| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 973,213 | C→A | 100% | E175* (GAG→TAG) | USA300HOU_0930 ← | possible HAD superfamily hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 973,213 | 0 | C | A | 100.0% | 227.9 / ‑6.5 | 73 | E175* (GAG→TAG) | USA300HOU_0930 | possible HAD superfamily hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (49/22); minor base T (1/1); total (50/23) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTACCC > CP000730/973078‑973349 | cTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAatat > 2:340409/1‑141 (MQ=255) ttCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATg > 1:33058/1‑141 (MQ=255) ttCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTATAACTTGCTCAATGCCTCTTGATTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATg > 2:409451/1‑141 (MQ=255) tcatcaCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCCCGTTTTCCAATTTCAATGACAGGGCATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGa > 2:518930/1‑141 (MQ=255) tcagaaCCGAATGCAATAATATTGTTTCGGTCAATATTTAAAAATTGACTAACATGCTCAATGCCTCCTTCTTTATTAATACCAAATTTTACAATTTCAATGCCAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGGCGGTGCTAAATGTGa > 2:295419/6‑141 (MQ=255) catcaCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCAAAATATGAt > 2:71663/1‑141 (MQ=255) caCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGTATGGGGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCgg > 1:299723/1‑141 (MQ=255) aTGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATaaa < 2:30206/141‑1 (MQ=255) cAATAATATTATTTCGGTACATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAAt < 2:341736/141‑1 (MQ=255) attattTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACGAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAACTATGATCGGCATAAAAATGAGTAAg > 2:329435/1‑141 (MQ=255) ttattTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGc < 1:671159/141‑1 (MQ=255) attTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCat > 1:362668/1‑141 (MQ=255) tCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGATAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCatagt > 2:549887/1‑139 (MQ=255) ggTCAATATTTAAAAACTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACGATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATAtttt < 1:92264/141‑1 (MQ=255) ctatTTAAAAATTGTCTCACTTGCCCAATGCCTCCTGCTTTATTAATACCCAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTCCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGCACCGAACAGATATGAGTAAGAATCTTTTTGAtt > 2:142172/2‑141 (MQ=255) atatTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTGTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATTACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGAAGCTAAATATGATCGGCAGAAAAATGAGTAAGCATTATTTTGCtt > 1:88319/1‑141 (MQ=255) atatTTAAAAATTGACTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGAtt > 1:364003/1‑141 (MQ=255) tAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCCTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTACAgg < 1:472092/141‑1 (MQ=255) tGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTa > 1:121859/1‑141 (MQ=255) cAATGCCTCCATTTTAATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCtt > 2:323737/1‑141 (MQ=255) aTGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCa > 2:264022/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aTACCAAGTTTTACAATTTCAATGAGAGTGCATGATGAGCCCCAGAATCGATGTTTGATGTGATCGGCATGAAAATGAGTAAGCATGTTTTTGAGTTCAGGGAGTTTGTTTTTTTAGGACTCATTTATAATTGAGATAggg > 2:197969/1‑141 (MQ=255) aTACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTTAAATTGAGGTAggg > 1:78941/1‑141 (MQ=255) aTACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAggg < 1:537053/141‑1 (MQ=255) aTACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAggg < 2:269906/141‑1 (MQ=255) aCCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGa > 1:243455/1‑141 (MQ=255) aCCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGa < 1:506368/141‑1 (MQ=255) aCCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGa > 2:184671/1‑141 (MQ=255) cAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCGATTAAAATTGAGGTAGGGGAtt > 2:108230/1‑141 (MQ=255) aGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCt > 2:403084/1‑141 (MQ=255) aGTTTTACAATTTCAAGGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCt > 1:348870/1‑141 (MQ=255) attttACAATTCCAATGAAACGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAAGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAAATGAGGTACGGGATTCtt < 2:290387/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCATCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTc > 1:235942/1‑141 (MQ=255) tACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCaa > 2:4484/1‑141 (MQ=255) aCAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAg > 2:483405/1‑141 (MQ=255) aCAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTCCAATTAAAATTGGGGTAGGGGATTCTTTCAAg > 1:569766/1‑141 (MQ=255) aCAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATGTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAAGTGAGGTAGCGGCCTCTTTCagg > 2:476409/1‑139 (MQ=255) aCAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATAATAGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAg > 1:684708/1‑141 (MQ=255) cAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGt > 1:627640/1‑141 (MQ=255) aTTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAACATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTgg > 2:23410/1‑141 (MQ=255) aTTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTgg < 1:146745/141‑1 (MQ=255) aTTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTgg > 2:404066/1‑141 (MQ=255) aTTTCAATGACAGGGAATGATGCGCCCCCCCGTCGATGCTAGATAAGAACGACAGAAAAAGCAGTAACCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTCCTTTCTTCGCCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGACTATTTCAATTgg > 2:78738/1‑141 (MQ=255) tttCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTAATTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTATTTCAGGTGGa > 1:56839/1‑141 (MQ=255) tttCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATACTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGa > 1:616270/1‑141 (MQ=255) aTGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGt > 1:262669/1‑141 (MQ=255) aTGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGt < 2:304799/141‑1 (MQ=255) aTGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGAACAAGt > 1:642443/1‑141 (MQ=255) tGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTAGGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTa > 1:122907/1‑141 (MQ=255) cAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAAt < 1:184671/141‑1 (MQ=255) aTGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAGGTAAATTACCAg > 1:174223/1‑141 (MQ=255) aTGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTAAGGTAGGGGAATCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAg > 1:174218/1‑141 (MQ=255) tGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGt > 2:687053/1‑141 (MQ=255) ggTGCGCCCCAGCATCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGtt < 2:235942/141‑1 (MQ=255) tcgcCCTAGCGTCGATTCTAAATATGATCGGCATAAATATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTATGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGa < 2:27814/140‑1 (MQ=255) gcgcCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGa > 2:523303/1‑141 (MQ=255) cAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCtt < 1:340002/141‑1 (MQ=255) accGTCGATGCTAAATATGATCGGTATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTg < 1:69691/139‑1 (MQ=255) cGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTa > 2:524880/1‑141 (MQ=255) cGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTa > 1:580270/1‑141 (MQ=255) cgCTAAATTTGATCGGCATACAAATGAGTAAGCAGATGTTTGATTTCAGGGATATAACATTCAACGGCTTCAATTAAAAGTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTTTTTTCTTGGaaaaaaa < 2:306564/140‑7 (MQ=255) | CTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTACCC > CP000730/973078‑973349 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |