| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,646,189 | G→C | 100% | A155G (GCA→GGA) | USA300HOU_1531 ← | M24B family Xaa‑Pro dipeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,646,189 | 0 | G | C | 96.2% | 75.4 / ‑5.9 | 27 | A155G (GCA→GGA) | USA300HOU_1531 | M24B family Xaa‑Pro dipeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (8/16); minor base T (1/1); total (10/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACG > CP000730/1646058‑1646325 | cACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATTACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTaca < 1:79343/140‑1 (MQ=255) tcgtGCCACACCATGTTGTAATGCACCTCTATGCCCAGATGTTACAATCGTATCGAATGATGGTCTATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTacaa < 2:92997/137‑1 (MQ=255) aCTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTTGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTacaa < 2:222903/140‑1 (MQ=255) ttGCAACTCCATGTGGTAATGCTCCATTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTacaaca < 1:191101/140‑1 (MQ=255) ttGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTacaaca < 1:243474/140‑1 (MQ=255) gTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTAAAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCa < 1:262132/140‑1 (MQ=255) tAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTACTATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAatataataaa < 2:146845/140‑6 (MQ=255) aTGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCATTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTTCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCatat > 1:230968/1‑140 (MQ=255) tATGACCAGATTCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtcatca < 1:215324/140‑1 (MQ=255) cAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAata > 2:279801/1‑140 (MQ=255) gCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgc < 1:279801/140‑1 (MQ=255) ttCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTTGCTTTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCttt < 1:105319/139‑1 (MQ=255) ggTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTNATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAt < 1:234197/140‑1 (MQ=255) cTAATTCCAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCt > 1:105591/1‑140 (MQ=255) tCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGAACCTTTGAc > 1:71920/1‑140 (MQ=255) tttCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTa > 1:285544/1‑140 (MQ=255) gcgtagtttaccTTTAATTCTTTTGCAGTCATGCCTCCTTTTACAACATTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAACATTAGCTGCTTGTTTAATTAAAGCAATTTCGCCAGCATCTTTGACCTCTCTAATTTTATc < 2:189782/130‑1 (MQ=255) atTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGt > 2:94432/1‑140 (MQ=255) ttGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTa > 1:121520/1‑140 (MQ=255) aaTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAAt > 1:287820/1‑140 (MQ=255) aTTCTTTTTTCGTCATGTCTCCTTTTAGAACAGTTAAAATATATTCAGATGTTTCATCAACAATATTAGCTGTTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTGAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGTAATg < 2:105591/140‑1 (MQ=255) tCTTTTTCAGTCATGCCTCCTGTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCt < 1:275951/140‑1 (MQ=255) cTTTTTCAGGCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAGTTTTATCTACAGTATTAGAAATGCtt < 2:173731/140‑1 (MQ=255) cAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATTTGTTTCATTAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAAt < 1:18128/140‑1 (MQ=255) aGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTACTTGTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACTTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATg > 2:217269/1‑140 (MQ=255) tCATGACTACTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGGTTCATGAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGGAATTTCGTCAGAATCTTTGAAGTCTGTAATTTTATCTTACGTATGAGAAATGATTATTAATGat > 2:119720/1‑140 (MQ=255) gCCTTCTTTTACAATAGTTAAATTATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATCTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATAc < 2:90309/140‑1 (MQ=255) cctcctTTTACAACTGTTAAAATATATTTATATGTTTTATCAACAATATTAGTTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCTGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACg < 1:41167/140‑1 (MQ=255) | CACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAATATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACG > CP000730/1646058‑1646325 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |