BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP000730	36,087	A→G	63.5%	C155C (TGT→TGC)	USA300HOU_0026 ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	36,087	0	A	G	63.5%	526.0 / inf	608	C155C (TGT→TGC)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (124/97); new base G (205/173); total (331/277)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01

Only 100 of 608 total aligned reads displayed.

TTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAT  >  CP000730/35948‑36226

   tatataGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGt                                                                                                                                         <  2:307910/141‑1 (MQ=255)

   tatataGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGt                                                                                                                                         <  1:170088/141‑1 (MQ=255)

   tatataGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGt                                                                                                                                         <  1:341115/141‑1 (MQ=255)

       taGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGAAGGTAATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATAGTTCGATGTACAATGGCAGTCAgg                                                                                                                                     >  2:346881/1‑141 (MQ=14)

         gagCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACATTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGCTGTTTCGATGTACAATGGcaggcagggt                                                                                                                                   >  1:28306/1‑139 (MQ=14)

          agCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgttt                                                                                                                                  >  1:200787/1‑141 (MQ=255)

          agCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgttt                                                                                                                                  >  1:343075/1‑141 (MQ=255)

               aaaTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagtt                                                                                                                             >  2:110616/1‑141 (MQ=255)

               aaaTACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACATTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCACTGAGGGTATTCAAATATTTCGATGTACAATTGCAGTCAGgtttaagtt                                                                                                                             >  1:26171/1‑141 (MQ=11)

                aaTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagttt                                                                                                                            >  1:111820/1‑141 (MQ=255)

                aaTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagttt                                                                                                                            <  2:213572/141‑1 (MQ=255)

                aaTACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaagttt                                                                                                                            >  1:223562/1‑141 (MQ=255)

                aaTACACTCAATACCGTTTAAAGTATTCTTTGCTGTACTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTAAATGCGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttacgttt                                                                                                                            <  1:269579/141‑1 (MQ=14)

                  tACATTCAATACCTTTTAAGGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagtttaa                                                                                                                          >  1:228553/1‑141 (MQ=255)

                  tACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagtttaa                                                                                                                          >  2:270525/1‑141 (MQ=255)

                  tACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACATTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaagtttaa                                                                                                                          >  2:280760/1‑141 (MQ=255)

                    cactCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaagtttaaca                                                                                                                        >  2:361611/4‑139 (MQ=255)

                    caccccattccTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTaaaa                                                                                                                        <  2:47845/132‑1 (MQ=255)

                     aTTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTATGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTGATTCAGATATTGTGATGTACAATGACAGTCGGGATTAAGTTTAAAAg                                                                                                                       >  2:275052/1‑141 (MQ=14)

                      ttCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGc                                                                                                                      <  2:357674/141‑1 (MQ=255)

                          aTACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTa                                                                                                                  <  2:227028/141‑1 (MQ=255)

                          aTACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTa                                                                                                                  <  1:49538/141‑1 (MQ=255)

                           tACCTTTTTCAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTaa                                                                                                                 <  1:258196/141‑1 (MQ=255)

                            aCCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTAGATGTAAAAAGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAt                                                                                                                >  1:6010/1‑141 (MQ=255)

                                tttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTTTTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTGTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACt                                                                                                            >  2:249465/1‑141 (MQ=255)

                                       tATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTATTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTGAGGTTTAAGTTTACAAGCTTTAATTAATTTaacaa                                                                                                     >  2:199667/1‑137 (MQ=14)

                                        aTTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGATAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATAATTTTAGCCAt                                                                                                    >  2:194765/1‑141 (MQ=14)

                                        aTTCTTTGCCGTATTGATACTTTGAAATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCAt                                                                                                    >  1:191509/1‑141 (MQ=255)

                                          tccttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                  <  1:327665/138‑1 (MQ=255)

                                          tCTTTGCTGTACTGATACTTTGATTCCTCGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                  <  1:179059/141‑1 (MQ=14)

                                             ttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTa                                                                                               >  2:323184/1‑141 (MQ=255)

                                             ttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTa                                                                                               >  2:173894/1‑141 (MQ=255)

                                              tgctgcATTGATACTTTTATTCCTTGCCTTTCGTACTTTAATAAGTCGGTGTTTTTGCTCAACGAGGTTATTCAGATATCTCGATTTACAATGCCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTCATTTCTCTAACCATAGCTAc                                                                                              <  2:10495/141‑1 (MQ=9)

                                               tcTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCATGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                             <  1:121967/140‑1 (MQ=255)

                                               gccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtgcc                                                                                             <  1:116098/138‑4 (MQ=255)

                                               gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTAcc                                                                                             >  2:59291/1‑141 (MQ=40)

                                                    aTTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTCCTACCTTCGt                                                                                        >  2:13967/1‑141 (MQ=255)

                                                     ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                       >  1:347908/1‑141 (MQ=255)

                                                     ttGAGACTTTGCTACCTTGTCTTTCTTAATTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAGGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcgttcgtt                                                                                       >  1:7559/1‑141 (MQ=11)

                                                      tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTg                                                                                      <  2:381790/141‑1 (MQ=255)

                                                       gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                     >  2:158247/1‑141 (MQ=255)

                                                        aTACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGaa                                                                                    >  2:165884/1‑141 (MQ=255)

                                                         tACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAGGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAg                                                                                   >  1:393/1‑141 (MQ=255)

                                                         tACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAg                                                                                   <  1:204574/141‑1 (MQ=255)

                                                         tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtcaaag                                                                                   >  2:221481/1‑136 (MQ=255)

                                                         tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                   >  1:13595/1‑141 (MQ=255)

                                                          aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATACTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                  <  2:284465/141‑1 (MQ=255)

                                                           cTTTGATACCTTTTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGt                                                                                 <  1:209959/141‑1 (MQ=255)

                                                           cTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAgtt                                                                                 >  2:125525/1‑139 (MQ=38)

                                                            tttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTg                                                                                <  2:4239/141‑1 (MQ=255)

                                                            tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                <  1:275492/141‑1 (MQ=255)

                                                             ttGATACCTTGTCTTTCTTGCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTAAATGAGGTTACTCAAATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                               <  2:256736/141‑1 (MQ=255)

                                                             ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                               <  1:355400/141‑1 (MQ=255)

                                                              tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCCGTCCAGCTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGcc                                                                              <  1:166310/141‑1 (MQ=11)

                                                              tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGcc                                                                              >  1:291477/1‑141 (MQ=255)

                                                              tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGcc                                                                              >  1:379513/1‑141 (MQ=255)

                                                                aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                            >  1:238218/1‑141 (MQ=255)

                                                                aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGACTg                                                                            >  2:233500/1‑141 (MQ=255)

                                                                   ccTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATc                                                                         >  1:128540/1‑141 (MQ=255)

                                                                    cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCt                                                                        <  1:69816/141‑1 (MQ=255)

                                                                        tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                    >  1:156536/1‑141 (MQ=255)

                                                                        tatttcttACTTCAATAAGACGGTGATCTTGCTAAATGAGGTTATTCATATAGTTCGATGTACAATGGCAGTGAGGATTAAGTTTAAAAGCTTCAATGACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGGTGTGTaa                                                                    >  2:118121/3‑141 (MQ=11)

                                                                          tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGTGCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaact                                                                  <  2:37219/141‑3 (MQ=11)

                                                                          tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                  <  1:131420/141‑1 (MQ=255)

                                                                            tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc                                                                >  2:337451/1‑141 (MQ=255)

                                                                            tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTAc                                                                <  2:297319/141‑1 (MQ=255)

                                                                              ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTCCCt                                                              >  1:143219/1‑141 (MQ=255)

                                                                                acttcgatatGAAGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTACTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTACAAGCTTTAATTACTTTACCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttt                                                            <  1:95860/135‑1 (MQ=11)

                                                                                aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCttt                                                            <  1:80189/141‑1 (MQ=255)

                                                                                   ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGa                                                         <  1:308600/141‑1 (MQ=255)

                                                                                    tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTGACTACCTTTTGAg                                                        >  1:10135/1‑141 (MQ=255)

                                                                                     aaTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAgg                                                       <  1:295419/141‑1 (MQ=255)

                                                                                       tatGACGGTTACCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggct                                                     <  1:43884/141‑3 (MQ=11)

                                                                                         tGACGGTGATCTTGCTCAATGGGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTa                                                   >  2:91399/1‑141 (MQ=11)

                                                                                         tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGGGGcttc                                                   >  1:303417/1‑140 (MQ=11)

                                                                                          gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                  <  1:366709/141‑1 (MQ=25)

                                                                                           aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                 <  2:294514/141‑1 (MQ=255)

                                                                                           aCGGTGATCTTGCCAAATGGGTTTATTCAGTTATTTAGCTGTCAGCTGCAGGTAGGGTTGGAGTTTAAGAGCTTTAATTATTTTAGCTGGTGTTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAcc                                                 <  2:80542/141‑1 (MQ=2)

                                                                                            cGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTTAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTGAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCa                                                <  1:233854/141‑1 (MQ=255)

                                                                                            cGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCa                                                <  1:85201/141‑1 (MQ=18)

                                                                                             ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                               >  2:24431/1‑141 (MQ=17)

                                                                                                 aTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTTTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTg                                           <  2:350413/141‑1 (MQ=12)

                                                                                                  tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                          >  2:88310/1‑141 (MQ=17)

                                                                                                  tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                          <  2:330339/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                   cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                         >  1:286461/1‑141 (MQ=17)

                                                                                                         cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATga                                   <  2:313344/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                           aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgaga                                 <  1:323184/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                             gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                               <  2:301885/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                                gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                            <  1:19621/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                                gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTTCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTACTGATACGttt                            >  1:173427/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                                gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                            <  1:315910/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                                            tttCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCata                >  1:333722/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                                              tCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg              >  1:252089/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                                              tCGATGTACAAGGGCCGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAACTTTTGAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg              <  1:91244/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                                               ctctGTAAAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTTATTTCTTCAGCCATTGCTACGTTCGTTGAAGGTGCCTTAACTTTAATTACCTTTCTAGGTTTACCAAATTTTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCGTATGc             <  2:75182/138‑1 (MQ=11)

                                                                                                                                gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt            >  1:246957/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                                                     aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGATTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTGGATAAACGCATATGCTGAATg       >  2:24242/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                      cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa      >  2:68547/1‑141 (MQ=9)

                                                                                                                                       aaTGGCAGGCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt     <  2:17885/141‑1 (MQ=9)

                                                                                                                                       aaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt     <  2:183217/141‑1 (MQ=255)

TTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAT  >  CP000730/35948‑36226

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`