| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 478,502 | C→A | 100% | D342E (GAC→GAA) | USA300HOU_0457 → | NADH dehydrogenase (ubiquinone) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 478,502 | 0 | C | A | 100.0% | 212.6 / ‑6.5 | 72 | D342E (GAC→GAA) | USA300HOU_0457 | NADH dehydrogenase (ubiquinone) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (23/48); total (23/49) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTT‑TTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCA > CP000730/478366‑478639 | tttattgttccttGGGTGTATATTCAGCAGCGTTTATTCCTTTAATGTTGCACGGTATTTTTAAAGCAATATTATTT‑TTCCAATCAGGTTCCATCGTGAGGCGATTCAATCTTCTAAAACAAGCGTCTGGTAAAGAAGCtt < 2:307484/130‑1 (MQ=255)ttCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTT‑TTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCtt < 2:247545/141‑1 (MQ=255)ttCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTT‑TTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCtt < 2:122059/141‑1 (MQ=255) cAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCTGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTT‑TTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTAt < 1:758947/141‑1 (MQ=255) 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1:21269/141‑1 (MQ=255) aaaGCAACATTATTT‑TTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTCTTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGagt > 2:253181/1‑141 (MQ=255) aaGCAACACTATTT‑TTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGCTTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGATAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGCCGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTTTTTTGGATGagtg > 2:328720/1‑140 (MQ=255) aaCATTATTT‑TTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGa < 2:157777/141‑1 (MQ=255) aCATTATTT‑TTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATGCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGAc < 1:205795/141‑1 (MQ=255) attattT‑TTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAg < 2:375672/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGACGTGCATATGaa > 1:588155/1‑141 (MQ=255) tCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAACATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGaa > 2:509224/1‑141 (MQ=255) ttCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCTTCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGtt < 1:627676/141‑1 (MQ=255) ttCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGCAGTGACAGATGCGCATATGATGTGtt < 2:452340/141‑1 (MQ=255) tCTATCGTGGAGCGATTCAATATTCCAAAACACGCATCTTCTAAAGAAGCTTATGGCTTGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTa < 1:697337/141‑1 (MQ=255) tCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTa < 2:713276/141‑1 (MQ=255) tATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAg > 2:344305/1‑141 (MQ=255) gTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCa > 1:410490/1‑141 (MQ=255) gTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCa < 1:372691/141‑1 (MQ=255) tGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGCCGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCCTATGCAGTGTTAAGTGCAc < 1:161890/141‑1 (MQ=255) gATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTc < 1:638066/141‑1 (MQ=255) 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1:148266/141‑1 (MQ=255) tcATCTGCTATAGACGCTGTTGGCTGGATTGTCATGGGACGTTTATTAGCTATTATCCTTGCATTTCTATTTTGTATTGGTTGTGGCAGTACTGCTGATGAGGTGTTAAGTGCATTCTTGCTAGGTTGGTCATTACTTgca < 2:287085/140‑3 (MQ=255) gCAGCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCGTTGTACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGAGGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTa < 1:638997/141‑1 (MQ=255) aTCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGGCATGACTTGTATc > 1:121024/1‑141 (MQ=255) tGCTAAAGAAGCTTATGGCTTGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTg < 2:752552/141‑1 (MQ=255) gCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTgg < 2:575529/141‑1 (MQ=255) aGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACGCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCa < 2:286300/141‑1 (MQ=255) | TTCAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTT‑TTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTATCTTGGAATCA > CP000730/478366‑478639 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |