Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 707,909 A→T 100% M1M (TTG→ATG) † USA300HOU_0653 ← ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP000730707,9090AT100.0% 188.4 / NA 58M1M (TTG→ATG) †USA300HOU_0653ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (34/24);  total (34/24)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

TTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGA  >  CP000730/707773‑708044
                                                                                                                                        |                                                                                                                                       
ttGATAAGGGAAGGTTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGt                                                                                                                                     <  1:18042/141‑1 (MQ=255)
         gAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATAcctc                                                                                                                            <  1:136414/141‑1 (MQ=255)
           aGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATAcctcct                                                                                                                          <  1:538822/141‑1 (MQ=255)
           aGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATAcctcct                                                                                                                          <  2:690179/141‑1 (MQ=255)
               ttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAAtt                                                                                                                      <  2:521703/141‑1 (MQ=255)
                tACCCGCCCCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTa                                                                                                                     <  2:353815/141‑1 (MQ=255)
                tACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTa                                                                                                                     >  2:573737/1‑141 (MQ=255)
                          aTTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAgg                                                                                                           <  2:554545/141‑1 (MQ=255)
                           ttCGGGCCCATGATACCAATTATATCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGc                                                                                                          >  2:496438/1‑141 (MQ=255)
                             cGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTCTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTACCATACGTTTATACCCCATAATTAACAGTTAAGGCTa                                                                                                        >  2:289173/1‑141 (MQ=255)
                              gggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTaa                                                                                                       >  2:91410/1‑141 (MQ=255)
                              gggCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGAACTGGTATCGATAAGGAAAGGTATTGAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATTATTTGTATCTAGCATACGTTTATAACTCCTACTTGAAAGTTTAggtcaa                                                                                                       >  2:31514/1‑137 (MQ=255)
                                 cccATGATACTAATTATTTCGCCGCGTACTGGTAACGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCt                                                                                                    <  2:685096/141‑1 (MQ=255)
                                 cccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACATATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCt                                                                                                    <  2:93266/141‑1 (MQ=255)
                                      gATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtattta                                                                                               >  2:488411/1‑141 (MQ=255)
                                        tACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAATTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAAACTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTACTAAATAAAAGTTTAGACTAACCaaattaaa                                                                                             >  2:305978/1‑140 (MQ=255)
                                          tcAATTATTTCGCCGCGTATTGGTATCGATAAGGAAATTTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTCTCTTCCGCTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTg                                                                                           <  1:306050/140‑1 (MQ=255)
                                             attattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGtat                                                                                        >  1:669415/1‑141 (MQ=255)
                                                     gcggcgtactttgttCGATAGTGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACt                                                                                <  1:409901/127‑1 (MQ=255)
                                                     gccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACt                                                                                <  1:673245/141‑1 (MQ=255)
                                                     gccgcGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACt                                                                                <  2:155870/141‑1 (MQ=255)
                                                       cgcgTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTga                                                                              >  1:493842/1‑141 (MQ=255)
                                                              tGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAtt                                                                       >  1:147556/1‑141 (MQ=255)
                                                              tGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAtt                                                                       <  1:626442/141‑1 (MQ=255)
                                                              tGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAtt                                                                       <  1:317436/141‑1 (MQ=255)
                                                              tGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATAtt                                                                       >  1:372373/1‑141 (MQ=255)
                                                                gTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTa                                                                     >  1:429112/1‑141 (MQ=255)
                                                                            aaaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGCATTTTTATCATGTCAAGTa                                                         <  2:251868/141‑1 (MQ=255)
                                                                              aTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTaaa                                                       <  1:558696/141‑1 (MQ=255)
                                                                                  ttttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAATTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCTTGTCATGTAAATTCg                                                   >  2:128427/1‑141 (MQ=255)
                                                                                   tttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTGTACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGATTATTTATCATTTCAAGTAAATTctt                                                  >  2:584440/1‑139 (MQ=255)
                                                                                    ttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTg                                                 <  1:305978/141‑1 (MQ=255)
                                                                                    ttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTg                                                 >  1:60433/1‑141 (MQ=255)
                                                                                        gTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatat                                             >  1:475146/1‑141 (MQ=255)
                                                                                        gTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatat                                             >  2:575325/1‑141 (MQ=255)
                                                                                        gTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatat                                             >  1:57512/1‑141 (MQ=255)
                                                                                         tACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCGTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTATCCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatata                                            <  2:387453/141‑1 (MQ=255)
                                                                                          aCATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataa                                           >  1:663346/1‑141 (MQ=255)
                                                                                          aCATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataa                                           >  1:286860/1‑141 (MQ=255)
                                                                                           cATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTACTTGTATAATACACTAAGAATATTTATCATGTCTAGTAAATTCGTGgtatatt                                          >  2:209893/1‑139 (MQ=255)
                                                                                            aTGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataata                                         >  2:457613/1‑141 (MQ=255)
                                                                                             tGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataatat                                        <  1:214741/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                 tattaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTATAACATACGTGTATCCCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAc                                    >  1:164209/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                  attaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACa                                   >  2:263651/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                     aCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatg                                <  1:115180/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                      ccTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATAGCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgt                               >  2:370768/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      ccTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgt                               >  1:400664/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTg                     >  1:172080/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                 aTTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGAGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGa                    >  1:267919/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                    tAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAg                 >  2:379725/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      aaTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATTTATGTGAGTTGTAAGTa               >  2:245076/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      aaTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTa               <  2:172080/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                      aaTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTa               >  1:62527/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      aaTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAAAGTATGTGACGTGAAAGTa               >  2:620759/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                       aTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTAt              <  2:147556/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        tCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATg             >  2:478977/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                 tCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaa    <  2:304939/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                   tAACATACGTTTATACCTCCTAATAAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaaga  >  2:100061/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                        |                                                                                                                                       
TTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGA  >  CP000730/707773‑708044

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑