| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 76,915 | G→A | 15.2% | intergenic (+973/‑161) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 76,915 | 0 | G | A | 15.2% | 93.1 / 7.1 | 38 | intergenic (+973/‑161) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/20); new base A (2/4); total (14/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
TAAAAGGTATTGAATGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTA > CP000730/76782‑77052 | tacaaGGGATTGAATGTACTTACGCTATTTATAAAAAGAAACGTAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCCCCATGACACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAACGAACACTGACATGATATATTAGTGATTAGCta < 1:119266/138‑1 (MQ=1) ggtcttgggtggaTTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAACGAACACTGACATGATATATTAGTGATTAGCTATAttt > 2:344883/13‑141 (MQ=1) agtgcaTTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCACGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAACGAACACTGACATGATATATTAGTGATTAGCTATAttttttactt < 1:20127/136‑5 (MQ=1) ttgaCGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAACGAACACTGACATGATATATTAGTGATTAGCTATA‑TTTTTTACTTTGCAAc > 2:111397/4‑141 (MQ=1) 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(MQ=255) acaaaaTAGTGGTTAGAAATAATAAGATACGTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGTAAACATAAAAAAAAAAAAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCa < 2:197230/139‑1 (MQ=255) aaaTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATa < 1:198534/141‑1 (MQ=255) aaaTTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATa < 1:318955/141‑1 (MQ=255) aGTGGTTAGCTATATTTTGTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCGTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAAtttt < 1:45340/141‑1 (MQ=255) gTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTa > 1:93082/1‑141 (MQ=255) | TAAAAGGTATTGAATGTATTTACGCTCTATATAAAAAGAACCGCAGGTCTCTTCAGATCTACGGATTTTCGCCATGCCACGAAATTAGCATCATGCTAGCAAGTTAAGCGAACACTGACATGATAAATTAGTGGTTAGCTATATTTTTTTACTTTGCAACAGAACCTATAAAAAACATGGGCTTAAAGGGTTAATTTATATAGTATTACTGCAAACATTGATTTGGGTCAAAAATTAGGGGTATTAAAAAAATGAATGAATCATAATTTTA > CP000730/76782‑77052 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |