| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,682,458 | A→G | 11.5% | intergenic (‑203/+101) | phoH ← / ← USA300HOU_1573 | phosphate starvation‑inducible protein PhoH/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,682,458 | 0 | A | G | 11.5% | 78.1 / 4.9 | 35 | intergenic (‑203/+101) | phoH/USA300HOU_1573 | phosphate starvation‑inducible protein PhoH/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/17); new base G (2/2); total (16/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.88e-01 | |||||||||||
ATCATGCAATTGATTGATTTAAACATCTTTGCATTGACTTACTCATTTTTCTTTAATTTAAAATAATCATTTATACTTTTCACCTTGTCATAAAAGCAGATTCAATTTTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATT > CP000730/1682321‑1682586 | atCATGCAATTGATTGCTTTAAACATCTTTGCATTGACTTACTCATTTTTCTTTAATTTAAAATAATCATTTATACTTTTCACCTTGTCATAAAAGCAGATTCAATTTTAGACTAATCAATTTTTTTTTGTTATTTAATTa > 2:274343/1‑141 (MQ=255) ttgattgaTTTAAACATCTTTGCATTGACTTACTCATTTTTCTTTAATTTAAAATAATCATTTATACTTTTCACCTTGTCATAAAAGCAGATTCAATTTTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAGATAACTAATAtt > 1:42199/1‑141 (MQ=255) ttgattgaTTTAAACATCTTTGCATTGACTTACTCATTTTTCTTTAATTTAAAATAATCATTTATACTTTTCACCTTGTCATAAAAGCAGATTCAATTTTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAGATAACTAATAtt > 1:261406/1‑141 (MQ=255) gattgattTAAACATCTTTGCATTGACTTACTCATTTTTCTTTAATTTAAAATAATCATTTATACTTTTCACCTTGTCATAAAAGCAGATTCAATTTTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTtc < 1:247924/141‑1 (MQ=255) 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1:160246/1‑141 (MQ=255) tGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAAtt > 2:206361/1‑141 (MQ=255) tGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAAtt > 1:243607/1‑141 (MQ=255) | ATCATGCAATTGATTGATTTAAACATCTTTGCATTGACTTACTCATTTTTCTTTAATTTAAAATAATCATTTATACTTTTCACCTTGTCATAAAAGCAGATTCAATTTTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATT > CP000730/1682321‑1682586 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |