| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 238,030 | T→C | 5.7% | L11L (TTA→CTA) | USA300HOU_0214 → | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 238,030 | 0 | T | C | 5.7% | 201.5 / 2.5 | 70 | L11L (TTA→CTA) | USA300HOU_0214 | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/22); new base C (2/2); total (46/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
TCGTATATATATCAATTGTAATATCTTTAGCAAACTTAATTATTGATATATTTTATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGTTTTAACCATCATTTTAATT > CP000730/237891‑238170 | tCGTATATATATCAATTGTAATATCTTTAGCAAACTTAATTATTGATATATTTTATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCtt < 1:211052/141‑1 (MQ=255) tatatatCAATTGTAATATCTTTAGCAAATTTAATTATTGATATATGTTATGCTTTAATCGATCCAAGATGACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAat < 2:245013/141‑1 (MQ=255) cAATTGTAATATCTTTAGCAAACTTAATTATTGATATATTTTATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGc < 1:368720/141‑1 (MQ=255) tGTAATATCTTTAGCAAACTTAATTATTGATATATTTTATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGt > 1:574670/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tAATATCTTTAGCAAACTTAATTATTGATATATTTTATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTa > 2:219478/1‑141 (MQ=255) tAATATCTTTAGCAAACTTAATTATTGATATATTATATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGTAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATCGCTTCCTTAAAATTATTCGCCAGtca > 2:140842/1‑139 (MQ=255) aaTATCTTTAGCAAACTTAATTATTGATATATTTTATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTCCCTTAAAATTATTCGCAAGTTAc < 1:407811/141‑1 (MQ=255) atatCTTTAGCAAACTTAATTATTGATATATTTTATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACg > 1:301970/1‑141 (MQ=255) atCTTTAGCAAACTTAATTATTGATATATTTTATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGcc > 1:225655/1‑141 (MQ=255) atCTTTAGCAAACTTAATTATTGATATATTTTATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGcc > 2:475469/1‑141 (MQ=255) aGCAAACTTAATTATTGATATATTTTATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCa > 2:81845/1‑141 (MQ=255) cAAACTTAATTATTGATATATTTTATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAAc > 2:288714/1‑141 (MQ=255) aCTTAATTATTGATATATTTTATGCTTTAATCGCTCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCTCAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTta < 2:387642/141‑1 (MQ=255) aCTTAATTATTGATATATTTTATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACtaa > 1:571590/1‑139 (MQ=255) aCTTAATTATTGATATATTTTATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTta > 1:399252/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tatatTTTATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTTTATTTTAGTtata > 2:403543/1‑141 (MQ=255) tatatTTTATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTtata > 2:331548/1‑141 (MQ=255) ttttATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTaa > 2:555188/1‑141 (MQ=255) aTGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAg > 2:256727/1‑141 (MQ=255) aTGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAg > 2:642801/1‑141 (MQ=255) aTGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCATCCTTAAAATTATTCCAAAGGTACACCATAGCAACTTATTTTTTAGTTATATTAATGAg > 2:230939/1‑141 (MQ=255) cGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAAt < 2:32326/141‑1 (MQ=255) gATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATc < 1:309987/141‑1 (MQ=255) cAAAATTACATAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCtttt < 2:542785/141‑1 (MQ=255) aTTACGTCCTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTaaa > 2:426171/1‑141 (MQ=255) ttACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAg > 2:645968/1‑141 (MQ=255) 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gTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAAGCATAGCGCTTAATTTTGTTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTAGATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTAtgt < 1:91704/141‑1 (MQ=255) gAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTgg < 1:174248/141‑1 (MQ=255) aaTCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGcc < 1:288714/141‑1 (MQ=255) ccAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCAGAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGa < 1:660222/140‑1 (MQ=255) acAAAGAAAGGAAGTCAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGa < 1:10120/140‑1 (MQ=255) cAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAGAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGAt < 2:400721/141‑1 (MQ=255) cAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGAt < 1:149890/141‑1 (MQ=255) aCGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATAc > 1:559206/1‑141 (MQ=255) cGAAAGGAAGTGAGGCCTATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACg > 1:348441/1‑141 (MQ=255) cGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACg > 1:369420/1‑141 (MQ=255) cGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACg > 1:256653/1‑141 (MQ=255) cGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAAAGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACg > 2:371342/1‑141 (MQ=255) gAGGCAAATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGc < 2:497774/141‑1 (MQ=255) gCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATGTTTTATTTATATTAACGAGTGCATTAAGTCTTTTTAAAGGTTATGTGTCCGATACGTTCTATATTGCTGa > 1:43821/1‑141 (MQ=255) gCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGa > 2:24580/1‑141 (MQ=255) cacaACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGc < 2:179030/141‑1 (MQ=255) aCTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAAt > 2:584587/1‑141 (MQ=255) tAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGt > 2:515194/1‑141 (MQ=255) tAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGt > 2:336989/1‑141 (MQ=255) aTTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGttt > 1:20296/1‑141 (MQ=255) aTTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGttt > 1:638056/1‑141 (MQ=255) aTTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGttt > 2:614630/1‑141 (MQ=255) cAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTATTTTTTATTTGTCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGTTTTaa > 2:608706/1‑141 (MQ=255) cAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGTTTTaa > 2:236580/1‑141 (MQ=255) aGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGTTTTAACca < 1:81845/141‑1 (MQ=255) attggttCCTTAAAATTATTGTAAATTGACGCCATAGCAACTTATATTTCAATTATATTAACGGGGGCTTTAAAGTTTTCTGCAGGTTATGATGCCGAAACGGTCGATATTGCTGAAATATGGCGAATCGTCTTAACcatc < 2:26140/136‑1 (MQ=255) ttCCTTAAAATTATTCGCAAGTAACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGGTTTAACCATCAtttt > 2:506399/1‑141 (MQ=255) ttAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGTTTTAACCATCATTTTAatt > 1:543035/1‑141 (MQ=255) ttAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGTTTTAACCATCATTTTAatt > 1:644440/1‑141 (MQ=255) | TCGTATATATATCAATTGTAATATCTTTAGCAAACTTAATTATTGATATATTTTATGCTTTAATCGATCCAAAATTACGTAGTGAAATCAACGAAAGGAAGTGAGGCATATGGCACAACTTAATTCAAAGATAGCTTCCTTAAAATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGTTTTAACCATCATTTTAATT > CP000730/237891‑238170 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |