| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 110,660 | T→A | 6.0% | I173I (ATT→ATA) | USA300HOU_0109 → | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 110,660 | 0 | T | A | 6.0% | 243.1 / 6.7 | 85 | I173I (ATT→ATA) | USA300HOU_0109 | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/43); new base A (3/2); total (40/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
AAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAGGGAATT > CP000730/110526‑110799 | aaaaTGGACGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAACTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTACAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCatat < 1:410911/141‑1 (MQ=255) atgagtagATTATAAGATCATTGCAACAAAAGAAATAAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATaa < 2:32179/134‑1 (MQ=17) aaTGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATaa > 1:272229/1‑141 (MQ=255) aaTGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAAGTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTATTGGTTCAATATAGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAAACGGAGATATTTCATCTaa > 2:161417/1‑141 (MQ=17) aTGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAAt > 1:433961/1‑141 (MQ=255) aataaAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAAATTAAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATGTCATATAATCCAGAGGTg > 2:172489/1‑141 (MQ=255) ataaAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGCGATATTTCATATAATCCAGAGGTGc > 1:36735/1‑141 (MQ=255) ataaAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGc > 2:362517/1‑141 (MQ=255) taaAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGcc > 2:71183/1‑141 (MQ=255) taaAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGcc > 2:611023/1‑141 (MQ=255) aaaTCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGa > 2:130003/1‑141 (MQ=255) aaTCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAg < 1:516704/141‑1 (MQ=255) ttCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGCAACCAACAACTCTAAGATCTCAACTCAAAATGGCGAATTAAAAACAATCGAAAATTATTAAGACTGAGTTATTTCATATAATTCAGAGGTGCCGAG‑TTAtt > 2:577027/1‑141 (MQ=12) aacaaAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGc > 1:583260/1‑141 (MQ=255) aacaaAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGACGAG‑TTATTAGGc > 2:532559/1‑141 (MQ=255) aaaTTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGGGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAatata > 2:209557/1‑140 (MQ=255) atAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAAt < 2:35630/140‑1 (MQ=255) acgaaaaaaaaaTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTaa < 1:675820/135‑1 (MQ=255) aaGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTTGGCTAAATATCAATTaa < 1:65398/141‑1 (MQ=255) aGATGAAAAAATAAAGAAAAAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAGATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAAc > 1:517561/1‑141 (MQ=255) aGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAAc > 2:100605/1‑141 (MQ=255) 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2:554637/1‑141 (MQ=255) aaaaaTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatga < 1:394031/141‑1 (MQ=255) aaaaTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgat > 2:168863/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCCATTTGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATtat < 2:46024/141‑1 (MQ=255) aaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATtat < 2:507622/141‑1 (MQ=255) aaaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATtat < 2:13830/141‑1 (MQ=255) aaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATtata > 2:487973/1‑141 (MQ=255) aaaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCAGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAacgaaaagtata > 2:143327/1‑133 (MQ=255) aaaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATaa < 2:670186/141‑1 (MQ=255) aaaGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAAt < 1:324587/141‑1 (MQ=255) gAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACaa > 2:393623/1‑141 (MQ=255) aaaaCTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 1:611023/141‑1 (MQ=255) aaaaCTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt < 1:71183/141‑1 (MQ=255) aggttAAGGTCTTGGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTAc < 2:616211/138‑1 (MQ=255) tAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaa < 1:130003/141‑1 (MQ=255) tAAGCTCTTTGTTAAATAGGGCGTCTTTAAAAATTTGAAAAATTATCAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaa < 2:302161/141‑1 (MQ=17) tCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATCTAAAACAATTACGCAAAAgat < 1:358631/141‑1 (MQ=255) 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1:147953/1‑141 (MQ=17) tatGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACcg > 1:82010/1‑141 (MQ=255) ttGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATACGATATACcga < 2:469435/140‑1 (MQ=255) gagACTTTAAAAATTTTAAAAATTAGAAAGACGGAGATATTTCATATAAACCAGCGGT‑CTGTGATTACTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACcgacga < 1:161417/139‑1 (MQ=18) gACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAACGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGt > 2:460622/1‑141 (MQ=255) cTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTaa < 2:641132/141‑1 (MQ=255) 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1:256335/141‑1 (MQ=255) atatatCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAGGGa > 2:51065/1‑141 (MQ=255) atTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCCGGGAAt > 2:692072/1‑141 (MQ=255) atTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAGGGAAt > 1:528431/1‑141 (MQ=255) atTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAGGCAAt < 1:168863/141‑1 (MQ=255) tttCATATATTCCTGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTACGGGAAtt > 2:599259/1‑141 (MQ=255) tttCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAGGGAAtt > 1:316260/1‑141 (MQ=255) tttCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAGGGAAtt > 1:48402/1‑141 (MQ=255) | AAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAG‑TTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAGGGAATT > CP000730/110526‑110799 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |