Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 788,134 | A→T | 5.7% | K100N (AAA→AAT) | pabC → | possible aminodeoxychorismate lyase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 788,134 | 0 | A | T | 5.7% | 199.6 / 4.8 | 70 | K100N (AAA→AAT) | pabC | possible aminodeoxychorismate lyase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/39); new base T (2/2); total (29/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.34e-01 |
AATATAGACTTAAAATCGTATTAAATGCTGAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTCATTGAAGAGGATGGAAAATGGTACACACCAAGTTATAA > CP000730/787998‑788274 | aaTATAGACTTAAAATCGTATTAAATGCTGAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTAATAAAAAATAAAACGa > 1:219455/1‑141 (MQ=255) atatAGACTTAAAATCGTATTAAATGCTGAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGAc < 2:541647/141‑1 (MQ=255) tataGACTTAAAATCGTATTAAATGCTGAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACa < 2:565987/141‑1 (MQ=255) gACTTAAAATCGTATTAAATGCTGAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAAc < 2:769233/141‑1 (MQ=255) aCTTAAAATCGTATTAAATGCTGAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACg < 1:64803/141‑1 (MQ=255) cTTAAAATCGTATTAAATTCTGAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGa < 2:657626/141‑1 (MQ=255) aaaTCGTATTAAATGCTGAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGc > 1:665770/1‑141 (MQ=255) aTCGTATTAAATGCTGAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCAt > 1:638644/1‑141 (MQ=255) aTCGTATTAAATGCTGAAAGCAAATTTGAAACAATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGATGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCAt > 2:382753/1‑141 (MQ=255) tCGTATTAAATGCTGAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAGAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAACGTAGTTAATCCAACTTTGATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAACCAtt > 2:240164/1‑141 (MQ=255) tCGTATTAAATGCTGAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCAtt < 1:393899/141‑1 (MQ=255) tCGTATTAAATGCTGAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCAtt < 1:623231/141‑1 (MQ=255) cGTATTAAATGCTGATAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAATACGACAGAACGAAAGCAttt > 1:574118/1‑141 (MQ=255) cGTATTAAATGCTGAGAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAATACGACAGAACGAAAGCAttt > 1:574124/1‑141 (MQ=255) tATTAAATGCTGAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAg < 1:87140/141‑1 (MQ=255) aactcaaggCTGAAAGCACATATGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTCAATCCAACTTTCAGAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAg < 2:88987/133‑1 (MQ=255) cTGAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATc < 2:365006/141‑1 (MQ=255) gAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAAtaaa > 2:179807/1‑138 (MQ=255) aaGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGa > 1:86884/1‑141 (MQ=255) aaGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGa > 2:735199/1‑141 (MQ=255) aaGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCAAACAATAATGa > 2:630240/1‑141 (MQ=255) aaGCAAATTTGAAACGATAGGGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAATTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGa > 1:470400/1‑141 (MQ=255) aaaTTTGAAACGATAGAGTCACCTGTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAAACCAACTTTTATAAAAAATAAAGCGACAGAACGAAAACATCACGCACACAATCATGAAACa > 2:660842/1‑141 (MQ=255) aTTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATTCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAgt > 2:13485/1‑140 (MQ=255) ttGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGAtt < 2:625901/141‑1 (MQ=255) aaaCGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTaa < 1:350688/141‑1 (MQ=255) aCCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTc < 2:649788/141‑1 (MQ=255) ttACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCagag > 2:390874/1‑141 (MQ=255) ttACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCAGGAAACAGATTTAATAGTGGTAACTTCagag > 2:719712/1‑141 (MQ=255) cTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACg < 1:291754/141‑1 (MQ=255) aaaGTAGTTTTACACCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATACAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAgg < 2:754469/141‑1 (MQ=255) agtagtTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCCAAGGACGGCAAGGTc > 1:233024/1‑141 (MQ=255) tagtTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCt < 2:517956/141‑1 (MQ=255) gtTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTg < 1:124579/141‑1 (MQ=255) tttACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGaa > 1:741710/1‑141 (MQ=255) ttACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAAt < 1:40351/141‑1 (MQ=255) ttACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAAt < 1:714886/141‑1 (MQ=255) aCAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAATACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAAttt < 2:574118/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGCCAACAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAATCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGTACGGCAAGGCCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTc < 2:129589/141‑1 (MQ=255) tagCCCCAATTAGTTAAACCAATGTTGATAAACAATAAAACGACAGAACGATAGCATTCAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTc < 2:511520/139‑1 (MQ=255) cccAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTCAtt < 1:538425/141‑1 (MQ=255) gtagtTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTCATTGAagag < 2:515188/141‑1 (MQ=255) agtTGATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGGCAGAACGCAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTGATGTTGCTATCTTCAGAGGTCGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTCATTGAAGAGGa < 2:713117/141‑1 (MQ=255) gtTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTCATTGAAGAGGAt > 2:465540/1‑141 (MQ=255) gtTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGAAAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTCATTGAAGAGGAt < 2:278140/141‑1 (MQ=255) attAATCCAAGTTTTATAAAAAATACATCGCTGTAACGATAGCATTTATCACACATTCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTCATTGAAGAGGAt < 2:494817/140‑1 (MQ=255) attAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTCATTGAAGAGGAt < 2:465616/140‑1 (MQ=255) tAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTCATTGAAGAGGATgg < 2:194810/141‑1 (MQ=255) tAATCCAACTTTTAAAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTCATTGAAGAGGATgg < 1:253539/141‑1 (MQ=255) 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2:376855/1‑141 (MQ=255) aaaaaaaaaaACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCAGAAAACAGATTTAATATTGCCAACTTCAGAGGACGGCAATTGCCTTGAATTTGAGATTGGCAACATTGTCATTGAAGAGTATGGTAGGTTTTACACAcc < 2:242507/141‑1 (MQ=255) aaaaaaTAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTCATTGAAGAGGATGGAAAATGGTACACAcc > 2:593722/1‑141 (MQ=255) aaaTAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTCATTGAAGAGGATGGAAAATGGTACACACCAAg < 1:609090/141‑1 (MQ=255) aaTAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCAGGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTCATTGAAGAGGATGGAAAATGGTACACACCAAGt < 2:226014/141‑1 (MQ=255) aaCGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGGAAAATTGTGATTGAAGAGGATGGAAAATGGTACACACCAAGTTATaa > 2:160038/1‑141 (MQ=255) aaCGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTTTCATTGAAGAGGATGGAAAATGGTACACACCAAGTTATaa > 2:394238/1‑141 (MQ=255) aaCGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTCATTGAAGAGGATGGAAAATGGTACACACCAAGTTATaa < 1:699789/141‑1 (MQ=255) | AATATAGACTTAAAATCGTATTAAATGCTGAAAGCAAATTTGAAACGATAGTGTCACCTTTACCTGAGAAAAGTAGTTTTACAGCAAAATTTCAAGTGTTGCCCAAAGTAGTTAATCCAACTTTTATAAAAAATAAAACGACAGAACGAAAGCATTTAGCACACAATCATGAAACAGATTTAATATTGCTAACTTCAGAGGACGGCAAGGTCCTTGAATTTGATATTGGCAACATTGTCATTGAAGAGGATGGAAAATGGTACACACCAAGTTATAA > CP000730/787998‑788274 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |