Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 2,337,959 C→T 100% intergenic (‑125/‑119) USA300HOU_2195 ← / → USA300HOU_2196 possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007302,337,9590CT100.0% 106.3 / NA 35intergenic (‑125/‑119)USA300HOU_2195/USA300HOU_2196possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (20/15);  total (20/15)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

TATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTG  >  CP000730/2337841‑2338095
                                                                                                                      |                                                                                                                                         
tATCCTTTCAGTTATCTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTAGCTTTCTATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAACTTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATAACtt                                                                                                                     <  1:234869/141‑1 (MQ=255)
        cAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAAtt                                                                                                             <  2:121649/141‑1 (MQ=255)
                  tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa                                                                                                   >  2:161950/1‑141 (MQ=255)
                    gtcgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTaaa                                                                                                 >  1:157361/1‑141 (MQ=255)
                          tAAAGTAATGTTGCTTCATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATAGTTTTTAATTACTTTTAAAATTGTATAACTTCAATAtttt                                                                                           >  2:233281/1‑140 (MQ=255)
                                gattttGCTTTATATGTTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTGAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCCTCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATTTTTAAAATgt                                                                                     >  2:73101/5‑140 (MQ=255)
                                aaTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTCCACCAATTTAAATTTGTCTCTTTTGTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGa                                                                                    >  1:159293/1‑141 (MQ=255)
                                    ttGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGAtata                                                                                >  1:120244/1‑141 (MQ=255)
                                     tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATaa                                                                               <  2:103782/141‑1 (MQ=255)
                                     tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATaa                                                                               >  2:263200/1‑141 (MQ=255)
                                       ttttATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATc                                                                             <  2:279892/140‑1 (MQ=255)
                                        tttATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCa                                                                            >  2:233515/1‑141 (MQ=255)
                                          tatataTTGTCATCTTCGTTTGTATGCTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATAGTTTTTATTTACTTTAAAAATTGTATAAATTAAATATTTAAAATGCTCTAATCACt                                                                          >  2:169656/1‑141 (MQ=255)
                                          tataccttGTCCTCTTCGTCTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACt                                                                          <  1:322126/135‑1 (MQ=255)
                                             atatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTaaa                                                                       >  2:230885/1‑140 (MQ=255)
                                              tatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGa                                                                      <  2:159239/141‑1 (MQ=255)
                                               atTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAt                                                                     >  1:281914/1‑141 (MQ=255)
                                                 tGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAttt                                                                   >  2:326453/1‑140 (MQ=255)
                                                   tCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTTCTCAAATGTAGTTTCGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGat                                                                 <  1:257392/141‑1 (MQ=255)
                                                           gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATATTATTTa                                                         >  1:30812/1‑141 (MQ=255)
                                                           gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATCTTTa                                                         >  2:297092/1‑141 (MQ=255)
                                                           gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATAACTAAGATTGATAATATTTa                                                         >  1:30827/1‑141 (MQ=255)
                                                           gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATGGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                         >  1:109075/1‑141 (MQ=255)
                                                               gAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttt                                                     >  1:281659/1‑141 (MQ=255)
                                                                 aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttttt                                                   >  2:50866/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                  gTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGAt                  >  1:265573/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                     tctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCg               >  1:270412/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      ctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg              <  1:233515/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                           ttAACCTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTAACTAAAAACTTGTTACACTTTAATATTTAAAATCACCCCACTTCTAATATTGCCACTGGTTTAGTGGTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAt         <  1:78378/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                           ttAACATTTTATATTTCCTCGTTTTTAATTACTTCAATAATTATATAACTTAAATTTTTAAAATGCATAGATAACTAATATTGATAAGAATGAAGTTTTTTAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAt         <  1:78365/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                           ttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAt         <  1:330822/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                            tAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAtt        <  1:198558/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                             aaCATGTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGCGGTACTGAAAAttt       <  2:73211/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                               cATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTgg     <  2:288303/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  tttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTATTTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTg  <  2:76934/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                      |                                                                                                                                         
TATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTG  >  CP000730/2337841‑2338095

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: