BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP000730	36,119	C→T	29.1%	V145I (GTA→ATA)	USA300HOU_0026 ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	36,119	0	C	T	29.1%	251.8 / 147.2	210	V145I (GTA→ATA)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/82); new base T (31/30); total (98/112)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.52e-01

Only 100 of 210 total aligned reads displayed.

TTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCA  >  CP000730/35980‑36245

 ttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACtt                                                                                                                              <  1:57237/141‑1 (MQ=40)

 ttAAAGTATTCTTTGATGTCTTGATACGTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACtt                                                                                                                              >  1:245831/1‑141 (MQ=255)

     aGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTaac                                                                                                                          <  1:56787/141‑3 (MQ=255)

      gTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTCCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGcc                                                                                                                         <  2:253270/141‑1 (MQ=255)

        aTTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGTTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAt                                                                                                                       >  2:315579/1‑141 (MQ=255)

         ttCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAtt                                                                                                                      >  1:163710/1‑141 (MQ=255)

         ttCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCAtt                                                                                                                      >  2:280508/1‑141 (MQ=255)

            tttGCTGTATTGATACTTACATCCCTTGTCTTTCTTACGTTAATATGACGGTGCTCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTCCGATGTACAACTTCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCt                                                                                                                   <  1:28984/141‑1 (MQ=11)

            tttGCGGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCt                                                                                                                   <  2:203519/141‑1 (MQ=255)

              tGCTGTCTTGATACTTTTATCCCTTGTCGTTCTTACTTTAATACGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTAGTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAc                                                                                                                 <  2:175989/141‑1 (MQ=14)

               gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                <  1:32531/141‑1 (MQ=255)

                  gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTc                                                                                                             >  2:270124/1‑141 (MQ=255)

                    aTTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGGTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGt                                                                                                           <  1:11435/141‑1 (MQ=255)

                    aTTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                           <  2:44468/141‑1 (MQ=255)

                    aTTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                           <  1:272144/141‑1 (MQ=255)

                     ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                          >  2:254025/1‑141 (MQ=255)

                      tGATACTTTGATATCTTGTCTCTCTTACTTTAATATGACGGTGATTTTGCTCAATAAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACACTAACAGTCAGGTCCAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCACTTGCTGCCTTCCTTg                                                                                                         >  2:7615/1‑141 (MQ=11)

                         tACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAg                                                                                                      <  1:45017/141‑1 (MQ=255)

                          tactcgATAACTTGTCTTTCTCACTTAAAAATCACGGCAATATTGCTCAATGCAGTTATTCA‑GCCATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCAATTGCTGCCTTCGTTGAAgg                                                                                                     <  1:234106/136‑1 (MQ=11)

                           cTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGATGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGTAGGt                                                                                                    <  1:226655/141‑1 (MQ=14)

                            tttGGTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                   <  2:96192/141‑1 (MQ=255)

                             ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                  >  1:121072/1‑141 (MQ=255)

                             ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                  >  1:51263/1‑141 (MQ=255)

                             ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                  >  1:277341/1‑141 (MQ=38)

                                atatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCCTTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCGTg                                                                                               >  2:150361/5‑141 (MQ=11)

                                aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                               <  2:245831/141‑1 (MQ=255)

                                aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                               >  1:89785/1‑141 (MQ=255)

                                aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAATTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAGGGTGCCTg                                                                                               >  2:260706/1‑141 (MQ=255)

                                 tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGa                                                                                              >  1:218675/1‑141 (MQ=255)

                                  atcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCGCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                             <  1:103706/139‑1 (MQ=255)

                                  aCCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                             >  1:31022/1‑141 (MQ=255)

                                       gTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTa                                                                                        >  2:307844/1‑141 (MQ=255)

                                           ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                                    <  1:264823/141‑1 (MQ=255)

                                              ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATTGTGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCt                                                                                 <  1:160235/141‑1 (MQ=14)

                                              ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                 <  1:203724/141‑1 (MQ=255)

                                              ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATCACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                 >  2:10054/1‑141 (MQ=255)

                                              ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaacctcct                                                                                 >  2:248000/1‑135 (MQ=255)

                                              ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCt                                                                                 >  2:1357/1‑141 (MQ=255)

                                              ttACTTTAATATGACGGTGACGACACTAGATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGTTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                 >  2:153024/1‑141 (MQ=14)

                                                atttaaaTATTACGGTGATCTTGCTCAATGAGTTTATTCA‑GATAGTTCGATGTACAATGGCACTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttt                                                                               <  1:23223/136‑1 (MQ=11)

                                                aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTAGATGTACAATGTCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTCATTACCttt                                                                               >  1:64139/1‑141 (MQ=255)

                                                   ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGa                                                                            >  2:330773/1‑141 (MQ=255)

                                                       tctGACGGTGATCTTGCTAAATGAGGTTATTCA‑GACATCTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTCTAACCATTTCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGtt                                                                        <  1:193018/139‑1 (MQ=11)

                                                       tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggct                                                                        <  1:258590/141‑3 (MQ=255)

                                                         tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTa                                                                      <  1:241504/141‑1 (MQ=25)

                                                          gACGGTGATCTTGCTCCATGAGGTTATTCA‑GATATTTCAATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                     <  2:255979/141‑1 (MQ=255)

                                                          gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                     <  2:163710/141‑1 (MQ=255)

                                                          gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                     <  2:185460/141‑1 (MQ=21)

                                                          gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAc                                                                     >  1:131094/1‑141 (MQ=255)

                                                           gcGGTGGTCTTGCGCAATGGGGTTATTCA‑GATATTTCCATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTCGAGGTTTAcc                                                                    <  2:170946/140‑1 (MQ=11)

                                                           aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGCTCTGTAATTATCTTTTGAGGTTTAcc                                                                    >  1:74964/1‑141 (MQ=255)

                                                           aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                    >  2:126194/1‑141 (MQ=255)

                                                           aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                    <  2:42179/141‑1 (MQ=21)

                                                             ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                  >  1:166910/1‑141 (MQ=18)

                                                              gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                 >  2:173201/1‑141 (MQ=17)

                                                                  tCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGt                                                             >  2:196145/1‑141 (MQ=255)

                                                                  tCTTGCTCAATGAGGTTACTCC‑TGTAGTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                             >  2:322887/1‑141 (MQ=11)

                                                                    ttGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGttt                                                           >  1:72429/1‑141 (MQ=255)

                                                                      gCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa                                                         >  1:143608/1‑141 (MQ=255)

                                                                       gtCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                        <  2:224549/140‑1 (MQ=17)

                                                                        tCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGGGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATg                                                       >  1:168292/1‑141 (MQ=12)

                                                                        tCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGGCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATg                                                       <  1:174837/141‑1 (MQ=12)

                                                                          aaTGAGGTTATTCA‑GCTATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                                     >  1:247914/1‑141 (MQ=255)

                                                                          aaTGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATgag                                                     >  1:74029/1‑141 (MQ=255)

                                                                          aaTGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATgag                                                     <  2:206946/141‑1 (MQ=11)

                                                                           aTGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgaga                                                    >  1:109228/1‑141 (MQ=32)

                                                                            tGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACTAACTTGTTTAATGAGAc                                                   >  2:301521/1‑141 (MQ=255)

                                                                              aGGTTATTCACGAT‑TTGCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTCCCTTCGTTTTAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTTTCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                 <  2:6774/141‑1 (MQ=11)

                                                                              aGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGCCGGTGAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                 >  1:297244/1‑141 (MQ=255)

                                                                                gTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                               <  2:274263/141‑1 (MQ=17)

                                                                                 ttATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                              >  2:255546/1‑141 (MQ=12)

                                                                                  tATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                             >  1:280509/1‑141 (MQ=17)

                                                                                    ttCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa                                           >  2:60567/1‑141 (MQ=11)

                                                                                     tCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATGGTTTAATGAGACGTTTGATaa                                          >  2:124288/1‑141 (MQ=11)

                                                                                      cA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTCTAAGGTTAAAAGCTTTAGTTATGGAAGCCAGTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                         >  2:321185/1‑141 (MQ=11)

                                                                                          atatTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                                      <  1:3961/141‑1 (MQ=255)

                                                                                           tatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                     <  1:169620/141‑1 (MQ=17)

                                                                                            atTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                    <  1:222587/141‑1 (MQ=17)

                                                                                              ttCTATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                  <  2:9152/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                >  1:182092/1‑141 (MQ=17)

                                                                                                cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                <  1:54995/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                >  2:51008/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                <  1:301605/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                <  2:247544/141‑1 (MQ=32)

                                                                                                    gTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGccgct                            >  2:81741/1‑137 (MQ=11)

                                                                                                     tACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAAt                           <  2:237640/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                      aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGTAGGTGCCTGATCTGGAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                          <  2:201205/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                      aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGATGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                          <  1:224842/141‑1 (MQ=12)

                                                                                                      aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCATTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                          >  2:267872/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                       cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATgt                         >  1:334207/1‑140 (MQ=17)

                                                                                                       cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGGTTACCAAATTGTTTATTGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                         >  1:288173/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                       cAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                         >  1:187051/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                       aaaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                         <  1:53548/140‑1 (MQ=11)

                                                                                                        aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                        >  1:1902/1‑141 (MQ=14)

                                                                                                        aaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                        <  2:297910/141‑1 (MQ=32)

                                                                                                         aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt                       <  1:101734/141‑1 (MQ=32)

                                                                                                           gACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAt                     <  1:153061/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                              agacAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAAGGAGACGTTTGATAAACGCATAGGCTGAATGATTAtctc                  <  1:198361/138‑1 (MQ=1)

                                                                                                                  agctttaactttaaAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTg              <  1:62272/138‑1 (MQ=0)

                                                                                                                              aacaGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGCTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCa  <  2:214394/138‑1 (MQ=0)

TTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCA  >  CP000730/35980‑36245

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`