| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,876 | C→T | 54.8% | intergenic (+107/+1) | USA300HOU_0025 → / ← USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,876 | 0 | C | T | 54.8% | 36.8 / 166.0 | 135 | intergenic (+107/+1) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/27); new base T (27/46); total (62/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.37e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
AGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACC > CP000730/35736‑36016 | aGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGc > 2:52105/1‑141 (MQ=255) gCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTACTAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCt > 1:463112/1‑141 (MQ=255) tttttGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAACGAAACAAAATATAGCTAACCACTAATTGATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCatga < 1:145606/141‑1 (MQ=255) tttttGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTGGCatga > 1:314522/1‑141 (MQ=255) gttttGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCatga < 1:171141/140‑1 (MQ=255) aaaaaTGATTACTTTAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAAttt > 1:426570/1‑141 (MQ=255) gATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAACAATAGAAGTTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGc < 1:390212/141‑1 (MQ=255) gATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGc > 1:287414/1‑141 (MQ=255) cTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGc < 1:646081/141‑1 (MQ=255) cTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGGAAAAAAATATAGCTTACCACTGATTTATCATGTCAGTGTTCGCGTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGc < 1:57565/141‑1 (MQ=255) gagCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTGATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCg > 1:522163/1‑141 (MQ=255) gagCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGCTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCACGGCGAGAATCCg > 2:126760/1‑141 (MQ=255) gaacTAAAATAAAATTGTGATATAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCg < 2:266392/138‑1 (MQ=255) agCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGt > 2:624081/1‑141 (MQ=255) agCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGt > 2:289982/1‑141 (MQ=255) agCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGt > 1:418726/1‑141 (MQ=255) agCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGt > 2:289826/1‑141 (MQ=255) gtaaaataaaaTTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTTCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAg < 2:36323/140‑1 (MQ=255) caaaaataaaatTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTACGTGGCATGGCGAAAATCCGTAg < 2:553619/139‑1 (MQ=255) acaaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGaa > 1:675577/15‑141 (MQ=11) acaaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGaa > 1:440208/15‑141 (MQ=11) aaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAAACACTAATATATCATGACAGAGTTCGTTTCACTTGCCAGCATAGTGCTACTTTCGTGGCATGGCGAAAAACGGTAGATCTCAaggg > 2:532023/12‑139 (MQ=2) atagtagtttaataaAAAT‑GATTGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAACATATCATGCCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCTTAGATCTGAAGAGAc < 2:488477/132‑1 (MQ=11) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:754523/132‑1 (MQ=11) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTGGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:263126/132‑1 (MQ=11) agagtaattcaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATTTAGATTACCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:682058/131‑1 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc > 1:766973/9‑141 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc > 2:402460/9‑141 (MQ=11) agtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCt < 2:672182/134‑1 (MQ=11) gtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 2:72156/135‑1 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 2:10339/136‑1 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCGAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 2:155131/136‑1 (MQ=11) attttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 1:642688/137‑1 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg > 2:524611/4‑141 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg < 2:36853/138‑1 (MQ=11) aTCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 1:378033/141‑1 (MQ=255) tttaataaAAAT‑GATTGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATACCCAATCCCAAATACTTCATGTAAGTCTTTGTTTAACTTGCTAGCATTATGCTAATTTAGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGACCTGAAGAGACCTGCGGt < 2:193526/139‑1 (MQ=2) tttaataaAAAT‑GATGTTTCTGTTGCAAAGT‑AACAAATATAGCTAATCCCCATTATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAACTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 1:349562/139‑1 (MQ=11) tttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 2:646707/139‑1 (MQ=11) tttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 2:673339/139‑1 (MQ=11) ttgaataaAAAT‑GATGCTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATAGCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGTTGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 1:245161/138‑1 (MQ=11) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGtt > 1:36603/2‑141 (MQ=11) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAAGCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGtt < 2:682348/140‑1 (MQ=11) cTAATAACAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAGATATAGCTAACCACTAATTTATCAGTGCAGTGGTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGAgg > 2:261106/1‑141 (MQ=14) cTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTACTTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg > 1:287213/1‑141 (MQ=255) taataaAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt > 2:256714/1‑141 (MQ=40) taataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTc < 1:471129/141‑1 (MQ=11) taataaAAAT‑GATGGTTATGCTGCAAAGT‑AAAAAATATAGATAATCACTAAGATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCGGAAGAGACCTGCGGTTc < 1:107998/141‑1 (MQ=11) aataaAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTCGACCTGAAGGGCCCTGCGGtt > 2:142565/1‑141 (MQ=255) aataaAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCACTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCAAGGAGAGAATCAGTAGTTGTTAAGAGACGTGCGAtt > 2:36613/1‑141 (MQ=14) aataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCt < 1:592031/141‑1 (MQ=11) taaAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGCAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCt > 1:108364/1‑141 (MQ=38) aaaTAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCGTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGTCGAAATTCCGTGTATCTGAAGAGACCTGCGGTTCtttt < 1:735321/141‑1 (MQ=11) aaTAGAAGGTTATGATGCAAAGAACCAAAATATAGCTAACTACTAATTTATCATGTCAGGGTTCGCTTAATTTGCGAGCATGATTCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttttt > 2:534753/1‑141 (MQ=11) aGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtata > 1:687715/1‑141 (MQ=32) atataaaaaTATAGGCAACCACTATCTTATCATGTATGTGTCCGCTTAACTCTCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTc < 2:142673/137‑1 (MQ=1) atatATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGc < 1:25148/138‑1 (MQ=0) atttCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATTATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATATAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTg < 2:468502/138‑1 (MQ=0) cAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATAc < 2:555017/141‑1 (MQ=11) cAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATAc < 1:74109/141‑1 (MQ=2) cAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATAACATCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATAc > 2:336836/1‑141 (MQ=2) cAGTGTTCGTCTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGACATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTGTTATATAGAGCGTAAATAAATTCAATACCTTTTAAAGTATTATTTGCCGAATTGATAc > 2:108195/1‑141 (MQ=11) cAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATAc < 1:699078/141‑1 (MQ=11) aGTGTTCGTTTTACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACt < 2:148783/141‑1 (MQ=9) aGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACt < 1:659847/141‑1 (MQ=14) aGTGTTCGTTTAACTAGCTGGCATGATGCTAATTTCGTGGCACGGCGAAAATCCGTAGATCTGATGAGACCTGCCGTTCTTTTTATATAAAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACt > 1:577575/1‑141 (MQ=11) aGTGGTCGTTTAGCTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATAGATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACt > 1:546951/1‑141 (MQ=11) gtgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACtt > 2:402260/1‑141 (MQ=11) gtgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACtt > 1:683713/1‑141 (MQ=11) gtgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACtt > 2:582766/1‑141 (MQ=255) gtgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTCCAGTACTCTTTGCTGTATTGATACtt < 1:569655/141‑1 (MQ=11) gtgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACtt > 1:225440/1‑141 (MQ=17) gtgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGAGAAGATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACtt < 1:21933/141‑1 (MQ=255) ttttCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTATTTTCGTGGCATTGGGAAAATCCTTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATAGAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACttt < 1:235589/139‑1 (MQ=11) tgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACttt < 2:400798/141‑1 (MQ=255) tgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTATAGTATTATTTGCTGGATTGATACttt > 2:740102/1‑141 (MQ=11) tgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACttt < 2:87287/141‑1 (MQ=17) ggtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACttt < 1:34528/140‑1 (MQ=12) ggtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTCCGTGGCATGGGGAAAATCCGTTGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGAGTAAATACAGTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACttt < 2:570734/140‑1 (MQ=11) gtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAGATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTCTTGATACTTTg > 1:162130/1‑141 (MQ=255) gtTCGCTTAACTTGCTAGCATGTTGCTAGTTGCGTTTCATGGCGAAAATCCGTAGATCTATAGAGACTTTCGGTTCTTTTTATTTTGAGCGTATATAGAGTAAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGATGTATTGATACttaa > 2:189211/1‑139 (MQ=11) ttCGTTTAACTTGCTAGCGTGATGCGAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAGCTGCGGTTCTGTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGGATTCTTTGGTGTAGTGATACTTTgt > 1:580424/1‑140 (MQ=11) ttCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTCATTTCGTGGCCTGGCGAAAAGCCGTAGATCTGAAGACACGTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTGACAGTGTTCTTTGCTGTATTGTTACTTGGa > 2:491449/1‑141 (MQ=11) ttCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGa > 2:583692/1‑141 (MQ=12) ttCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGa > 1:144662/1‑141 (MQ=17) ttCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTgt > 1:12707/1‑140 (MQ=17) ttCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGa < 1:618737/141‑1 (MQ=17) ttCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGa > 1:170783/1‑141 (MQ=17) tctcTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATTGCGAAGATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCTGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATAAAATCAATACATTTTAAAGTATTATTTGCTGTATTGATACTTTTAt > 2:211967/4‑141 (MQ=11) tCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGAt < 2:709020/141‑1 (MQ=17) tCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGCTCTGGATACACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGAt < 1:761209/141‑1 (MQ=11) tCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGGCCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTGTGCTGTATTGATACTTTgtt > 1:618642/1‑139 (MQ=255) cGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATa > 1:702929/1‑141 (MQ=32) cGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATa > 2:441468/1‑141 (MQ=17) gCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc < 1:368981/141‑1 (MQ=17) gCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc > 2:363999/1‑141 (MQ=17) cTTAACTTGGGAGCGTGATGCTAATCTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc < 2:217377/141‑1 (MQ=11) cTTAACTTGCTTGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc < 1:252689/141‑1 (MQ=17) cTTAACTTGCTAGCATGTTGGTAAGTTCTGTGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc < 2:540537/141‑1 (MQ=11) cTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc > 1:451101/1‑141 (MQ=17) | AGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACC > CP000730/35736‑36016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |