BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP000730	36,119	C→T	31.1%	V145I (GTA→ATA)	USA300HOU_0026 ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	36,119	0	C	T	31.1%	629.1 / inf	578	V145I (GTA→ATA)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (204/190); new base T (110/69); total (319/259)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.71e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01

Only 100 of 585 total aligned reads displayed.

TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAAT  >  CP000730/35979‑36248

ttttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAc                                                                                                                                   <  1:666880/141‑1 (MQ=255)

 tttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTGTGATACCTTGACTTTCTTACTTTAATAGTGCGTTGATCTTGCTCAATGAGGTTACTCAGATATTTCGATGTAAAATAGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACt                                                                                                                                  <  2:88728/141‑1 (MQ=11)

  ttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACtt                                                                                                                                 <  1:131442/141‑1 (MQ=255)

   tAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAtttt                                                                                                                                <  2:133967/141‑1 (MQ=255)

     aaGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAg                                                                                                                              <  1:692066/141‑1 (MQ=40)

     aaGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCCGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAtttttg                                                                                                                              >  2:25052/1‑139 (MQ=14)

      aGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTaac                                                                                                                             <  1:188120/141‑3 (MQ=255)

          ttCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAtt                                                                                                                         <  1:327273/141‑1 (MQ=255)

           tCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTg                                                                                                                        <  1:539898/141‑1 (MQ=255)

            cTTTTCTGTATTGACACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                                       <  2:372019/141‑1 (MQ=255)

            cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCTGGTTTAAGTTTAAAAGCTCTATTTACTTTAACCATTGc                                                                                                                       <  1:431538/141‑1 (MQ=14)

             tttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCt                                                                                                                      >  1:622551/1‑141 (MQ=255)

             tttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCt                                                                                                                      <  1:109676/141‑1 (MQ=255)

             tttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTTCt                                                                                                                      >  1:262507/1‑141 (MQ=255)

             tttGCTGTATTGATACTTTGAGACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCCTTAATTACTTTAACCATTGCt                                                                                                                      >  2:70107/1‑141 (MQ=255)

              ttGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtg                                                                                                                     >  1:713056/1‑140 (MQ=255)

               tGCTGTTTTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGCCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATACTTCGATGTACCATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAc                                                                                                                    <  2:3443/141‑1 (MQ=14)

               tGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAc                                                                                                                    <  1:275906/141‑1 (MQ=255)

                tcTGTATTGATACTTTGATTCCTTGTCTTTCTTACTTTAATCTGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                   <  2:225440/140‑1 (MQ=14)

                tcTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTGGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAACGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCGTTGCTAcc                                                                                                                   <  2:571220/140‑1 (MQ=14)

                gccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtgcc                                                                                                                   >  2:173643/4‑138 (MQ=14)

                gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGCCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                   >  2:411865/1‑141 (MQ=255)

                gCTGTATTGATACTTTGATACATTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTGCAATGGCAGTGGGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                   >  1:443370/1‑141 (MQ=14)

                gCTGTATTGATACCTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTAcc                                                                                                                   <  1:142565/141‑1 (MQ=255)

                     agtGATACTTTGACACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGCGATCTTGCTCAAAGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGt                                                                                                              <  2:567609/139‑1 (MQ=255)

                      ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGATTTAATTACTTTAGCCGTTGCTACCtcagct                                                                                                             >  1:756204/1‑136 (MQ=255)

                          tACTTTTATTCCTTGTTTTTCTTATTTTAATATGACGGTCATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                                         <  2:102703/141‑1 (MQ=11)

                          tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                                         >  2:764136/1‑141 (MQ=255)

                            cTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGTTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTATTTATTTTTGCCATTGCTGCCTTCGTGTAAGGt                                                                                                       >  1:680467/1‑141 (MQ=11)

                            cTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGt                                                                                                       >  1:610548/1‑141 (MQ=255)

                             tttGATCCCGTTTCTTTCTTAGTTTACGATGACCGGGATCTTGCTCAATGCAGTTAGTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                      <  1:21163/141‑1 (MQ=11)

                             tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                      >  1:736429/1‑141 (MQ=255)

                             tttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                      >  2:392005/1‑141 (MQ=255)

                              ttGATTCCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGCAGgcgc                                                                                                     <  2:670964/141‑1 (MQ=11)

                              ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                     <  2:597283/141‑1 (MQ=255)

                               tGATATCGTGTTTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTTCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGTCAGCCAGGTTTAAGTTTAAAATCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGcc                                                                                                    <  2:14083/141‑1 (MQ=11)

                               tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGcc                                                                                                    >  1:254519/1‑141 (MQ=38)

                                taTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                   <  2:333135/140‑1 (MQ=255)

                                gATATCTTGTCTTTCTTAATTTAATATGACGGTGAACTTGCTCAATCAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCCGGTTTACGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                   <  2:666236/141‑1 (MQ=11)

                                gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                   >  1:525391/1‑141 (MQ=255)

                                 aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                  <  2:637856/141‑1 (MQ=255)

                                   aCCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                                >  2:160256/1‑141 (MQ=255)

                                    tcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCCGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATc                                                                                               >  1:103423/2‑141 (MQ=255)

                                             tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTAc                                                                                      <  1:354342/141‑1 (MQ=255)

                                             tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCCGTGGACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc                                                                                      <  1:725962/141‑1 (MQ=14)

                                                 tcTTTAATAGGACGGTTATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTCCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttt                                                                                  <  1:600733/140‑1 (MQ=11)

                                                  cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                 <  2:418726/141‑1 (MQ=35)

                                                  cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAAGGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                 <  2:271978/141‑1 (MQ=255)

                                                   tttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTCCCTTTTg                                                                                >  2:558030/1‑141 (MQ=255)

                                                    ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATAACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGa                                                                               <  1:514935/141‑1 (MQ=255)

                                                        tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGCTGTACAATGACAGTCCGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggct                                                                           >  1:49006/1‑139 (MQ=11)

                                                        tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCTGGTTTTAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTTATCTGTAATTACCTTTTTAGGtt                                                                           >  1:153727/1‑141 (MQ=11)

                                                         atGACGGTGATCCTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACCGGCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTGTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTTATCTGTAACTACCTTTTGAggctt                                                                          <  2:121014/141‑4 (MQ=11)

                                                            ccggtcttCTTGCGGAATGCGATTATTTTAATAGTTCTTTGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAcc                                                                       <  1:173910/134‑1 (MQ=11)

                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                       >  1:506361/1‑141 (MQ=19)

                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                       >  2:722297/1‑141 (MQ=25)

                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                       <  1:655504/141‑1 (MQ=19)

                                                            aCGGTGATCTTACTCAATGAGGTTATTCAGATATATCGATGTACAATGACAGGCAGGATTAAGTTTAACAGTTTTAATTATTTTAGCCATAGCTGACTTCGTTGCAGGTGACTGAACTGTAACTACCTATTGAGGCTGAcc                                                                       >  2:210443/1‑141 (MQ=11)

                                                              ggTGATCTTGCTCAATGAGTCTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCACTGCTCCCTTCGTTGCAGGTGGCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                     <  2:236566/141‑1 (MQ=11)

                                                              ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGCAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTGGAGGTTTACaaa                                                                     >  2:11415/1‑141 (MQ=11)

                                                                  aTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTg                                                                 <  2:487873/141‑1 (MQ=17)

                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTACGTTCCTGAGCGTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                <  1:367462/141‑1 (MQ=11)

                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTATCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGt                                                                >  1:747494/1‑141 (MQ=11)

                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTAATCTGTAACTACCTTTTGAGGATTACCCAATTGt                                                                >  2:688648/1‑141 (MQ=11)

                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCACATTGt                                                                >  2:64952/1‑141 (MQ=17)

                                                                   gctcgataaaTGTGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                >  2:751221/9‑141 (MQ=11)

                                                                    cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGGTAGGTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAGAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGGTCCCTTGGTTCCGGTGGTCCGGTCTGTACCTACCTTTCGAGGCTTACCAACTTGtt                                                               >  2:741222/1‑141 (MQ=2)

                                                                    cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAccccattctt                                                               <  2:475545/141‑9 (MQ=255)

                                                                    cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                               >  1:222/1‑141 (MQ=17)

                                                                    cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGtt                                                               >  1:246739/1‑141 (MQ=255)

                                                                    cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGtt                                                               >  1:392852/1‑141 (MQ=255)

                                                                     ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGttt                                                              >  2:359990/1‑141 (MQ=12)

                                                                      tGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTa                                                             >  2:524454/1‑141 (MQ=255)

                                                                       gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                            <  2:31659/141‑1 (MQ=17)

                                                                        cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                           <  1:674001/141‑1 (MQ=17)

                                                                          cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                                         <  2:287213/141‑1 (MQ=32)

                                                                             tGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAc                                                      <  2:404640/141‑1 (MQ=17)

                                                                               aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                    >  2:188486/1‑141 (MQ=17)

                                                                                ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                   >  1:638987/1‑141 (MQ=255)

                                                                                  ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                 >  2:533378/1‑141 (MQ=11)

                                                                                  ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                 <  1:703631/141‑1 (MQ=32)

                                                                                   tATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTTCTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                <  1:295885/141‑1 (MQ=12)

                                                                                   tATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTCATGAGACGTTTGa                                                <  2:453346/141‑1 (MQ=12)

                                                                                   tATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                <  1:298197/141‑1 (MQ=11)

                                                                                       cAGATAATTCCATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                            <  2:607868/141‑1 (MQ=255)

                                                                                        aGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc                                           <  1:548418/141‑1 (MQ=11)

                                                                                              ttCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCctat                                     >  1:89789/1‑141 (MQ=12)

                                                                                               tCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg                                    <  2:578938/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                cGATGTACAATGGCAGTCAGGATTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                   >  1:401648/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                   <  1:582766/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                 gATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                  >  2:620335/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                  aTGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTg                                 <  1:344878/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                  aTGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATctgctg                                 >  1:383732/1‑141 (MQ=17)

                                                                                                   tGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa                                >  2:297480/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                    gTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGaa                               <  1:415137/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                      aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTCCCCTTTGGGGTGTACTCTATATTGTAATGAGACGTTTGATAACCGCACTTGCTGAATg                             <  1:566500/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                       cAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                            <  1:47646/141‑1 (MQ=32)

                                                                                                         aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGGTGCCTTATCGGAAGGTGCTTGACGTTTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGTCGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt                          >  1:764393/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                           gACAGTGAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAt                        >  2:428305/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                                                aatcTTTAATTACGTTAACCATTGCTACCTTTCTTGAAGGTGCCTGAGTTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCaaa   <  2:464011/138‑1 (MQ=1)

TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAAT  >  CP000730/35979‑36248

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`