| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,850 | C→T | 23.6% | intergenic (+81/+27) | USA300HOU_0025 → / ← USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,850 | 0 | C | T | 23.6% | 63.7 / 11.7 | 33 | intergenic (+81/+27) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/13); new base T (3/5); total (15/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 | |||||||||||
TCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAA > CP000730/35711‑35965 | tcATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGAATACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTTTGTTGCAATGAAAAAAAATATAGCTAAcc > 1:136584/1‑141 (MQ=255) aaGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTa > 1:145485/1‑141 (MQ=255) tAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTc > 2:312004/1‑141 (MQ=255) tAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGATAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATAATGTCAgtga > 2:203481/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaaTGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAACAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAATAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTc > 1:329679/1‑141 (MQ=255) aaTGATTACTTGAACAAGGGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTGAAAAAATATAGCTACCCACTAATTTATCATGTCAGTGTTAGCTTAGCTTGCTAGCATGAGGCTAATTTCGt > 2:38533/1‑141 (MQ=21) ttGAAAAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGTAATGGct < 2:289270/141‑2 (MQ=255) cAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAAt < 1:58720/141‑1 (MQ=255) cAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAAt < 1:323583/141‑1 (MQ=255) agCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAGAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGACACTCCGt > 2:306491/1‑141 (MQ=255) aaataaaatTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATc < 1:305847/141‑1 (MQ=255) aaataaaatTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATc < 1:18041/141‑1 (MQ=255) aaataaaatTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATc > 2:1121/1‑141 (MQ=255) aataaaatTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACAACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGAGGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCt > 2:76765/1‑141 (MQ=255) acaaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGaa > 1:133051/15‑141 (MQ=11) 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1:276739/133‑1 (MQ=11) tgtgATCTAATAAAAATCGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 2:106749/141‑1 (MQ=255) tgAGCTAATAAAAATAAAAGGTTCTTTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAagaccaca < 2:252766/141‑6 (MQ=255) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATGATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCGTGGCGAAAATCAGTAGATCTGAAGAGGCCTGCgg > 1:133254/4‑141 (MQ=11) taataaAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACGTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt > 2:167419/1‑141 (MQ=255) aataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTGGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCt < 2:53817/141‑1 (MQ=11) aaTAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttttt < 1:133753/141‑1 (MQ=34) ttacAAAGTAAAAAAATATAGATAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTGGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTaaa < 2:170172/138‑1 (MQ=0) | TCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAA > CP000730/35711‑35965 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |