| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 76,180 | C→T | 31.4% | intergenic (+238/‑896) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 76,180 | 0 | C | T | 31.4% | 124.8 / 48.0 | 71 | intergenic (+238/‑896) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/17); new base T (5/17); total (37/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
CTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTA > CP000730/76063‑76319 | ctgcACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAg > 2:246229/1‑141 (MQ=255) tgcACCTGTAGCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAgg < 2:199098/141‑1 (MQ=255) cTGTATCACTTAGAACAGCGAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTAGAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGtct < 2:188705/141‑1 (MQ=255) gTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAGAGGAGtcttc > 2:192248/1‑141 (MQ=255) aTCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTg < 1:3565/141‑1 (MQ=255) cACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTa < 1:192828/141‑1 (MQ=255) aCTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAACGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTAt < 2:378639/141‑1 (MQ=255) cTTAGAACACCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATg < 1:112822/141‑1 (MQ=255) aGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAAc < 2:300321/141‑1 (MQ=255) aaCAGCTAACCAAAGTGTTAGGAAAACAGGGAATACTAACACAAAGGAAATTAATATAAAAATGAAAGCAAAATATAGGGTCTGTTGAAAAGTTGA‑ATCTTTAGTATAATTTTAACCAAAAGGAGTCTACTGTATgtgata > 2:343101/1‑136 (MQ=255) aCAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTAt > 1:144316/1‑141 (MQ=255) aGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTCGA‑GTCTATGGTGTAATTTTAACAAAATGGAGTCTTCTGTATGAACTGttt > 1:145259/1‑141 (MQ=255) aaCCAAAGTGTTCGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCGATACTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTTTAAACTCTTTAAGa > 2:123438/1‑141 (MQ=37) aaCCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGa > 1:73172/1‑141 (MQ=255) aCCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCGGat > 2:259261/1‑141 (MQ=255) aaGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATaa < 1:366115/141‑1 (MQ=255) gggAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGAt > 2:231594/1‑141 (MQ=255) ggAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATg > 1:311522/1‑141 (MQ=255) ggAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATg > 1:18226/1‑141 (MQ=255) ggAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATg > 1:299625/1‑141 (MQ=255) ggAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATg > 1:122345/1‑141 (MQ=255) attACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACACTTTAACAAGGATGtt > 2:229912/3‑141 (MQ=255) aaTACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGAGATAAACAATTTAACAAGGATGtt > 2:355316/1‑141 (MQ=255) aTACTAACACAAAGGCAATAAATTTGATAATTATAGCAAAATATGGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTa > 1:209884/1‑141 (MQ=255) acacAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTg < 2:163967/141‑1 (MQ=255) acaAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTa < 2:98632/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tataGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATGTAAGata > 2:9708/1‑141 (MQ=255) tataGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGAAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACAATCTAAGata > 2:166013/1‑141 (MQ=255) ataGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATTACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGatat > 2:239997/1‑141 (MQ=255) ataGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGatat > 2:239920/1‑141 (MQ=255) gtaaatgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCAtt > 2:298236/8‑141 (MQ=0) gttaggaGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTg < 2:77539/135‑1 (MQ=2) ttaggaGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATTTATAATAAAATTTAAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGa < 2:15381/136‑1 (MQ=11) aaatgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGa < 1:58718/136‑1 (MQ=2) taggaGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAg < 1:121623/137‑1 (MQ=2) aatgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAg < 2:220410/137‑1 (MQ=2) aatgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAg < 2:286104/137‑1 (MQ=2) tggaGGGTCTGTTGCAAATTTGA‑ATTTACTATATTATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAgc < 2:340341/138‑2 (MQ=11) atgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGt < 2:224631/138‑1 (MQ=9) ataaagttcatttGCAAAGTTGA‑ATTTATAATAAAAAAAAAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAgc < 2:159865/130‑2 (MQ=11) aggaGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATTTATAATATAATTTTTACACAAAGGAGTCGTCAATGTGATCTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGTATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAgc < 2:80486/138‑2 (MQ=11) aggaGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTCCTCTCTAAGATATGCATTGAgc > 2:359734/4‑140 (MQ=1) tgaGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGtt > 1:317100/3‑141 (MQ=2) ggaGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAgct < 1:129408/139‑3 (MQ=9) ggaGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAgct < 1:353868/139‑3 (MQ=2) ggaGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAgct < 2:248457/139‑3 (MQ=2) taGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTa > 2:170786/1‑141 (MQ=37) gaGGTTCTGTTGCAAAGTTGC‑ATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAgctt > 1:232667/2‑138 (MQ=1) cggTTCTGTTGCAAAGTTGACAAGTA‑AGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTAt > 1:185571/2‑141 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1:279700/1‑141 (MQ=11) tcAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGatatat < 1:245679/140‑1 (MQ=25) gaaaGTTGA‑ATTTATAGTATAAATATAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATc < 2:21308/140‑1 (MQ=255) cAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGGGTTATCGTGATATATc > 2:130365/1‑141 (MQ=25) cAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGatatatt > 2:15979/1‑140 (MQ=25) cAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATc > 2:13696/1‑141 (MQ=35) cAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATc > 2:19955/1‑141 (MQ=35) aaGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATCCATTGAGTTATCGTGATATATCTg > 2:152482/1‑141 (MQ=17) aGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGa < 1:237102/141‑1 (MQ=35) ttGA‑ATTTATAATATAATTGTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGaaa > 1:203031/1‑141 (MQ=255) tCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTa < 1:368696/141‑1 (MQ=34) | CTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGA‑ATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTA > CP000730/76063‑76319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |