Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 36,119 C→T 32.6% V145I (GTA→ATA)  USA300HOU_0026 ← IS431mec transposase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP00073036,1190CT32.6% 314.1 / 252.4 314V145I (GTA→ATA) USA300HOU_0026IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (104/106);  new base T (53/50);  total (158/156)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.10e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01

Only 100 of 316 total aligned reads displayed.

TTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAA  >  CP000730/35981‑36247
                                                                                                                                          |                                                                                                                                
 tAACGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCGTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACttt                                                                                                                               <  1:63273/141‑1 (MQ=255)
    aGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTaac                                                                                                                            >  1:318593/1‑139 (MQ=255)
    aGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGc                                                                                                                            >  1:202323/1‑141 (MQ=255)
        ttCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGTTCTTGCTCATTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCAtt                                                                                                                        >  1:1228/1‑141 (MQ=255)
        ttCTTTGCTGTATTGATAATTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCACAATGCGCTTATTCCGATAGTTCGATTTACAATGAGAGTTAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACtgtccccctt                                                                                                                        >  2:175813/1‑132 (MQ=11)
        gtCTTTGCCGTGTTGGCACTGTGATCTCTTCTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCAtt                                                                                                                        <  2:397767/140‑1 (MQ=14)
          cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                                      <  1:212838/141‑1 (MQ=255)
          cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGATTTAATTACTTTTACCATTGc                                                                                                                      >  2:315719/1‑141 (MQ=255)
           tttGCCGTATTGATACTTTGACATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCt                                                                                                                     <  2:371447/141‑1 (MQ=255)
             tGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTGAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAc                                                                                                                   <  1:73167/141‑1 (MQ=255)
               ccgTATTGATACTTTGGTTTCTTGTTTTTCTTACTTTAATAAGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTATAATGAAAGTCAGTTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtggct                                                                                                                 <  2:350237/139‑5 (MQ=14)
               cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGCGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt                                                                                                                 <  2:399327/141‑1 (MQ=255)
                 gTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTATTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAGGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTc                                                                                                               <  1:221902/141‑1 (MQ=14)
                   aTTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGACTCAATGGCTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                             <  1:193464/141‑1 (MQ=14)
                      gATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGa                                                                                                          <  2:31949/141‑1 (MQ=255)
                       aTACTAGGATACCTTGTCTTTAGTTTGTAAACATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGAGATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTTaa                                                                                                         >  1:293304/1‑141 (MQ=11)
                           tttGATCCCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTCATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACACTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                     <  1:152100/141‑1 (MQ=11)
                            ttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                    >  1:305808/1‑141 (MQ=255)
                            ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTATAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                    <  2:254445/141‑1 (MQ=255)
                            ttGAGACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                    <  1:14876/141‑1 (MQ=38)
                            tggATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                    <  2:244093/139‑1 (MQ=255)
                             tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGcc                                                                                                   >  1:196622/1‑141 (MQ=38)
                              gATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGAGCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                  >  1:394879/1‑141 (MQ=255)
                              gATATCTTGTCTTTCTTACGTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCTTTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                  <  1:253694/141‑1 (MQ=11)
                              gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGGGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                  <  2:367745/141‑1 (MQ=38)
                               atatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                 >  1:353568/5‑141 (MQ=255)
                                tatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGa                                                                                                >  2:90785/4‑141 (MQ=255)
                                tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGa                                                                                                >  2:102138/1‑141 (MQ=255)
                                 agcTTGTCTCTCTTACTTTAATATGACGGTGATACTGCACGAAGAGGCCAGTAAGCAGTTCCAATGCACAAAGATAGTCACGGTTATATTTGAACGCTTTGATAATTTTAGCCATTGGTTCGTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                               >  2:133866/3‑141 (MQ=255)
                                 aCCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                               >  1:260190/1‑141 (MQ=255)
                                   cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTCCCTTCGTTGAGGGTGCCTGATCt                                                                                             >  1:43742/1‑141 (MQ=255)
                                   cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCt                                                                                             <  1:188958/141‑1 (MQ=255)
                                   cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCt                                                                                             >  1:180914/1‑141 (MQ=255)
                                     tGTCTTTCTTATTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGAGATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCGACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGt                                                                                           <  2:238785/141‑1 (MQ=11)
                                     tGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTCTTTCAATGAGGTTATTCTGTTCTTTCGATGTACAATGGCAGGCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTCACCATTGCTACCTTTGTTGAAGTTGCCTGATCTGt                                                                                           >  2:281613/1‑141 (MQ=11)
                                        ctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaac                                                                                        >  1:93532/1‑140 (MQ=255)
                                           tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc                                                                                     >  2:341900/1‑141 (MQ=255)
                                            cttACTTTAATATTACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTACCCATTGCTACCTTCGTTGAAGATGCCTGATCTGTAATTAcc                                                                                    >  1:34098/1‑141 (MQ=255)
                                              tACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt                                                                                  <  2:49530/141‑1 (MQ=255)
                                               aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttt                                                                                 <  1:351610/141‑1 (MQ=255)
                                               aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTGCCttt                                                                                 >  1:381795/1‑141 (MQ=255)
                                                cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATTTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAACtttt                                                                                <  2:56776/141‑1 (MQ=255)
                                                 tttAATTTGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTg                                                                               <  2:394024/141‑1 (MQ=255)
                                                  ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGa                                                                              <  2:395445/141‑1 (MQ=255)
                                                      tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTCAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTTCCTGATCTGTAATTACCTTTTTAGGtt                                                                          >  2:339983/1‑141 (MQ=11)
                                                      tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggct                                                                          >  2:212537/1‑139 (MQ=255)
                                                        tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt                                                                                  <  2:171302/131‑1 (MQ=35)
                                                        tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt                                                                                  >  1:171302/1‑131 (MQ=37)
                                                         tcagctGATCTTGCTCAATTATGTTAGTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTCTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                       <  2:273905/136‑1 (MQ=11)
                                                         gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                       <  2:80706/141‑1 (MQ=25)
                                                         gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTAAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAATAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAc                                                                       >  1:178242/1‑141 (MQ=11)
                                                          aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                      <  1:14161/141‑1 (MQ=19)
                                                          aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                      >  2:263950/1‑141 (MQ=25)
                                                          aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTAAAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGATTTAATTCCTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGGCTGATCTGTACTTACCTGTCTGGGTTTAcc                                                                      >  2:304069/1‑141 (MQ=11)
                                                             gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTATCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                   <  2:25025/141‑1 (MQ=12)
                                                              tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGATTAAAAGCTTTCATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGCTTACCAAAt                                                                  >  2:162073/1‑141 (MQ=11)
                                                               tgactggCTCAATGAGGGTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAtt                                                                 <  1:82361/135‑1 (MQ=11)
                                                               gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTCCCTTTTGAGGTTTACCAAAtt                                                                 >  2:10635/1‑141 (MQ=12)
                                                                aTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTATTGAGGCTTACCAAATTg                                                                >  1:397963/1‑141 (MQ=11)
                                                                 tcgtccttaaTGAGGTTATTTAGATTTTTCGCTGTTCATTGTCTGTCAGGTTTATGTTTTACAGCTTTAACTTCTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGCAGGTGTCTGATCTGTAATTACCTTTTGTGGTTTACCAAAtttt                                                               <  2:28736/133‑3 (MQ=2)
                                                                 tattGCTCAATGAGGTGATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaagatc                                                               <  2:46468/139‑5 (MQ=11)
                                                                 tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                               >  2:145747/1‑141 (MQ=17)
                                                                 tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                               >  2:366461/1‑141 (MQ=12)
                                                                 tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGt                                                               >  2:8783/1‑141 (MQ=11)
                                                                 tCTTGCTCAATGAGGGTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                               <  2:22050/141‑1 (MQ=12)
                                                                 tCTTGCTCAATGAAGTTAATCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTTACTATTGCTACCATCGTTGGAGGTGCCTAATGTGTAATTATCTTTTGATGTTTATGAAATAGt                                                               >  2:69529/1‑141 (MQ=11)
                                                                  cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                                              >  1:162852/1‑141 (MQ=17)
                                                                  cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGtt                                                              >  1:199995/1‑141 (MQ=255)
                                                                   ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGttt                                                             >  1:55509/1‑141 (MQ=17)
                                                                    tGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTa                                                            <  1:315483/141‑1 (MQ=11)
                                                                     gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                           >  1:10472/1‑141 (MQ=17)
                                                                      ttCAATGGAGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTGCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                          <  2:226175/140‑1 (MQ=11)
                                                                        cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                                        <  2:250904/141‑1 (MQ=12)
                                                                        cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATga                                                        <  1:247105/141‑1 (MQ=255)
                                                                            gAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAGTTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGCGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGCCg                                                    >  1:243979/1‑141 (MQ=11)
                                                                             aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                   <  2:265845/141‑1 (MQ=17)
                                                                              ggTTATTCAGATTCCGCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGATGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                  >  2:185358/1‑141 (MQ=11)
                                                                               gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                 <  2:150402/141‑1 (MQ=17)
                                                                                ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGCGACGtttt                                                >  2:358839/1‑140 (MQ=12)
                                                                                ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCAGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATCGTCTAATGAGCCGTTTg                                                <  2:293386/141‑1 (MQ=11)
                                                                                ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                >  1:102856/1‑141 (MQ=255)
                                                                                 tATTCAGATATTTTGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                               <  1:50946/141‑1 (MQ=12)
                                                                                 tATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTAAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                               <  1:205942/141‑1 (MQ=12)
                                                                                   tttaGATATTGCGATGTACAATGGCAGTCGGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATGGCTACCTTCGTTGGAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTGTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa                                             <  2:157191/138‑1 (MQ=11)
                                                                                   ttCAGAATTTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa                                             <  2:116758/141‑1 (MQ=11)
                                                                                        atatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                                        >  1:330742/1‑141 (MQ=17)
                                                                                         tatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                       >  2:334411/1‑141 (MQ=12)
                                                                                         tatTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                       <  2:223271/141‑1 (MQ=255)
                                                                                          atTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaacagaaa                                      >  2:328111/1‑135 (MQ=255)
                                                                                          atTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                      <  1:325226/141‑1 (MQ=11)
                                                                                           tttCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCata                                     <  1:108094/141‑1 (MQ=11)
                                                                                             ccGATGTACAAGGGCAGCTAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTATTTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTATCTTTTGAGATTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg                                   <  2:67078/140‑1 (MQ=11)
                                                                                              cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                  <  2:38041/141‑1 (MQ=17)
                                                                                               gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                 >  1:280942/1‑141 (MQ=11)
                                                                                                   tACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAAt                             <  1:233291/141‑1 (MQ=17)
                                                                                                   tACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAAt                             <  1:364936/141‑1 (MQ=17)
                                                                                                    aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                            <  1:342973/141‑1 (MQ=12)
                                                                                                    aCAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGATTACCTAATTTTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                            >  1:372335/1‑141 (MQ=11)
                                                                                                       aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACTAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt                         >  2:230260/1‑141 (MQ=17)
                                                                                                                              aatcTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCaaa  <  1:116142/138‑1 (MQ=1)
                                                                                                                                          |                                                                                                                                
TTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAA  >  CP000730/35981‑36247

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: