Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 36,124 G→A 58.3% A143V (GCT→GTT)  USA300HOU_0026 ← IS431mec transposase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP00073036,1240GA58.3% 67.9 / 230.8 203A143V (GCT→GTT) USA300HOU_0026IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (42/42);  new base A (53/65);  total (95/108)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.67e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.07e-01

Only 100 of 203 total aligned reads displayed.

GTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATG  >  CP000730/35986‑36260
                                                                                                                                           |                                                                                                                                        
gTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGcc                                                                                                                                        >  1:232408/1‑141 (MQ=255)
gTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTCCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGcc                                                                                                                                        <  2:253270/141‑1 (MQ=255)
  aTTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGTTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAt                                                                                                                                      >  2:315579/1‑141 (MQ=255)
  aTTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCAt                                                                                                                                      >  2:3555/1‑141 (MQ=255)
    tCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                                                    >  2:269693/1‑141 (MQ=255)
    tCTTCGCTGAATCGTTACTTTGATACCTTGGTTTTTTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATTTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                                                    <  1:193257/141‑1 (MQ=14)
     cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                                                   <  2:17461/141‑1 (MQ=255)
     cTTTGCTGTATGGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATTACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCCGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGc                                                                                                                                   <  1:38533/141‑1 (MQ=255)
      tttGCTGTATTGATACTTACATCCCTTGTCTTTCTTACGTTAATATGACGGTGCTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTCCGATGTACAACTTCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCt                                                                                                                                  <  1:28984/141‑1 (MQ=11)
      tttGCGGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCt                                                                                                                                  <  2:203519/141‑1 (MQ=255)
        tGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAc                                                                                                                                >  1:157517/1‑141 (MQ=255)
         gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                               <  1:32531/141‑1 (MQ=255)
              tttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCATGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                          <  2:49060/140‑1 (MQ=255)
               ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                                         >  2:254025/1‑141 (MQ=255)
                tGATACTTTGATATCTTGTCTCTCTTACTTTAATATGACGGTGATTTTGCTCAATAAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACACTAACAGTCAGGTCCAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCACTTGCTGCCTTCCTTg                                                                                                                        >  2:7615/1‑141 (MQ=11)
                 gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCATTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                                                       >  1:223444/1‑141 (MQ=255)
                    aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                                    <  2:187069/141‑1 (MQ=255)
                      tttGGTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                                  <  2:96192/141‑1 (MQ=255)
                      tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                                  <  1:263986/141‑1 (MQ=255)
                       ttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTTCCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                 <  1:164842/141‑1 (MQ=255)
                       ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                 <  1:276640/141‑1 (MQ=39)
                       ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAAGATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGCCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATCGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                 <  1:203481/141‑1 (MQ=255)
                         gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATAGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAATTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                               >  2:327508/1‑141 (MQ=255)
                          atatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCCTTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCGTg                                                                                                              >  2:150361/5‑141 (MQ=11)
                          aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                              >  1:70796/1‑141 (MQ=255)
                          aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                              >  1:89785/1‑141 (MQ=255)
                          aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                              <  2:245831/141‑1 (MQ=255)
                          aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAATTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAGGGTGCCTg                                                                                                              >  2:260706/1‑141 (MQ=255)
                            atcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCGCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                                            <  1:103706/139‑1 (MQ=255)
                            aCCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                                            >  1:31022/1‑141 (MQ=255)
                             ccTTGCTTTTCTTACTTCAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAACGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATc                                                                                                           <  1:2257/141‑1 (MQ=11)
                               ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg                                                                                                         >  2:273434/1‑141 (MQ=255)
                               ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg                                                                                                         >  1:219918/1‑141 (MQ=39)
                                 gTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTa                                                                                                       >  2:307844/1‑141 (MQ=255)
                                  tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                                      <  2:218223/141‑1 (MQ=255)
                                  tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGACTGATCTGTac                                                                                                      >  2:156654/1‑140 (MQ=255)
                                    tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTTTGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                                                    >  1:243066/1‑141 (MQ=255)
                                     ttcttACTTTAATATGGCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCCTTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                                                   <  1:47713/141‑1 (MQ=255)
                                     ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAATCCGCAAGTCGTTTAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                                                   <  1:331188/141‑1 (MQ=14)
                                        ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATCACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                                >  2:10054/1‑141 (MQ=255)
                                        ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaacctcct                                                                                                >  2:248000/1‑135 (MQ=255)
                                        ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCt                                                                                                >  2:1357/1‑141 (MQ=255)
                                        ttACTTTAATATGACGGTGACGACACTAGATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGTTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                                >  2:153024/1‑141 (MQ=14)
                                          aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTAGATGTACAATGTCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTCATTACCttt                                                                                              >  1:64139/1‑141 (MQ=255)
                                             ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGa                                                                                           <  1:55812/141‑1 (MQ=35)
                                              tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTACGTTTAAAAGCTTTACTCCTCCCGGGCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAg                                                                                          >  1:144591/1‑141 (MQ=11)
                                               aaTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTATTTACTttttaatg                                                                                         >  1:169261/1‑137 (MQ=255)
                                                 tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggct                                                                                       <  1:258590/141‑3 (MQ=255)
                                                  aggACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggctt                                                                                      <  1:53999/139‑4 (MQ=11)
                                                   tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATACAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTa                                                                                     >  1:211029/1‑141 (MQ=11)
                                                    gatggTGATCTTGCTAAAGGTGGTTTTTCTGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAATGTGCCTGATCCGTAACTACCTTTTGAGGCTTAc                                                                                    <  1:161808/138‑1 (MQ=11)
                                                    gACGGTGATCTTGCTCCATGAGGTTATTCAGATATTTCAATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                                    <  2:255979/141‑1 (MQ=255)
                                                     aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGCTCTGTAATTATCTTTTGAGGTTTAcc                                                                                   >  1:74964/1‑141 (MQ=255)
                                                     aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                                   >  2:126194/1‑141 (MQ=255)
                                                       ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                                 >  1:166910/1‑141 (MQ=18)
                                                        gagATCGTTCTCAATGATGTTATTCAGCTATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGTTTTACCaaa                                                                                <  1:41541/139‑1 (MQ=11)
                                                            tCTTGCTCAATGAGGTTACTCCTGTAGTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                            >  2:322887/1‑141 (MQ=11)
                                                                 gtCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                                       <  2:224549/140‑1 (MQ=17)
                                                                 cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAAt                                                                       >  2:283287/1‑141 (MQ=11)
                                                                    aaTGAGGTTATTCAGCTATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                    >  1:247914/1‑141 (MQ=255)
                                                                    aaTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                    >  1:74029/1‑141 (MQ=255)
                                                                     aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgaga                                                                   >  1:109228/1‑141 (MQ=32)
                                                                      tGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACTAACTTGTTTAATGAGAc                                                                  >  2:301521/1‑141 (MQ=255)
                                                                      tGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCCGATCTGTAATTACCGTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAc                                                                  >  2:210693/1‑141 (MQ=255)
                                                                       gAGGTTATTCAGATACTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTACGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTCTTTAATGTGACg                                                                 <  1:235422/141‑1 (MQ=11)
                                                                        aGGTTATTCACGATTTGCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTCCCTTCGTTTTAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTTTCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                <  2:6774/141‑1 (MQ=11)
                                                                        aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGCCGGTGAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                >  1:297244/1‑141 (MQ=255)
                                                                        aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                >  1:137641/1‑141 (MQ=32)
                                                                          gTTATTCATAAATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                              <  1:18553/141‑1 (MQ=255)
                                                                           ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                             >  2:255546/1‑141 (MQ=12)
                                                                            tactCATATAATTAGATGTACGATGACAGTTAGGTTTAAGGTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                            <  2:197584/138‑1 (MQ=11)
                                                                            tATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAACAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                            <  1:190284/141‑1 (MQ=12)
                                                                            tATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                            <  1:52750/141‑1 (MQ=12)
                                                                            tATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                            >  1:280509/1‑141 (MQ=17)
                                                                             aTTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt                                                           >  1:117726/1‑141 (MQ=255)
                                                                              ttCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa                                                          >  2:60567/1‑141 (MQ=11)
                                                                               tCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATGGTTTAATGAGACGTTTGATaa                                                         >  2:124288/1‑141 (MQ=11)
                                                                                cAGATATTTCGATGTACCCTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTGGCGGCTTTGATGCCATTAAGAATTGCTGCCTGGGGTGAATGTTTCTGATCTGTAAGTAGCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                                        <  2:277969/141‑1 (MQ=2)
                                                                                cAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACGAAATCGTTTAATGAGACGTTTGATaga                                                        >  2:179874/1‑139 (MQ=11)
                                                                                cAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                                        <  1:125785/141‑1 (MQ=32)
                                                                                cAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTCTAAGGTTAAAAGCTTTAGTTATGGAAGCCAGTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                                        >  2:321185/1‑141 (MQ=11)
                                                                                 aGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc                                                       <  1:266861/141‑1 (MQ=17)
                                                                                   gATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                                      <  1:2305/141‑1 (MQ=17)
                                                                                    atatTTGGATTTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                                                     <  2:42952/141‑1 (MQ=255)
                                                                                      atTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                                   <  1:169761/141‑1 (MQ=255)
                                                                                        ttCTATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                                 <  2:9152/141‑1 (MQ=11)
                                                                                          cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                               >  1:182092/1‑141 (MQ=17)
                                                                                          cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGCGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                               >  2:266956/1‑141 (MQ=11)
                                                                                          cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                               <  1:301605/141‑1 (MQ=11)
                                                                                          cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                               <  2:247544/141‑1 (MQ=32)
                                                                                              gTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGccgct                                           >  2:81741/1‑137 (MQ=11)
                                                                                               tACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAAt                                          <  2:237640/141‑1 (MQ=17)
                                                                                                 cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGGTTACCAAATTGTTTATTGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                        >  1:288173/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                  aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                                       >  1:1887/1‑141 (MQ=14)
                                                                                                   aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt                                      <  1:101734/141‑1 (MQ=32)
                                                                                                    tGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTa                                     <  2:169799/141‑1 (MQ=31)
                                                                                                     gACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAt                                    >  2:173178/1‑141 (MQ=11)
                                                                                                            agctttaactttaaAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTg                             <  1:62272/138‑1 (MQ=0)
                                                                                                                                       tttAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg  >  1:175105/1‑141 (MQ=2)
                                                                                                                                       tttAGCCATTGCTACTCTCGTTGAAGATGCCTGATCTGGAATTACCTTTCGAGGTTTCCCAAATTGTTTAAGGGGACGTTTGCTACACGCATATTCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg  <  1:168161/141‑1 (MQ=11)
                                                                                                                                           |                                                                                                                                        
GTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATG  >  CP000730/35986‑36260

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: