGTTTTCGTTGTTTTTAga > 2:91911/1‑139 (MQ=255) aaTGTCTTGCGTTATGTCCGCTACCGTGTGTGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACTTTTTTGTGCATTGTTTAACTTATCTATCCTAGATAAGGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCat < 2:32071/140‑2 (MQ=255) gCTTGCGTTACTTCAGCTAAAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCAACTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCTTCTGTTACTTTTCTATCACCAtt > 1:188798/1‑140 (MQ=255) gCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCacc > 2:229755/1‑138 (MQ=255) gtttACTTCAGTGACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTTCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACg < 2:153428/138‑1 (MQ=255) cAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAgtt < 1:191065/140‑1 (MQ=255) gtgtGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGCGCATTGTTTAAGATATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCCTGTTTCGTAgttgt > 2:245856/1‑140 (MQ=255) gTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTTCTGCTTCAAc < 2:196565/140‑1 (MQ=255) tAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACt < 2:278050/140‑1 (MQ=255) taCCTTTTTGTGTTTTGTTTAACTTTTCTAACGTAGATAATTTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCCATTCTCGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGAt < 1:127647/139‑1 (MQ=255) cTTTTTTTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTgg < 2:230994/140‑1 (MQ=255) ttGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATTATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCg < 1:175310/140‑1 (MQ=255) ttGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCg < 2:267621/140‑1 (MQ=255) aTTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTg < 1:31051/140‑1 (MQ=255) gTTTAAGTTATCTAACGTATATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTAc < 1:60849/140‑1 (MQ=255) aaGTTATCTAACGTAGATAATGTTTTGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAtt < 1:209502/140‑1 (MQ=255) ttATCTATCGTAGATAATGTTTGTTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGc < 2:55586/140‑1 (MQ=255) aacTAACATAGATACTGTTTGGATTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCCACTCACGGTTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCtt > 2:60293/3‑140 (MQ=255) aTCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTTAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTTTGCTTGGTTGGAATTTGTTACATTTGCtt > 2:180909/1‑140 (MQ=255) cTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGa > 2:47793/1‑140 (MQ=255) aaCGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGAtt > 1:105474/1‑140 (MQ=255) aaCGGAGATAATGATTGGTTTGCAGTGTTATGAGCATCGGTTACTTGTCTATCACCATTCAACGCTGGGTTCGTAGTACAGGCAGTGGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGGACCATTTGCTTGAtt > 2:73097/1‑140 (MQ=255) aCGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTCCAGTTGTAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCGTTTGTAACATTTGCTGGATta > 1:105242/1‑140 (MQ=255) gTAGATAAAGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTCGATaaat > 2:172982/1‑140 (MQ=255) aGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaataa < 1:263069/140‑1 (MQ=255) aaTTTTTGGTTTTCATTGGTTTTAGCCTCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAATTTGTGATTTGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAtt < 2:48870/140‑1 (MQ=255) aTGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCACCTGTTAATTTTTTATCTCCATTCTACGCTTGTATGGTCGTTGTGAGAGTAGACAGTGAACGTAAAACTTTTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAttt < 1:139621/140‑1 (MQ=255) tggttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTcagc > 2:235378/1‑140 (MQ=255) ttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTcagaagc > 2:41948/1‑140 (MQ=255) | GCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGC > CP000730/1481223‑1481491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |