| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 34173 = | 74 (1.250) | 9 (0.160) | 5/248 | NT | 12.0% | coding (462/480 nt) | orfX | hypothetical protein OrfX |
| ? | CP000730 | = 57858 | 62 (1.100) | intergenic (+304/+613) | USA300HOU_0048/USA300HOU_0049 | hypothetical membrane protein/hypothetical protein | |||||
GGCGGATCAAACGGCCTGCACAAGGACGTCTTACAACGCAGTAACTACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTCATGATTTTTGA > CP000730/34033‑34312 | ggCGGATCAAACGGCCTGCACAAGGACGTCTTACAACGCAGTAACTACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCgagga < 1:491910/141‑1 (MQ=255)ggCGGATCAAACGGCCTGCACAAGGACGTCTTACAACGCAGTAACTACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGAGTACAGAGCATTTAAGATTATGCgagga > 1:220151/1‑141 (MQ=255) cGGATCAAACCGCCCGCACAAGGACGTCTTACAACGCAGTAACTACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGgaga < 2:568632/141‑1 (MQ=255) aacttattattgttaaggaggatattttttagtgtgtaaattaaaaagaattttagaagaataacatttatcaaaaaactgttcattaccttattaattgaaattatataattaaaaaccgcatcattaaccgatacgcAg > 1:287073‑M1/140‑141 (MQ=255) aacttattattgttaaggaggatattttttagtgtgtaaattaaaaagaattttagaagaataacatttatcaaaaaactgttcattaccttattaattgaaattatataattaaaaaccgcatcattaaccgatacgcAg > 2:499714‑M1/140‑141 (MQ=255) cAAACGGCCTGCACAAGGACGTCTTACAACGCAGTAACTACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCat > 1:557926/1‑141 (MQ=255) cAAACGGCCTGCACAAGGACGTCTTACAACGCAGTAACAACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTCATTGAAGAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAAAAGCat > 1:271974/1‑141 (MQ=255) aaaCGGCCTGCACAAGGACGTCTTACAACGCAGTAACTACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAACTGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATTCGAGGAGAAGCata < 1:372783/141‑1 (MQ=255) aaCGGCCTGCACAAGGACGTCTTACAACGCAGTAACTACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGGGAGGAGAAGCatat > 1:100646/1‑141 (MQ=255) aCGGCCTGCACAAGGACGTCTTACAGCGCAGTAACTACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATc > 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tAACTACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCAt > 2:530033/1‑141 (MQ=255) tACGCACTATCATTCAGCAAAAGGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAg < 2:5323/141‑1 (MQ=255) aCGCACTATCATTCAGCAAGATTACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAgg < 1:37674/141‑1 (MQ=255) aCGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGGTTTTTCAGCCGCTTCATAAAgg > 1:599101/1‑141 (MQ=255) cGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAggg < 1:3906/141‑1 (MQ=255) agaattttagaagaataacatttatcaaaaaactgttcattaccttattaattgaaattatataattaaaaaccgcatcattaaccgatacgcAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAggg > 2:413873‑M1/94‑141 (MQ=255) cACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGAt > 2:72978/1‑141 (MQ=255) cTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGAttt < 1:86259/141‑1 (MQ=255) cTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGAttt < 1:109776/141‑1 (MQ=255) tATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACAGCAAATGGGGCGGGTTGTGTTAATTGACCAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGAtttt > 1:538172/1‑141 (MQ=255) tCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGCGGCGGGTGGTGTTAATTGAACAAGTTTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGAAtttcaa > 1:98880/1‑138 (MQ=255) 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1:502065/1‑141 (MQ=38) tACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCCGCGCCAGTAAGTATTGTGTGAATTGCTGTTATGTGTTTAAGAAGCTTATCAt > 1:157997/1‑141 (MQ=255) tACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGATTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCAGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCaa > 2:556051/1‑140 (MQ=255) gaaaggacATTTGAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCAt < 2:190351/134‑1 (MQ=255) aaaccgcatcattaactgataagcAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATaa < 2:534022‑M1/117‑1 (MQ=255) gagCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGt < 1:14652/141‑1 (MQ=255) gagCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGt > 1:231119/1‑141 (MQ=255) gagCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATACCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGt < 2:33363/141‑1 (MQ=255) tAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAgg > 2:646254/1‑141 (MQ=255) gATAATGTGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTATCGGACGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTc < 2:663013/141‑1 (MQ=37) tGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGATCTTTTCAGCCTCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTCATGAt < 1:128083/141‑1 (MQ=255) ggaggagAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTCATGAttt < 1:533283/140‑1 (MQ=255) cGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTTGTAAAGGGATTTTGAATGTATCAGCACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAGAGAGATTATCATAAGTAATGAGGGTTGTGAttt > 1:75095/1‑141 (MQ=25) cGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTCATGAttt > 1:101601/1‑141 (MQ=255) aggagAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAGCATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTCATGAttttt > 1:644233/1‑141 (MQ=255) aggagAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGTGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAAAGAGGTTCATGAtattt > 1:186689/1‑141 (MQ=255) aggagAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTCATGAttttt > 1:539983/1‑141 (MQ=255) cAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTCATGATTTTTGa < 2:148793‑M1/140‑1 (MQ=255) | GGCGGATCAAACGGCCTGCACAAGGACGTCTTACAACGCAGTAACTACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTCATGATTTTTGA > CP000730/34033‑34312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |