| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 35,817 | A→T | 35.2% | intergenic (+48/+60) | USA300HOU_0025 → / ← USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,817 | 0 | A | T | 35.2% | 154.3 / 86.6 | 99 | intergenic (+48/+60) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/31); new base T (8/26); total (41/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
GCAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATA > CP000730/35677‑35954 | gCAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGaa > 1:54439/1‑141 (MQ=255) cAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAGAGTAATTAAGGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAg > 1:407881/1‑141 (MQ=255) cAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGATAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATGAAATTGTGATCGAATAAAAATAGAAg > 1:468502/1‑141 (MQ=255) aaaaTTATTTCGAATTTAAAGATGGAGATTATCTCATTGAAAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGCTGTTGGCGAAAAATGATTACTCGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAg < 2:401102/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=14) aataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCt < 1:592031/141‑1 (MQ=11) taaAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGCAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCt > 1:108364/1‑141 (MQ=38) aaaTAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCtttt < 1:541634/141‑1 (MQ=35) aaaTAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCGTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGTCGAAATTCCGTGTATCTGAAGAGACCTGCGGTTCtttt < 1:735321/141‑1 (MQ=11) aaTAGAAGGTTATGATGCAAAGAACCAAAATATAGCTAACTACTAATTTATCATGTCAGGGTTCGCTTAATTTGCGAGCATGATTCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttttt > 2:534753/1‑141 (MQ=11) aGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtata > 1:687715/1‑141 (MQ=32) | GCAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATA > CP000730/35677‑35954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |