BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	CP000730	36,124	G→A	58.3%	A143V (GCT→GTT)	USA300HOU_0026 ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	36,124	0	G	A	58.3%	67.9 / 230.8	203	A143V (GCT→GTT)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/42); new base A (53/65); total (95/108)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.67e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.07e-01

Only 100 of 203 total aligned reads displayed.

GTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATG  >  CP000730/35986‑36260

gTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGcc                                                                                                                                        >  1:232408/1‑141 (MQ=255)

gTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTCCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGcc                                                                                                                                        <  2:253270/141‑1 (MQ=255)

  aTTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGTTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAt                                                                                                                                      >  2:315579/1‑141 (MQ=255)

  aTTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCAt                                                                                                                                      >  2:3555/1‑141 (MQ=255)

    tCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                                                    >  2:269693/1‑141 (MQ=255)

    tCTTCGCTGAATCGTTACTTTGATACCTTGGTTTTTTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATTTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                                                    <  1:193257/141‑1 (MQ=14)

     cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                                                   <  2:17461/141‑1 (MQ=255)

     cTTTGCTGTATGGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATTACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCC‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGc                                                                                                                                   <  1:38533/141‑1 (MQ=255)

      tttGCTGTATTGATACTTACATCCCTTGTCTTTCTTACGTTAATATGACGGTGCTCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTCCGATGTACAACTTCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCt                                                                                                                                  <  1:28984/141‑1 (MQ=11)

      tttGCGGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCt                                                                                                                                  <  2:203519/141‑1 (MQ=255)

        tGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAc                                                                                                                                >  1:157517/1‑141 (MQ=255)

         gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                               <  1:32531/141‑1 (MQ=255)

              tttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCATGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                          <  2:49060/140‑1 (MQ=255)

               ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                                         >  2:254025/1‑141 (MQ=255)

                tGATACTTTGATATCTTGTCTCTCTTACTTTAATATGACGGTGATTTTGCTCAATAAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACACTAACAGTCAGGTCCAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCACTTGCTGCCTTCCTTg                                                                                                                        >  2:7615/1‑141 (MQ=11)

                 gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCATTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                                                       >  1:223444/1‑141 (MQ=255)

                    aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                                    <  2:187069/141‑1 (MQ=255)

                      tttGGTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                                  <  2:96192/141‑1 (MQ=255)

                      tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                                  <  1:263986/141‑1 (MQ=255)

                       ttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTTCCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                 <  1:164842/141‑1 (MQ=255)

                       ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                 <  1:276640/141‑1 (MQ=39)

                       ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAAGATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGCCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATCGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                 <  1:203481/141‑1 (MQ=255)

                         gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATAGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAATTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                               >  2:327508/1‑141 (MQ=255)

                          atatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCCTTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCGTg                                                                                                              >  2:150361/5‑141 (MQ=11)

                          aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                              >  1:70796/1‑141 (MQ=255)

                          aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                              >  1:89785/1‑141 (MQ=255)

                          aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                              <  2:245831/141‑1 (MQ=255)

                          aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAATTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAGGGTGCCTg                                                                                                              >  2:260706/1‑141 (MQ=255)

                            atcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCGCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                                            <  1:103706/139‑1 (MQ=255)

                            aCCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                                            >  1:31022/1‑141 (MQ=255)

                             ccTTGCTTTTCTTACTTCAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAACGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATc                                                                                                           <  1:2257/141‑1 (MQ=11)

                               ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg                                                                                                         >  2:273434/1‑141 (MQ=255)

                               ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg                                                                                                         >  1:219918/1‑141 (MQ=39)

                                 gTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTa                                                                                                       >  2:307844/1‑141 (MQ=255)

                                  tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                                      <  2:218223/141‑1 (MQ=255)

                                  tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGACTGATCTGTac                                                                                                      >  2:156654/1‑140 (MQ=255)

                                    tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTTTGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                                                    >  1:243066/1‑141 (MQ=255)

                                     ttcttACTTTAATATGGCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCCTTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                                                   <  1:47713/141‑1 (MQ=255)

                                     ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAATCCGCAAGTCGTTTAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                                                   <  1:331188/141‑1 (MQ=14)

                                        ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATCACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                                >  2:10054/1‑141 (MQ=255)

                                        ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaacctcct                                                                                                >  2:248000/1‑135 (MQ=255)

                                        ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCt                                                                                                >  2:1357/1‑141 (MQ=255)

                                        ttACTTTAATATGACGGTGACGACACTAGATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGTTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                                >  2:153024/1‑141 (MQ=14)

                                          aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTAGATGTACAATGTCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTCATTACCttt                                                                                              >  1:64139/1‑141 (MQ=255)

                                             ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGa                                                                                           <  1:55812/141‑1 (MQ=35)

                                              tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTACGTTTAAAAGCTTTACTCCTCCCGGGCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAg                                                                                          >  1:144591/1‑141 (MQ=11)

                                               aaTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTATTTACTttttaatg                                                                                         >  1:169261/1‑137 (MQ=255)

                                                 tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggct                                                                                       <  1:258590/141‑3 (MQ=255)

                                                  aggACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggctt                                                                                      <  1:53999/139‑4 (MQ=11)

                                                   tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATACA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTa                                                                                     >  1:211029/1‑141 (MQ=11)

                                                    gatggTGATCTTGCTAAAGGTGGTTTTTCT‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAATGTGCCTGATCCGTAACTACCTTTTGAGGCTTAc                                                                                    <  1:161808/138‑1 (MQ=11)

                                                    gACGGTGATCTTGCTCCATGAGGTTATTCA‑GATATTTCAATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                                    <  2:255979/141‑1 (MQ=255)

                                                     aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGCTCTGTAATTATCTTTTGAGGTTTAcc                                                                                   >  1:74964/1‑141 (MQ=255)

                                                     aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                                   >  2:126194/1‑141 (MQ=255)

                                                       ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                                 >  1:166910/1‑141 (MQ=18)

                                                        gagATCGTTCTCAATGATGTTATTCA‑GCTATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGTTTTACCaaa                                                                                <  1:41541/139‑1 (MQ=11)

                                                            tCTTGCTCAATGAGGTTACTCC‑TGTAGTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                            >  2:322887/1‑141 (MQ=11)

                                                                 gtCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                                       <  2:224549/140‑1 (MQ=17)

                                                                 cTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAAt                                                                       >  2:283287/1‑141 (MQ=11)

                                                                    aaTGAGGTTATTCA‑GCTATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                    >  1:247914/1‑141 (MQ=255)

                                                                    aaTGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                    >  1:74029/1‑141 (MQ=255)

                                                                     aTGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgaga                                                                   >  1:109228/1‑141 (MQ=32)

                                                                      tGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACTAACTTGTTTAATGAGAc                                                                  >  2:301521/1‑141 (MQ=255)

                                                                      tGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCCGATCTGTAATTACCGTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAc                                                                  >  2:210693/1‑141 (MQ=255)

                                                                       gAGGTTATTCA‑GATACTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTACGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTCTTTAATGTGACg                                                                 <  1:235422/141‑1 (MQ=11)

                                                                        aGGTTATTCACGAT‑TTGCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTCCCTTCGTTTTAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTTTCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                <  2:6774/141‑1 (MQ=11)

                                                                        aGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGCCGGTGAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                >  1:297244/1‑141 (MQ=255)

                                                                        aGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                >  1:137641/1‑141 (MQ=32)

                                                                          gTTATTCA‑TAAATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                              <  1:18553/141‑1 (MQ=255)

                                                                           ttATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                             >  2:255546/1‑141 (MQ=12)

                                                                            tactCA‑TATAATTAGATGTACGATGACAGTTAGGTTTAAGGTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                            <  2:197584/138‑1 (MQ=11)

                                                                            tATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAACAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                            <  1:190284/141‑1 (MQ=12)

                                                                            tATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                            <  1:52750/141‑1 (MQ=12)

                                                                            tATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                            >  1:280509/1‑141 (MQ=17)

                                                                             aTTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt                                                           >  1:117726/1‑141 (MQ=255)

                                                                              ttCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa                                                          >  2:60567/1‑141 (MQ=11)

                                                                               tCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATGGTTTAATGAGACGTTTGATaa                                                         >  2:124288/1‑141 (MQ=11)

                                                                                cA‑GATATTTCGATGTACCCTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTGGCGGCTTTGATGCCATTAAGAATTGCTGCCTGGGGTGAATGTTTCTGATCTGTAAGTAGCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                                        <  2:277969/141‑1 (MQ=2)

                                                                                cA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACGAAATCGTTTAATGAGACGTTTGATaga                                                        >  2:179874/1‑139 (MQ=11)

                                                                                cA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                                        <  1:125785/141‑1 (MQ=32)

                                                                                cA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTCTAAGGTTAAAAGCTTTAGTTATGGAAGCCAGTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                                        >  2:321185/1‑141 (MQ=11)

                                                                                 a‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc                                                       <  1:266861/141‑1 (MQ=17)

                                                                                   gATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                                      <  1:2305/141‑1 (MQ=17)

                                                                                    atatTTGGATTTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                                                     <  2:42952/141‑1 (MQ=255)

                                                                                      atTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                                   <  1:169761/141‑1 (MQ=255)

                                                                                        ttCTATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                                 <  2:9152/141‑1 (MQ=11)

                                                                                          cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                               >  1:182092/1‑141 (MQ=17)

                                                                                          cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGCGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                               >  2:266956/1‑141 (MQ=11)

                                                                                          cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                               <  1:301605/141‑1 (MQ=11)

                                                                                          cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                               <  2:247544/141‑1 (MQ=32)

                                                                                              gTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGccgct                                           >  2:81741/1‑137 (MQ=11)

                                                                                               tACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAAt                                          <  2:237640/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                 cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGGTTACCAAATTGTTTATTGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                        >  1:288173/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                  aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                                       >  1:1887/1‑141 (MQ=14)

                                                                                                   aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt                                      <  1:101734/141‑1 (MQ=32)

                                                                                                    tGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTa                                     <  2:169799/141‑1 (MQ=31)

                                                                                                     gACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAt                                    >  2:173178/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                            agctttaactttaaAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTg                             <  1:62272/138‑1 (MQ=0)

                                                                                                                                       tttAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg  >  1:175105/1‑141 (MQ=2)

                                                                                                                                       tttAGCCATTGCTACTCTCGTTGAAGATGCCTGATCTGGAATTACCTTTCGAGGTTTCCCAAATTGTTTAAGGGGACGTTTGCTACACGCATATTCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg  <  1:168161/141‑1 (MQ=11)

GTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATG  >  CP000730/35986‑36260

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`