| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,486,221 | C→A | 13.8% | V481L (GTA→TTA) | USA300HOU_2349 ← | LctP family L‑lactate permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,486,221 | 0 | C | A | 13.8% | 73.5 / 4.6 | 29 | V481L (GTA→TTA) | USA300HOU_2349 | LctP family L‑lactate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/13); new base A (2/2); total (14/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.82e-01 | |||||||||||
AGTCCAAATACAGATGAATATTAGTAAACATACACTGTATTTCAATGTCATTTTTAATAATTCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGCAACAGAAGCTTGAATTGGTGCAAATAATGAGTTGTTATTTACAACTGATCCTGTCATAAACACACCTA > CP000730/2486084‑2486346 | aGTCCAAATACAGATGAATATTAGTAAACATACACTGTATTTCAATGTCA‑TTTTAATAATTCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATCGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTAcacca < 2:244345/141‑1 (MQ=255) gTCCAAATACAGATGAATATTAGTAAACATACACTGTATTTCAATGTCATTTTTAATAATTCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTAcacca < 1:209787/141‑1 (MQ=255) ccAAATACAGATGAATATTAGTAAACATACACTGTATTTCAATGTCATTTTTAATAATTCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTAAaccacc > 2:265600/1‑141 (MQ=255) ccAAATACAGATGAATATTAGTAAACATACACTGTATTTCAATGTCATTTTTAATAATTCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTAAaccacc > 2:186169/1‑141 (MQ=255) aGATGAATATTAGTAAACATACACTGTATTTCCATGTCATTTTTAATAATTCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTAt < 2:252247/141‑1 (MQ=255) aGATGAATATTAGCAAACATACACTGTATTTCAATGTCATTTTTAATCATTCTGTTGCCTTACCAACTTGTTTTAGTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTAt < 1:123455/141‑1 (MQ=38) cacTGTATTTCAATGTCATTTTTAATAATTCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTCCTGCTGCAGTGGCAATTGCATTTGATTGTAGTGAAATCAATTTAGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACGAGAAGTGaaa > 2:228135/1‑140 (MQ=255) acTGTATTTCAATGTCATTTTTAATAATTCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAAcc < 1:124036/141‑1 (MQ=255) ttCAATGTCATTTTTAATAATTCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGtt > 2:249843/1‑141 (MQ=255) ccaaaTGTCATTTTTAATAATTCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCCCTTGtt > 2:246370/4‑141 (MQ=255) tttAATAATTCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTtgttgt > 1:17943/1‑141 (MQ=255) tttAATAATTCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTAAACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTtgttgt < 1:186169/141‑1 (MQ=255) tttAATAATTCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTAAACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTtgttgt < 1:265600/141‑1 (MQ=255) taataaTTCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCCATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGc < 2:178568/141‑1 (MQ=255) taataaTTCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGc < 1:75807/141‑1 (MQ=255) taatTTTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGCAAc < 2:107036/141‑1 (MQ=255) ttCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGCAACAGa > 2:229725/1‑141 (MQ=255) cTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGCAACAGAAg < 2:229406/141‑1 (MQ=255) tgatgccggggcagcTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATGGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGCAACAGAAGc < 2:127739/127‑1 (MQ=255) tGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGCAACAGAAGc < 1:10465/141‑1 (MQ=255) aTTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCCGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGCAACAGAAGCtt > 1:224324/1‑141 (MQ=255) tCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGCAACAAGAGCTTGa > 1:49306/1‑141 (MQ=255) ttACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGCAACAGAAGCTTGAAtt > 2:26995/1‑141 (MQ=255) tgctgcAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGCAACAGAAGCTTGAATTGGTGCAAATAATGAgtt < 1:50893/141‑1 (MQ=255) ttgcaattgATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGATCCAATTTGTTGTGCAACAGAAGCTTGAATTGGTGCAAATAATGAGTTGTTATTTACAATTg > 1:206661/1‑141 (MQ=255) attgattgTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGCAACAGAAGCTTGAATTGGTGCAAATAATGAGTTGTTATTTACAACTGATCCt > 1:262637/1‑141 (MQ=255) attgTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCCCTTGTTCCAATTTGTTGTGCAACAGAAGCTTGAATTGGTGCAAATAATGAGTTGTTATTTACAACTGaaactgcca > 2:39983/1‑133 (MQ=255) attgTGGTGAAATCAATTTCGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGCAACAGAAGCTTGAATTGGTGCAAATAATGAGTTGTTATTTACAACTGATCCTGTCa < 2:32442/141‑1 (MQ=255) ggtgAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGCAACAGAAGCTTGAATTGGTGCAAATAATGAGTTGTTATTTACAACTGATCCTGTCATAAac < 2:249388/141‑1 (MQ=255) gAAGTCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGCAACAGAAGCTTGAATTGGTGCAAATAATGAGTTGTTATTTACAACTGATCCTGTCATAAacaca < 1:114855/141‑1 (MQ=255) cttgttttGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGCAACAGAAGCTTGAATTGGTGCAAATAATGAGTTGTTATTTACAACTGAGCCTGTCATAAACACACCTa > 2:118380/5‑141 (MQ=255) | AGTCCAAATACAGATGAATATTAGTAAACATACACTGTATTTCAATGTCATTTTTAATAATTCTGATTCCTTACCAACTTGTTTTACTGCTGCAGTTGCAATTGCAATTGATTGTGGTGAAATCAATTTTGCCGCTACACCACCAACTGTATTAGCAGATACAAGAAGTGAACCACTTGTTCCAATTTGTTGTGCAACAGAAGCTTGAATTGGTGCAAATAATGAGTTGTTATTTACAACTGATCCTGTCATAAACACACCTA > CP000730/2486084‑2486346 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |