| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 478,502 | C→A | 100% | D342E (GAC→GAA) | USA300HOU_0457 → | NADH dehydrogenase (ubiquinone) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 478,502 | 0 | C | A | 100.0% | 170.0 / NA | 55 | D342E (GAC→GAA) | USA300HOU_0457 | NADH dehydrogenase (ubiquinone) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (24/31); total (24/31) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTAT > CP000730/478368‑478629 | cAATGTGCATAGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTAt > 2:272052/1‑141 (MQ=255) aTGTGCATAGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTCTgg > 2:685834/1‑141 (MQ=255) gCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTgg > 1:595767/1‑141 (MQ=255) gCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCAAGGTATGGTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTGAATATTCCAAAACAAGCATCTGCGAAAGAAGCTTATGGCTgg > 1:305379/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAAGCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGTTTATGGCTGGGTTGTCATGGGACGTGTATTAg > 1:465959/1‑141 (MQ=255) gATTATTCATTCAAGATTGCACGGTTTTTTTAAAGCAACATTAGTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAAGATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGTATTGTCATGGGACGTGTATTAGc < 1:178338/141‑1 (MQ=255) ttattCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCta < 1:99611/141‑1 (MQ=255) tcattCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCta < 1:285874/139‑1 (MQ=255) ttCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCtatta > 2:376678/1‑141 (MQ=255) cATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATc < 2:670227/141‑1 (MQ=255) cATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATc < 1:415104/141‑1 (MQ=255) cATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAACCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATc < 2:332959/141‑1 (MQ=255) aTTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCg > 1:146558/1‑141 (MQ=255) tttAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGt > 1:568020/1‑141 (MQ=255) ttAATATTGCACGGTTTTTTTAAAGCAACCTTATTTTTAAAACGAAGTTCTAGGGTAGCGCGATTCTAGATTCGAAAGCAAGGATCTGCTTAATGATCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTg < 2:508226/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cGGTATTTTTAAAGAAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTAtt > 1:379461/1‑141 (MQ=255) ttttAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGAt < 2:252396/141‑1 (MQ=255) ttcaaaGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTACCGTAAAGCGAATCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGACCGTCATGGAACGCGTATTAGCTATTATCGTGGCATTCCAATTCTGGagg > 2:621697/4‑139 (MQ=255) ttAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTTGATgg > 2:27568/1‑140 (MQ=255) ttAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGa > 1:263588/1‑141 (MQ=255) gCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGagtagt < 2:262559/141‑1 (MQ=255) cAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTg < 2:433484/141‑1 (MQ=255) ttattTTTACAATCAGGTTCTATCGGGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGa < 2:359681/141‑1 (MQ=255) ttttACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTg < 1:587684/141‑1 (MQ=255) tACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGAGTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCATGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCat < 2:65343/141‑1 (MQ=255) gTTCTATCGTGAAGCGAATCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGCTTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAgtgt > 1:167882/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTa < 1:201411/141‑1 (MQ=255) ttCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTa > 2:532289/1‑141 (MQ=255) atatTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGATTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGAt > 1:175238/1‑141 (MQ=255) gttCCAAAACAAGCACCTGCTAAACAAGCTGATGTCGTGTTTGTCATGGTACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGATTAGTGACATAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATgg < 2:230466/140‑1 (MQ=255) atTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATgg < 1:115339/141‑1 (MQ=255) ttCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGt < 2:247084/141‑1 (MQ=255) ttCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAACTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGt > 2:190017/1‑141 (MQ=255) taccAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGt < 1:450024/139‑1 (MQ=255) cAAAACAAGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCAt < 1:512153/141‑1 (MQ=255) aaGCATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTg < 2:263588/141‑1 (MQ=255) cATCTGCTAAAGAAGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGAAGTGACAGAAGTGCATATGAGGTGGTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTGATTACTTGtgt > 1:227830/1‑139 (MQ=255) | CAATGTGCATTGGGTGTATATTCAGCAGCGATTATTCATTTAATATTGCACGGTATTTTTAAAGCAACATTATTTTTACAATCAGGTTCTATCGTGAAGCGATTCAATATTCCAAAACAAGCATCTGCTAAAGACGCTTATGGCTGGATTGTCATGGGACGTGTATTAGCTATTATCGTGGCATTTCTATTTTGGATGAGTAGTGACAGAAGTGCATATGAAGTGTTAAGTGCACTCATTCTAGGATGGTCATTACTTGTAT > CP000730/478368‑478629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |