| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,858 | T→A | 42.6% | intergenic (+89/+19) | USA300HOU_0025 → / ← USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,858 | 0 | T | A | 42.6% | 80.8 / 92.9 | 76 | intergenic (+89/+19) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/21); new base A (8/24); total (29/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.36e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.98e-01 | |||||||||||
AAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGA‑CCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTT > CP000730/35719‑35994 | aaaGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAAttt < 2:118183/141‑1 (MQ=255)aaaGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTGGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGTGCTAAAATAAAATTGTGATCTATTAACAATTGTAGGTTTTGATAAAAAAAAAAAAAATATAGCTAACCACTAAttt < 2:14841/141‑1 (MQ=255)aaaGTATTTAATGTAGAAGCCATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGAACTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAAttt < 2:178454/141‑1 (MQ=255) aaGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTa > 1:177984/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=11) aaGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGT‑CCTGCGGTTCTTTTtatata < 1:379500/141‑1 (MQ=11) ccaatcACTAATATTGCATGGCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGA‑CCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAg < 1:10667/136‑1 (MQ=1) tactttCTCATGTAAGTATTCGCTTAACTTGCGAGCATGATGCTAATTTCGTGGGATTGCGAAAAACCGTAGAACT‑AAAAGATCCTTCAATTCTTTGTATATCCTGCGTAAATACACTCAATACCTTTTTAATTATTCttt < 2:174431/138‑1 (MQ=0) | AAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGA‑CCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTT > CP000730/35719‑35994 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |