| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 76,889 | G→A | 22.8% | intergenic (+947/‑187) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 76,889 | 0 | G | A | 22.8% | 73.2 / 11.5 | 35 | intergenic (+947/‑187) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/15); new base A (2/6); total (14/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
TATCAAAATATCAATACAGCAAAGAATACTTTAAAAGGTATTGAATGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTA > CP000730/76751‑77027 | tATCAAAATATCAATACGGCAAAGAATACTTTAAAAGGTATTGATTGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGTAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCCCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAACg < 2:262835/141‑1 (MQ=11) atatCAATACAGCAAAGAATACTTTAAAAGGTATTGAATGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTg > 1:230292/1‑141 (MQ=11) aacggCAAAGAATACTTTAAAAGGTATTGAATGTATTTACGCTTTAAATGGTATGAACCGTAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCCCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAACGAACTCTGACATGAt < 1:288281/137‑1 (MQ=1) tacaaGGGATTGAATGTACTTACGCTATTTATAAAAAGAAACGTAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCCCCATGACACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAACGAACACTGACATGATATATTAGTGATTAGCta < 1:119266/138‑1 (MQ=1) 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(MQ=255) ctCAGAGCTACGGATTTTCGCCATGCCACGCAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATCTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGtt < 2:256252/140‑1 (MQ=255) gcgtgttttCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTtatat < 2:195641/136‑1 (MQ=255) aCGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTtatat > 1:122281/1‑141 (MQ=255) cGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTtatata < 1:163463/141‑1 (MQ=255) aTTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTa > 1:171136/1‑141 (MQ=255) aTTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTa > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |