BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	CP000730	36,087	A→G	57.5%	C155C (TGT→TGC)	USA300HOU_0026 ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	36,087	0	A	G	57.5%	116.9 / 313.5	294	C155C (TGT→TGC)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/62); new base G (76/91); total (140/154)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01

Only 100 of 294 total aligned reads displayed.

TTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAT  >  CP000730/35948‑36226

ttttATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTACTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGAc                                                                                                                                            >  2:246232/1‑141 (MQ=255)

ttttATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGAc                                                                                                                                            <  1:276466/141‑1 (MQ=255)

 tttATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACa                                                                                                                                           <  2:272027/141‑1 (MQ=255)

  ttATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAg                                                                                                                                          <  1:136797/141‑1 (MQ=255)

  ttATAGAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAg                                                                                                                                          <  1:95139/141‑1 (MQ=255)

   tatataGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGt                                                                                                                                         <  1:310215/141‑1 (MQ=255)

          agCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgttt                                                                                                                                  <  2:20745/141‑1 (MQ=255)

             ttAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaag                                                                                                                               <  1:149773/140‑1 (MQ=255)

               aaaTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagtt                                                                                                                             <  1:318173/141‑1 (MQ=255)

                aaTACACTTAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaagttt                                                                                                                            <  2:129071/141‑1 (MQ=255)

                 aTACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATGCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagttta                                                                                                                           >  2:169761/1‑141 (MQ=255)

                 aTACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaagttta                                                                                                                           <  2:276978/141‑1 (MQ=255)

                  tACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaagtttaa                                                                                                                          >  1:219076/1‑141 (MQ=255)

                   aCATTCAATACCTTTCAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTaaa                                                                                                                         >  1:247544/1‑141 (MQ=255)

                    cactCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTCATATGCCGTTGATCTTACTCGATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTCTAAGTTTtaaa                                                                                                                        >  2:285670/4‑141 (MQ=14)

                      ctCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGc                                                                                                                      <  1:89109/140‑1 (MQ=255)

                       tCAATACCTTTTAAAGTACACTACAATTTATTTATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCt                                                                                                                     >  2:153061/1‑141 (MQ=14)

                         aaTACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTATTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCttt                                                                                                                   >  2:19054/1‑141 (MQ=255)

                          aTACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTa                                                                                                                  <  2:216508/141‑1 (MQ=40)

                            aCCTTTTAATGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAt                                                                                                                <  2:278624/141‑1 (MQ=255)

                             ccTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCAATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGGTTTAAtt                                                                                                               >  1:255820/1‑141 (MQ=255)

                              cTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCtt                                                                                                                    >  1:157131/1‑135 (MQ=255)

                              cTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCtt                                                                                                                    <  2:157131/135‑1 (MQ=255)

                                tttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACt                                                                                                            <  2:5521/141‑1 (MQ=255)

                                tttAAAGTATTCTATGGTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCGTACTTTAATATGACGGTGATCTTTCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAAGTGCAGTTCGGTTGACGTTTGAAAGCTTTGATTACt                                                                                                            >  2:30082/1‑141 (MQ=11)

                                 ttAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTGTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTattt                                                                                                           <  1:6680/141‑4 (MQ=255)

                                 ttAAAGTATTCTTTGATGTCTTGATACGTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACtt                                                                                                           >  1:245831/1‑141 (MQ=255)

                                    aaGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTaa                                                                                                        <  1:113023/141‑2 (MQ=255)

                                     aGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTaac                                                                                                       <  1:56837/141‑3 (MQ=255)

                                      gTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGcc                                                                                                      >  1:232408/1‑141 (MQ=255)

                                      gTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTCCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGcc                                                                                                      <  2:253270/141‑1 (MQ=255)

                                        aTTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGTTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAt                                                                                                    >  2:315579/1‑141 (MQ=255)

                                        aTTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTCCTTTAACCAt                                                                                                    >  1:302762/1‑141 (MQ=255)

                                        aTTCATTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTaaacat                                                                                                    >  2:204360/1‑136 (MQ=255)

                                         ttCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCAtt                                                                                                   >  2:280508/1‑141 (MQ=255)

                                          tCTTCGCTGAATCGTTACTTTGATACCTTGGTTTTTTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATTTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                  <  1:193257/141‑1 (MQ=14)

                                           cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                 <  2:17461/141‑1 (MQ=255)

                                           cTTTGCTGTATGGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATTACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCC‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGc                                                                                                 <  1:38533/141‑1 (MQ=255)

                                            ttttCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATACTTCGCTGTACAATGGCCGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTACTTACTTTAACCATTGCt                                                                                                <  2:138666/141‑1 (MQ=14)

                                            tttGCTGTATTGATACTTACATCCCTTGTCTTTCTTACGTTAATATGACGGTGCTCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTCCGATGTACAACTTCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCt                                                                                                <  1:28984/141‑1 (MQ=11)

                                               gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                             <  1:32531/141‑1 (MQ=255)

                                               gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTAcc                                                                                             >  1:297910/1‑141 (MQ=255)

                                                    aTTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                        <  2:44468/141‑1 (MQ=255)

                                                    aTTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                        <  1:272144/141‑1 (MQ=255)

                                                       gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCATTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                     >  1:223444/1‑141 (MQ=255)

                                                        aTACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTTCTACCTTCGTTGaa                                                                                    >  2:223258/1‑141 (MQ=255)

                                                          tactcgATAACTTGTCTTTCTCACTTAAAAATCACGGCAATATTGCTCAATGCAGTTATTCA‑GCCATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCAATTGCTGCCTTCGTTGAAgg                                                                                  <  1:234106/136‑1 (MQ=11)

                                                           cTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGATGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGTAGGt                                                                                 <  1:226655/141‑1 (MQ=14)

                                                            tttGGTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                <  2:96192/141‑1 (MQ=255)

                                                            tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                <  1:263986/141‑1 (MQ=255)

                                                             ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                               >  1:277341/1‑141 (MQ=38)

                                                                atatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCCTTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCGTg                                                                            >  2:150361/5‑141 (MQ=11)

                                                                aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAATTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAGGGTGCCTg                                                                            >  2:260706/1‑141 (MQ=255)

                                                                   ccTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATc                                                                         <  2:133051/141‑1 (MQ=255)

                                                                       gTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTa                                                                     >  2:307844/1‑141 (MQ=255)

                                                                           ttcttACTTTAATATGGCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCCTTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                 <  1:47713/141‑1 (MQ=255)

                                                                           ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAATCCGCAAGTCGTTTAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                 <  1:331188/141‑1 (MQ=14)

                                                                            tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc                                                                >  1:102862/1‑141 (MQ=255)

                                                                              ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                              <  1:203724/141‑1 (MQ=255)

                                                                                   ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGGGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTACTTACCTTTTgg                                                         >  1:74633/1‑140 (MQ=255)

                                                                                   ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGa                                                         >  2:330773/1‑141 (MQ=255)

                                                                                    tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTACGTTTAAAAGCTTTACTCCTCCCGGGCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAg                                                        >  1:144591/1‑141 (MQ=11)

                                                                                       tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggct                                                     <  1:258590/141‑3 (MQ=255)

                                                                                         tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTa                                                   <  1:241504/141‑1 (MQ=25)

                                                                                         tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATACA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTa                                                   >  1:211029/1‑141 (MQ=11)

                                                                                          gatggTGATCTTGCTAAAGGTGGTTTTTCT‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAATGTGCCTGATCCGTAACTACCTTTTGAGGCTTAc                                                  <  1:161808/138‑1 (MQ=11)

                                                                                          gACGGTGATCTTGCTCCATGAGGTTATTCA‑GATATTTCAATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                  <  2:255979/141‑1 (MQ=255)

                                                                                           gcGGTGGTCTTGCGCAATGGGGTTATTCA‑GATATTTCCATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTCGAGGTTTAcc                                                 <  2:170946/140‑1 (MQ=11)

                                                                                           aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                 >  2:126194/1‑141 (MQ=255)

                                                                                           aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                 >  1:285519/1‑141 (MQ=25)

                                                                                              gagATCGTTCTCAATGATGTTATTCA‑GCTATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGTTTTACCaaa                                              <  1:41541/139‑1 (MQ=11)

                                                                                                gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAtt                                            <  1:63820/141‑1 (MQ=32)

                                                                                                  tCTTGCTCAATGAGGTTACTCC‑TGTAGTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                          >  2:322887/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                    ttGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGttt                                        >  1:72429/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                        tCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGGGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATg                                    >  1:168292/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                        tCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGGCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATg                                    <  1:174837/141‑1 (MQ=12)

                                                                                                           aTGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgaga                                 >  1:109228/1‑141 (MQ=32)

                                                                                                              aGGTTATTCACGAT‑TTGCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTCCCTTCGTTTTAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTTTCAAATTGTTTAATGAGACGt                              <  2:6774/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                                gTTATTCA‑GATATTTGGATGTACTATGGCAGTCAGTTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTATCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                            <  2:254785/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                                  tATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAACAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                          <  1:190284/141‑1 (MQ=12)

                                                                                                                  tATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                          <  1:52750/141‑1 (MQ=12)

                                                                                                                  tATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                          >  1:280509/1‑141 (MQ=17)

                                                                                                                   aTTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt                         >  1:117726/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                     tCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATGGTTTAATGAGACGTTTGATaa                       >  2:124288/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                                      cA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACGAAATCGTTTAATGAGACGTTTGATaga                      >  2:179874/1‑139 (MQ=11)

                                                                                                                      cA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                      <  1:125785/141‑1 (MQ=32)

                                                                                                                      cA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTCTAAGGTTAAAAGCTTTAGTTATGGAAGCCAGTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                      >  2:321185/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                                          atatTTGGATTTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                   <  2:42952/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                            atTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                 <  1:169761/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                              ttCTATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat               <  2:9152/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                                                cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc             >  1:182092/1‑141 (MQ=17)

                                                                                                                                cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc             <  1:54995/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                                                cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTCGATAAACGCATATGc             <  1:166491/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                     tACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAAt        <  2:237640/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                                                      aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGTAGGTGCCTGATCTGGAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg       <  2:201205/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                      aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCATTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg       >  2:267872/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                                                        aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt     <  2:247614/141‑1 (MQ=14)

                                                                                                                                        aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt     <  2:7722/141‑1 (MQ=14)

                                                                                                                                        aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt     >  1:1887/1‑141 (MQ=14)

                                                                                                                                         aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt    <  1:101734/141‑1 (MQ=32)

TTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAT  >  CP000730/35948‑36226

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`