| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,749,286 | C→T | 14.5% | D55N (GAC→AAC) | secDF ← | RND superfamily resistance‑nodulation‑cell division protein:proton (H+) antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,749,286 | 0 | C | T | 14.5% | 57.0 / 4.4 | 29 | D55N (GAC→AAC) | secDF | RND superfamily resistance‑nodulation‑cell division protein:proton (H+) antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/9); new base T (2/2); total (18/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
CACCAGCAAGTTGTACTCTAATTCTATTAGGTTCTTCAACTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGA > CP000730/1749157‑1749420 | cacCAGCAAGTTGTACTCTAATTCTATTAGGTTCTTCAACTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGCTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCcttattta > 1:54861/1‑141 (MQ=255) cAAGTTGTACTCTAATTCTATTAGGTTCTTCAACTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAACACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGAt > 1:23420/1‑141 (MQ=255) aGTTGTACTCTAATTCTATTAGGTTCTTCAACTTGAATTTTAGGTTCCAAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTACTTAAAGGATCg > 1:42175/1‑141 (MQ=255) tctAATTCTATTAGGTTCTTCAACTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATa < 2:23420/141‑1 (MQ=255) aTTAGGTTCTTCAACTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTc > 2:328214/1‑141 (MQ=255) tttcGACTTGAATTTTATGCTCCGAAGCACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCAc < 2:351406/140‑1 (MQ=255) aaCTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTTGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTg > 2:243252/1‑141 (MQ=255) aaCTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTTGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTg > 2:243137/1‑141 (MQ=255) aCTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGCTTGTAAGGCTTTTTTAGCTATTTTGTCGCCTTTGTTTAAGGGATCGACTTGATGAAACGCCTCAAATCCACCTTGc > 1:12151/1‑141 (MQ=255) aCTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTACGGCTTTTTTATCTATTTTGTGACCTTTACGCAGATGATGGACTTGAGAAATCACGTCAGATCCACCTTGc > 2:33302/1‑141 (MQ=255) aCTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATATATTTTATCGCCTTTATTTAAAGGATTGATTTTATAAAGCATCTAAAATCCACCTTGc > 2:346841/1‑141 (MQ=255) cTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGGTAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCa > 1:337022/1‑141 (MQ=255) ttGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCaa > 1:35889/1‑141 (MQ=255) tGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCaaa < 1:25282/141‑1 (MQ=255) ccTAAAAAGTTAACACGATTTTCTTATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCGCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGCCATTc > 1:243149/1‑141 (MQ=255) aaaaCGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCttt < 1:15823/141‑1 (MQ=255) aaaCGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTta < 1:361582/141‑1 (MQ=255) aaaCGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTta < 1:90888/141‑1 (MQ=255) cacGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACttt > 2:183607/1‑141 (MQ=255) aTGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTTGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAg < 1:243252/141‑1 (MQ=255) aTGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTTGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAg < 1:243137/141‑1 (MQ=255) tttGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCa > 2:123236/1‑141 (MQ=255) cTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTTTCTATTTTGTCGCCTTGATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCgg > 2:34972/1‑141 (MQ=255) cTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATCCCgg < 1:259968/141‑1 (MQ=255) ttGTAAGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCGCCTCAAAGCCACCTTGCAAGTCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATATGTTGCATCCTTTCCGGCAaacaa > 2:165218/1‑141 (MQ=255) tGTACGTCTTTTTTATCGATTTTGTCGCCTTTATTCAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAACTTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAaacaac < 1:128543/141‑1 (MQ=255) ttttttATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGAc < 2:359425/141‑1 (MQ=255) ttATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTaaa > 1:115114/1‑141 (MQ=255) ttttGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACATTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAATAGCAAGa > 2:261294/1‑141 (MQ=255) | CACCAGCAAGTTGTACTCTAATTCTATTAGGTTCTTCAACTTGAATTTTAGGTTCCGAAACACCTAAAACGTTAACACGATTTTCTAATGTTTGCGCTGTTGATTGTAAGGCTTTTTTATCTATTTTGTCGCCTTTATTTAAAGGATCGACTTGATAAAGCACCTCAAATCCACCTTGCAAATCAAGTCCTAAATTGACATTCTTTATAACACTTTTATAAGTTGCAGCCATTCCGGCAAACAACAATACGACTAAAAGCAAGA > CP000730/1749157‑1749420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |