| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 952,759 | T→C | 16.8% | F319F (TTT→TTC) | rocD → | ornithine‑‑oxo‑acid transaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 952,759 | 0 | T | C | 16.8% | 41.5 / 2.1 | 23 | F319F (TTT→TTC) | rocD | ornithine‑‑oxo‑acid transaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/8); new base C (2/2); total (13/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAGATGTCTTTACACCTGGCTCACATGGTTCAACATTTGGTGGTAATCCACTTGCTTGTGCTGCATCAATTGCTGCATTAGATGTTATCGTTGATGAGGATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGATCATCCATCAATTAAAGAAGTCCGTGGACGTGGTTTGTTTATAGGTGTGGAACTTAATGAAAGTGCTAGACCATATTGTGAAGCTTTGAAAGAAGAAGGCTTATTATGTAAAGAAA > CP000730/952623‑952898 | tAGATGTCTTTACACCTGGCCCACATGGTTCAACATTTGGTGGTAATCCACTTGCTTGTGCCGCATCAATTGCTGCATTAGATGTTATCGTTGATGAGGATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAg < 2:222378/141‑1 (MQ=255) aTGTCTTTACACCTGGCTCACATGGTTCAACATTTGGTGGTAATCCACTTGCTTGTGCTGCATCAATTGCTGCATTAGATGTTATCGTTGATAATGATTTACCAGGCCGCTCTTTAGTATTAGGAGATTATTTCAAAGAAc > 1:44216/1‑141 (MQ=255) acacCTGGCTCACATGGTTCAACATTTGGTGGTAATCCACTTGCTTGTGCTGCATCAATTGCTGCATTAGATGTTATCGTTGATGAGGATTTACCAGGCGGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAGAAATTaaac > 2:9237/1‑140 (MQ=255) tGGCTCACATGGTTCAACATTTGGTGGTAATCCACTTGCTTGTGCTGCATCAATTGCTGCATTAGATGTTATCGTTGATGAGGATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAAt > 2:199767/1‑141 (MQ=255) cTCACATGGTTCAACATTTGGTGGTAATCCACTTGCTTGTGCTGCATCAATTGCTGCATTAGATGTTATCGTTGATGAGGATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGa < 1:306813/141‑1 (MQ=255) cTCACATGGTTCAACATTTGGTGGTAATCCACTTGCTTGTGCTGCATCAATTGATGCATTCGAAGTTATAGTTCATGTGGATCTATCAGGCCGCTCTTGTGAAGTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGa > 2:278097/1‑141 (MQ=255) tCACATGGTTCAACATTTGGTGGTAATCCACTTGCTTGTGCTGCATCAATTGCTGCATTAGATGTTATCGTTGATGAGGATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGat > 1:171736/1‑141 (MQ=255) tCACATGGTTCAACATTTGGTGGTAATCCACTTGCTTGTGCTGCATCAATTGCTGCATTAGATGTTATCGTTGATGAGGATTTACCAGGACGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGat > 2:220996/1‑141 (MQ=255) cacaTGGTTCAACATTTGGTGGTAGTCCACTTGCCTGTGCGGCATCAATTGCTGCATTAGATGTTATCGTTGATGAGGATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTCTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGagc > 1:244383/1‑139 (MQ=255) tCAACATTTGGTGGTAATCCACTTGCTTGTGCTGCATCAATTGCTGCATTAGATGTTATCGTTGATGAGGATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGATCATCCATCa < 1:335308/141‑1 (MQ=255) cACTTGCTTGTGCTGCATCAATTGCTGCATTAGATGTTATCGTTGATGAGGATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGATCATCCATCGATTAAAGAAGTCCGTGGAc < 1:199767/141‑1 (MQ=255) aaTTGCTGCATTAGATGTTATCGTTGATGAGGATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGATCATCCATCAATTAAAGAAGTCCGTGGACGTGGTTTGTTTATAGgtgt < 1:309209/141‑1 (MQ=255) aaTTGCTGCATTAGATGTTATCGTTGATGAGGATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGATCATCCATCAATTAAAGAAGTCCGTGGACGTGGTTTGTTTATAGgtgt < 2:257550/141‑1 (MQ=255) ttGCTGCATTAGATGTTATCGTTGATGAGGATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATCGATCATCCATCAATTAAAGAAGTCCGTGGACGTGGTTTGTTTATAGGTGTgg > 1:173926/1‑141 (MQ=255) attagtgtttATCGTTGATGAGGATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTCAAAGAACAATTAAAGCAAATTGATCATCCATCAATTAAAGAAGTCCGTGGACGTGGTTTGTTTATAGGTGTGGAACTTaa < 2:44216/133‑1 (MQ=255) tGTTATCGTTGATGAGGATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGATCATCCATCAATTAAAGAGGTCCGTGGACGTGGGTTGTTTATAGGTGTGGAACTTAATGAAAg > 1:192913/1‑141 (MQ=255) ggATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGATCATCCATCAATTAAAGAAGTCCGTGGACGTGGTTTGTTTATAGGTGTGGAACTTAATGAAAGTGCTAGACCATATtg > 1:200774/1‑141 (MQ=255) ggATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTCAAAGAACAATTAAAGCAAATTGATCATCCATCAATTAAAGAAGTCCGTGGACGTGGTTTGTTTATAGGTGTGGAACTTAATGAAAGTGCTAGACCATATtg > 1:7792/1‑141 (MQ=255) gATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGCACCATTAACGCAAATTGATCTTCCATGAATTAAAGAAGTCCGTGGAGGTGGTTTGTTTATAGGTGTGGAACTTAATGAAAGTGCTAGACCATATtgt < 2:244383/141‑1 (MQ=255) gATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTCAAAGAACAATTAAAGCAAATTGATCATCCATCAATTAAAGAAGTCCGTGGACGTGGTTTGTTTATAGGTGTGGAACTTAATGAAAGTGCTAGACCATATtgt < 2:23905/141‑1 (MQ=255) aTTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGATCATCCATCAATTAAAGAAGTCCGTGGACGTGGTTTGTTTATAGGTGTGGAACTTAATGAAAGTGCTAGACCATATtgtg > 2:173155/1‑141 (MQ=255) aGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGATCATCCATCAGTTAAAGAAGTACGTGGACGTGGTTTGTTTATAGGTGTGGAACTTAATAAAAGTGCTAGACCATATTGTGAAGCTTTGAAAAAAGAAgg > 2:148607/1‑141 (MQ=255) tAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGATCATCCATCAATTAAAGAAGTCCGTGGACGTGGTTTGTTTATAGGTGTGGAACTTAATGAAAGTGCTAGACCATATTGTGAAGCTTTGAAAGAAGAAGGCttat < 2:171736/141‑1 (MQ=255) ttAAAGAACAATTAAAGCAAATTGATCATCCATCAATTAAAGAAGTCCGTGGACGTGGTTTGTTTATAGGTGTGGAACTTAATGAAAGTGCTAGACCATATTGTGAAGCTTTGAAAGAAGAAGGCTTATTATGTAAAGaaa > 2:255447/1‑141 (MQ=255) | TAGATGTCTTTACACCTGGCTCACATGGTTCAACATTTGGTGGTAATCCACTTGCTTGTGCTGCATCAATTGCTGCATTAGATGTTATCGTTGATGAGGATTTACCAGGCCGCTCTTTAGAATTAGGAGATTATTTTAAAGAACAATTAAAGCAAATTGATCATCCATCAATTAAAGAAGTCCGTGGACGTGGTTTGTTTATAGGTGTGGAACTTAATGAAAGTGCTAGACCATATTGTGAAGCTTTGAAAGAAGAAGGCTTATTATGTAAAGAAA > CP000730/952623‑952898 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |