Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 2,337,959 C→T 100% intergenic (‑125/‑119) USA300HOU_2195 ← / → USA300HOU_2196 possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007302,337,9590CT100.0% 291.7 / NA 90intergenic (‑125/‑119)USA300HOU_2195/USA300HOU_2196possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (72/18);  total (72/18)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

CTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGA  >  CP000730/2337822‑2338096
                                                                                                                                         |                                                                                                                                         
cttTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAGAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTGATTATTTTATTACTCAAATTCTAATTTGTCTCTTTTTTAACTTTTTATAtt                                                                                                                                        >  1:293180/1‑141 (MQ=255)
cttTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAtt                                                                                                                                        >  2:340498/1‑141 (MQ=255)
   tAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTct                                                                                                                                     >  1:627501/1‑140 (MQ=255)
            ttGCGACTATCCTTTCAGTTATTTATGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATACGTGTCTTTTTTAACATTTTCTCTTTCATCGTTTTTa                                                                                                                            >  2:159501/1‑141 (MQ=255)
            ttGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTa                                                                                                                            >  1:733439/1‑141 (MQ=255)
            ttGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTa                                                                                                                            >  2:219625/1‑141 (MQ=255)
              gCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTTTCTCTTTTTTAACGTTTTATTTTTCATCGTTTTTatt                                                                                                                          >  1:204252/1‑139 (MQ=255)
              gCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAAt                                                                                                                          >  2:116776/1‑141 (MQ=255)
               ctaCTATCCTTTTACTTATGTTTGGTCGTCTATAGTAATGTTGCTTTATATATTGTAATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATCTTTCATCGTTTTTaaaa                                                                                                                         <  2:154425/139‑3 (MQ=255)
                 aCTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTat                                                                                                                       >  2:550765/1‑140 (MQ=255)
                 aCTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTat                                                                                                                       >  2:61583/1‑140 (MQ=255)
                 aCTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTAc                                                                                                                       >  2:559474/1‑141 (MQ=255)
                   tATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACtt                                                                                                                     <  1:276748/141‑1 (MQ=255)
                     tCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTa                                                                                                                   >  2:43132/1‑141 (MQ=255)
                      cttttCAGTTATTTTTGGTCGTCTAAAGTGATGTTGCTTTATATATTGTCATTTTCGTTTGAATTCTTCTTATTTTTTTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTCATTACTTTaa                                                                                                                  <  2:770105/139‑1 (MQ=255)
                      ccTTTCAGTTATGTTTCGTCGTTTAAAGTAATGTTGCTTTCTATATTGTCTTCTTCGTTTGCACACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCCTCGTGTGTAATTACTGTaa                                                                                                                  <  2:85686/141‑1 (MQ=255)
                         ttCAGTTATGTTTGGTCGTGTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTCTTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaaaaa                                                                                                               <  1:21106/141‑1 (MQ=255)
                         ttCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaaaaa                                                                                                               >  2:639524/1‑141 (MQ=255)
                          tCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAAt                                                                                                              <  1:627276/141‑1 (MQ=255)
                            aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAGTTACTTTAAAAAttt                                                                                                            >  2:503826/1‑140 (MQ=255)
                                aTGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGCCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACGTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtata                                                                                                        >  1:283944/1‑141 (MQ=255)
                                 tGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATaa                                                                                                       >  1:151605/1‑141 (MQ=255)
                                 tGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTAATCGTTTTTAATTAATTTAAAAATTGAATaa                                                                                                       >  2:530653/1‑141 (MQ=255)
                                     tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCCTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa                                                                                                   >  1:516191/1‑141 (MQ=255)
                                           tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt                                                                                             <  2:296356/141‑1 (MQ=255)
                                            cTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTATTTCCTTTAAAAATAGTATAACTAAAATAttt                                                                                            >  2:142636/1‑141 (MQ=255)
                                             caaaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTTTATAACTTAAATATTTa                                                                                           >  2:122109/2‑141 (MQ=255)
                                               aaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTATATAATTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa                                                                                         >  2:745821/1‑141 (MQ=255)
                                               aaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa                                                                                         >  1:674968/1‑141 (MQ=255)
                                               aaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa                                                                                         >  2:483494/1‑141 (MQ=255)
                                                 gTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAAt                                                                                       >  1:282990/1‑141 (MQ=255)
                                                 gTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAAt                                                                                       >  1:289200/1‑141 (MQ=255)
                                                 gTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTATTATATTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATCGTATACCTTACATATTTAAAAt                                                                                       >  1:651384/1‑141 (MQ=255)
                                                   aaTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTCACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATGTTCTAACTTAAATATTTAAATTgt                                                                                     >  2:122587/1‑140 (MQ=255)
                                                      gTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAGTTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTTATTCTTTTAAATGatat                                                                                  >  1:519947/1‑141 (MQ=255)
                                                        tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATaa                                                                                >  1:27152/1‑141 (MQ=255)
                                                            ttATCTAGTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATCTTAGATCGCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACTTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATCGTATAACTTACATATTTAGAATGATATATTccc                                                                            >  2:707157/1‑139 (MQ=255)
                                                            ttATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCAc                                                                            >  1:691615/1‑141 (MQ=255)
                                                             tatataTTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACt                                                                           >  1:337980/1‑141 (MQ=255)
                                                                   ttGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAtt                                                                     >  1:393563/1‑141 (MQ=255)
                                                                   ttGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAtt                                                                     >  1:294566/1‑141 (MQ=255)
                                                                       caacatagagtGAATACTTCTTATTTTATTAACCAAATATAAATTAATAACTCAGTGGACACTTGATATTTCAGCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGata                                                                 >  2:744451/11‑141 (MQ=255)
                                                                        aTCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataa                                                                >  2:713748/1‑141 (MQ=255)
                                                                           ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATATTCACTAAGATTGataattt                                                             >  2:39184/1‑139 (MQ=255)
                                                                           ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat                                                             >  2:682190/1‑141 (MQ=255)
                                                                           ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat                                                             <  1:706343/141‑1 (MQ=255)
                                                                            tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAGATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTTGTAATAtt                                                            >  2:4964/1‑141 (MQ=255)
                                                                            tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                            >  1:578530/1‑141 (MQ=255)
                                                                            tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                            >  2:121478/1‑141 (MQ=255)
                                                                              gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                          >  1:78047/1‑141 (MQ=255)
                                                                              gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                          >  1:688255/1‑141 (MQ=255)
                                                                              gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                          >  1:138404/1‑141 (MQ=255)
                                                                              gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                          >  2:143060/1‑141 (MQ=255)
                                                                                 tGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAtt                                                       >  1:33621/1‑141 (MQ=255)
                                                                                  taaTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttt                                                      <  2:606743/140‑1 (MQ=255)
                                                                                  gAATACTTCTTATTTTATTACTCAGATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAGTCACTAAGATTGATAATATTTAAttt                                                      >  1:493889/1‑141 (MQ=255)
                                                                                   aaTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAtttt                                                     >  1:373096/1‑141 (MQ=255)
                                                                                    aTACTGCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTATCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAAATTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttttt                                                    >  2:606840/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                ttattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTCCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAttt                                        >  2:116001/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                  attaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTGTATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTa                                      >  1:497836/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                  attaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTTATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTa                                      >  1:682156/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                        cAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAAAATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAATTTGTATAACTTAAATATTTCAACTGATATAATCACTAAGATTGATAAGGTTTTATTTTTTGAAATTTATTTTTGTTACa                                >  2:559622/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                          aatttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAt                              <  1:483494/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                          aatttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAt                              <  1:745821/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                           atttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtt                             >  1:708487/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                                              taaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAATATTATTTTAGTTTCAAttttt                          >  2:20235/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                              taaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTTCAtttttt                          >  2:435669/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                                               aaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTg                         >  2:739930/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtattttg                        >  2:264702/1‑139 (MQ=255)
                                                                                                                aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg                        >  1:358920/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg                        >  2:597341/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAGTTTAGTTGCAAttttttg                        >  1:369607/1‑139 (MQ=255)
                                                                                                                aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATCTTTTCAAGATTAGTTTAGTTGCAATTTTAgg                        >  1:718776/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                  tttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGGGATAAGGTATGTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGt                      >  1:637118/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                                                    tGTCCCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTGTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGa                    >  1:526721/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                         tttttttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTTCAATTTTTGGGTGATGCgg               <  1:341619/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                         ctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg               <  1:639524/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                              ttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAt          >  1:160037/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg       >  1:103950/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg       <  2:191690/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg       >  1:509868/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGATGATGCGTAATATTTg       >  1:135392/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 aCATTTTATATTCCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg       <  1:116001/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                   aTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTggg     >  1:657521/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                   aTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAAGTATTTTAGTTGCAATTTTTGTGTGGTGCGGAAAAGTTtgg     >  1:123235/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                      ttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa  <  2:160037/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                      ttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAAGATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa  <  1:84276/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                         |                                                                                                                                         
CTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGA  >  CP000730/2337822‑2338096

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: