| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 512620 = | 46 (0.780) | 36 (0.880) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
24/180 | NT | 53.1% | intergenic (+688/‑173) | recR/rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| ? | CP000730 | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+5) | USA300HOU_t0050/rrf4 | tRNA‑Val/5S ribosomal RNA | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAG‑TTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTA > CP000730/512481‑512758 | tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa < 1:322309‑M1/2‑1 (MQ=255)gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa > 1:209100/1‑141 (MQ=255)gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa < 1:277103/141‑1 (MQ=255) tttaGTAAAGAGGACAGAGTTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTTAAAGCCTGTATAGTATTTATGTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCTACTGAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAG‑t < 2:120497/138‑1 (MQ=255) 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1:521612/1‑141 (MQ=255) tggATGACAAAGGGCTACGTGTTACTGTTGTTGATGATTTTGTTAGCCTTTATAGTATTTGTTTGTTGAGTCAAACAAAACAACTCAACTTTAGAAATAATTTGAATTACTATCGAAAATTAATTTTAAAAAG‑TTATTGAc < 2:170201/139‑1 (MQ=255) catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAG‑TTATTGACt > 1:571216‑M1/127‑141 (MQ=255) atgccgaacacagaagttaagctacttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAG‑TTATTGACtt < 2:559796‑M1/16‑1 (MQ=255) tgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAG‑ATATTGACTTa < 2:354480‑M1/17‑1 (MQ=255) aaaaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAG‑TTATTGACTTAAATg < 2:533001/140‑1 (MQ=255) 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2:690490‑M1/52‑1 (MQ=255) ttGAAAGGGTGTCTAGGATCTATTTGTTGTGGCAAACAAAACAACTCAATTTTAGAAATAACTTGAATTATTAACAAAAATAACATTTTACAAT‑TTATTGGTTTAAATGTGAGAAAATTGTATAATTAATTCTTGTCGGTa < 2:595725/141‑1 (MQ=255) gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAG‑TTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa < 2:88853‑M1/53‑1 (MQ=255) gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAG‑TTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa < 1:184124‑M1/53‑1 (MQ=255) agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAG‑TTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 2:368975‑M1/87‑141 (MQ=255) agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgtggccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAG‑TTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 1:86319‑M1/87‑141 (MQ=255) 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1:141211‑M1/85‑1 (MQ=255) gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAG‑TTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAat < 2:691019‑M1/85‑1 (MQ=255) ttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAG‑TTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata < 2:443298‑M1/86‑1 (MQ=255) aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAG‑TTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAACGAACATTGAAAACTGAATGACAatat > 2:360986/1‑141 (MQ=255) gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAG‑TTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg > 2:656700‑M1/54‑141 (MQ=255) acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAG‑TTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg > 2:571970/1‑141 (MQ=255) 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2:130497/4‑134 (MQ=25) tAACGAAAATTAATTTTAAAAAG‑TTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc > 2:577739/1‑141 (MQ=255) tAACGAAAATTAATTTAAACAAG‑TTATTGACTTAAATGATAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGTAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc > 1:389022/1‑141 (MQ=255) aaaatggacaagataaAAAAAG‑TTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCGACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa < 1:298621‑M1/125‑1 (MQ=255) aaaatggacaagataaAAAAAG‑TTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa < 2:57566‑M1/125‑1 (MQ=255) aatggacaagataaAAAAAG‑TTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTataagttcaaaa < 1:237454‑M1/127‑6 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |