| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 584,121 | G→T | 100% | intergenic (+205/‑67) | rplA → / → rplJ | ribosomal protein L1/ribosomal protein L10 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 584,121 | 0 | G | T | 100.0% | 254.2 / ‑6.5 | 88 | intergenic (+205/‑67) | rplA/rplJ | ribosomal protein L1/ribosomal protein L10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (52/34); total (53/35) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTT > CP000730/583984‑584256 | gTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTgg > 2:168019/1‑141 (MQ=255) aaTTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGt < 2:107644/141‑1 (MQ=255) ccAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTATGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCCCTCAATGACTTTCTGCCTTGGGTAGaaa < 1:687145/141‑1 (MQ=255) ttATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCt < 2:125020/141‑1 (MQ=255) ttATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCt < 2:534853/141‑1 (MQ=255) attaattaTTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATTCAGGCGATGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCttttt < 1:332597/141‑1 (MQ=255) tgttATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTGAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTttaaaatta < 1:191934/141‑7 (MQ=255) gATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTa < 2:504780/141‑1 (MQ=255) gATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTa > 2:654283/1‑141 (MQ=255) gATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGATAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTa > 2:248803/1‑141 (MQ=255) aattattTTACCTTAGGCAATAGGAGGTTTTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGGCTAGAATGTGATGGTCTATGATCTTTAAAGCACTTTTTGCCTGGGGTAGAAAGTGCTCTTTTTCTTTAGTTTa > 2:82761/2‑141 (MQ=255) attTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTaaaaa > 1:628003/1‑141 (MQ=255) ttACCTAAGAAAGTGGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTGTTGCCTTGGGTAGAAAGAGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAg > 2:471584/1‑141 (MQ=255) tACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGc > 2:64248/1‑141 (MQ=255) ccTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCATTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTAATTATTTTTCAAAACAGCAc > 1:594915/1‑141 (MQ=255) ccTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCAc > 1:326380/1‑141 (MQ=255) aGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTCGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCaaa > 2:329937/1‑141 (MQ=255) aGACAGTAGGAGTTAGTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTGGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCATAGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTGTTACTTTGCATACAAGCACCaaa > 2:329942/1‑141 (MQ=255) aGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAAtt < 2:308048/141‑1 (MQ=255) gTAGAAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTACCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATATATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAACTTTAAAACACTCACCcaaacatt > 2:83399/1‑137 (MQ=255) aGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATg > 2:269565/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaCTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTg < 2:605184/141‑1 (MQ=255) aCTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTACAATTGACTTGAACGTGAGGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTCGAAAGTGCTTTTTTTATTCATTTTAAAAAAAGCACCAAACATTTAAATGGAGGTGTCtta > 2:35308/1‑139 (MQ=255) tAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATAGAGGTGTCtacatt > 2:423879/1‑136 (MQ=255) aaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGCATGTCt > 2:14634/1‑141 (MQ=255) aaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCt > 1:385819/1‑141 (MQ=255) aaTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTCTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCt > 1:162914/1‑141 (MQ=255) aTTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTg > 2:54601/1‑141 (MQ=255) tttATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGTTCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGc > 1:60062/1‑141 (MQ=255) tttATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGc < 2:593923/141‑1 (MQ=255) tttATCCTGCCGAAGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGc < 2:593982/141‑1 (MQ=255) tATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGTTTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAATAAAAGCACCTATAATTTAGATGGGGGtgtctgcttgtctgctt > 2:211817/1‑140 (MQ=255) 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1:64248/141‑1 (MQ=255) tAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGTCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTATAAAAATCACACAAAATCTAAATGGAGGGGTCTTAATGTTTGCGATCAGTTAAGCTaaa > 1:16864/1‑141 (MQ=255) aaaTTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGTATAATATAAGTAAATGGAGGTGCCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTgaaaa > 1:158131/1‑141 (MQ=255) aaaTTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTaaaaa > 1:524433/1‑141 (MQ=255) aaTTGAGTTGAACGTGATGATTTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCGTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGATaaaaaa < 2:79551/141‑1 (MQ=255) aTTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTGTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAaac < 2:591330/141‑1 (MQ=255) 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1:168019/141‑1 (MQ=255) atctatgacctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGATGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTg < 1:309238/141‑1 (MQ=255) ttatgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCt < 1:425386/140‑1 (MQ=255) ctatgatctTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGTAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCt < 1:425503/141‑1 (MQ=255) caattatttttCAAGACCTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCt < 1:291697/133‑1 (MQ=255) atgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTgg > 2:120495/1‑140 (MQ=255) tgatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGTTGAg > 1:241547/1‑141 (MQ=255) gatctTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAgg < 1:22430/141‑1 (MQ=255) tttCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATTAAATTGCTGAGGTACt < 1:413440/141‑1 (MQ=255) tttCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACt < 1:54601/141‑1 (MQ=255) tttCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACt < 1:452978/141‑1 (MQ=255) gCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCaaa > 1:430752/1‑141 (MQ=255) gCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGGGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATGGCTGAGGTACTATCaaa > 1:168704/1‑141 (MQ=255) cTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAACAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTc > 1:534439/1‑141 (MQ=255) ttttGCCTTGGGGAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAAATTAAAAGGAGGTGTTTGAATGTCTGCTTTCCTTGAAACTAAAAAAAAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGCAAATATCAGATTCAg > 2:625115/1‑141 (MQ=255) tttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGt < 2:10330/141‑1 (MQ=255) ttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGATGCGTCTGAATTTCTGCTATCATTTAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATGTCTGAGGTACACTCAACTTCAggt > 2:117030/1‑139 (MQ=255) ttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGtt > 1:317099/1‑141 (MQ=255) ttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGtt > 2:165133/1‑141 (MQ=255) ttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGtt > 1:118665/1‑141 (MQ=255) ttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGtt > 1:97435/1‑141 (MQ=255) ttGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACAAGTTGCTCAACTTGTTGAGGTAGTATCAAGTTCAGtt > 2:117027/1‑141 (MQ=255) | GTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTT > CP000730/583984‑584256 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |