| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 181,636 | T→C | 11.1% | F110F (TTT→TTC) | cap5H → | capsular polysaccharide biosynthesis protein Cap5H |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 181,636 | 0 | T | C | 11.1% | 84.3 / 4.4 | 36 | F110F (TTT→TTC) | cap5H | capsular polysaccharide biosynthesis protein Cap5H |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/15); new base C (2/2); total (19/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.41e-01 | |||||||||||
ATAATGTAGAAGTAGGAAGATATTGTTCGATATCTTCGGATGTAAAAATTGGGTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGACCAACCAAGCCGTACAACAATTAAAAATGATGTGTGGATTGGTGCAAATGTAATTATTATGGATGGTTTAACAATAAATACTGGTGCAGTCATAGCAGCCGGCTCAGTTGTTACTAAAAATGTA > CP000730/181500‑181774 | ataatGTAGAAGTAGGAAGATATTGTTCGATATCTTCGGATGTAAAAATTGGGTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAg > 1:262315/1‑141 (MQ=255) aGTAGGAAGATATTGTTCGATATCTTCGGATGTAAAAATTGGGTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGa > 2:237523/1‑141 (MQ=255) aGGAAGATATTGTTCGATATCTTCGGATGTAAAAATTGGGTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATGacca < 2:234032/141‑1 (MQ=255) ggAAGATATTGTTCGATATCTTCGGATGTAAAAATTGGGTTAGGAAAACATCCTACACACTTTTTTAGCTCATCACCGATTTTTTATTCTAATAATAATCCATTTAACATAAAGCAAAAGTTTATAGACTTTAATCacaaa > 2:398825/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |