| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 512620 = | 25 (1.090) | 19 (1.200) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
18/180 | NT | 52.4% | intergenic (+688/‑173) | recR/rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| ? | CP000730 | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+5) | USA300HOU_t0050/rrf4 | tRNA‑Val/5S ribosomal RNA | |||||
AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT > CP000730/512480‑512760 | gtcatacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa < 1:184065‑M1/1‑1 (MQ=255)gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa < 1:55473‑M1/1‑1 (MQ=255)gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa < 2:14307‑M1/1‑1 (MQ=255) tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa > 1:154821‑M1/140‑141 (MQ=255) 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2:63004/1‑141 (MQ=255) ccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTaaa < 2:131416‑M1/19‑1 (MQ=255) aGGTGTAATTTTTACTGATGTTCAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta < 1:204391/141‑1 (MQ=255) aGGTGTAATTTTTAATACTGTAACTCAGTGTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATAACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta < 1:72606/141‑1 (MQ=255) acagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagatttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTAATTGACTTAAAtgttga < 1:239691‑M1/25‑3 (MQ=255) agaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttactcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACATAAATGTtgata < 2:243147‑M1/27‑1 (MQ=255) 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1:240660/141‑1 (MQ=255) gTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTACGAAAAATGa > 2:22048/1‑141 (MQ=255) tacgttacgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGaa > 2:241790‑M1/78‑141 (MQ=255) cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGtcggtaagaaacaaaaatg < 2:133167‑M1/66‑9 (MQ=255) ccgtccgctagagtagaacgttgacaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa > 2:2385‑M1/76‑141 (MQ=255) actatttataTGTTGATGCAAACAAAACAATTTAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt < 2:254066/139‑1 (MQ=255) 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2:248256‑M1/50‑141 (MQ=255) gttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa < 1:49935‑M1/91‑1 (MQ=255) gttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa > 2:49935‑M1/46‑136 (MQ=255) tttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTaa < 2:46556‑M1/98‑1 (MQ=255) ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGACAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt < 1:36618‑M1/99‑1 (MQ=255) aaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGCAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt < 2:39577/140‑1 (MQ=255) 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2:220145/141‑1 (MQ=37) taatAACCAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAAGGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt < 2:125056/138‑1 (MQ=255) ataaaatgaataagataaAAAAAGTTATTGACTAAAATGTTGATAAAATGTATGAGTAATTCTTGTCTGTAAGAAAAATGACCATTGAAAACTGAATTACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa > 2:148805‑M1/19‑141 (MQ=255) aaaaaatgagacagataaAAAAAGTTATTGATTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCATAAAACGTAACTATAAGTTa > 2:207742‑M1/19‑141 (MQ=255) tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc < 1:261041/141‑1 (MQ=255) aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGCATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa > 1:185732‑M1/17‑141 (MQ=255) aaaatggaaaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa > 1:14307‑M1/17‑141 (MQ=255) aaaaatgacaagataaAAAAAGTTATTGACGTAAATGTTGATAAAATATAGAATTAACTCATGACGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATTTCAACGTTAAGACCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa > 2:154149‑M1/17‑141 (MQ=255) aatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa > 1:230104‑M1/15‑141 (MQ=255) aatggaaaagacaaAAAAAGGTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGGCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa > 1:250812‑M1/15‑141 (MQ=255) taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattact > 2:145334/1‑139 (MQ=255) aagagaaaaaaaaTTATTGAATTAAATGTTGAAAAAAGGAAAAATTAATTCTTGCAGGAAAGAAAAATGAACATTGAAAATTGAATGACAATATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt < 2:110712/134‑1 (MQ=12) tttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt < 1:183011/141‑1 (MQ=255) aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATAATTTAGTAt < 1:190994‑M1/140‑1 (MQ=255) aaaaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAtt > 2:8687/1‑141 (MQ=255) | AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT > CP000730/512480‑512760 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |