| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 707,909 | A→T | 100% | M1M (TTG→ATG) † | USA300HOU_0653 ← | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 707,909 | 0 | A | T | 98.0% | 55.2 / ‑6.4 | 22 | M1M (TTG→ATG) † | USA300HOU_0653 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (9/11); minor base C (0/1); total (10/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGA > CP000730/707773‑708044 | ttGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATGTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGt > 1:3078/1‑141 (MQ=255) ttaTAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCTATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTCTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGtt < 1:46164/139‑1 (MQ=255) tGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGtt < 1:81637/141‑1 (MQ=255) tACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAGGGAAATGATTTAAAGTACAGGATCCTCTGCGTTTAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTa > 1:252581/1‑141 (MQ=255) ccAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATACGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGGTTATACCTCCTAGTTaaa > 1:133768/1‑141 (MQ=255) cACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGtt > 2:87687/1‑141 (MQ=255) cccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTCTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCt < 1:266257/141‑1 (MQ=255) aTGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaat > 1:83342/1‑141 (MQ=255) ccAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTg < 2:30119/141‑1 (MQ=255) ttattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGtata < 1:213400/141‑1 (MQ=255) ttaagacgatcccaattaCCTAAAAACAGATTTAAATGTCTAGTTTCTAACTCACGTTTATACCGACTACTTAAAAGTTTAGGCGCACCCATATAATTTTTGAGTAAACTAAGAATCATTATAATTTCCAGTTACTTCGTg < 2:97759/127‑1 (MQ=255) ttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTg < 1:138363/141‑1 (MQ=255) ttAAATACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTg < 2:209351/141‑1 (MQ=255) cATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAACTTCGTGatataat > 2:107870/1‑141 (MQ=255) tGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGatataatat > 2:219474/1‑141 (MQ=255) aCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAAGGTATGTGAg > 1:14002/1‑141 (MQ=255) gATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTAGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTg > 2:42892/1‑141 (MQ=255) tCTTTTGTTTCTAACATACGTGTATACCCCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAACAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATg < 2:79029/141‑1 (MQ=255) ttGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTaa < 2:83342/141‑1 (MQ=255) ttCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTTATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTga < 2:144521/141‑1 (MQ=255) tctcACATACGTGTATACCTCATAATTAAAAGGTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAAAAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGGTATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaa < 2:130225/141‑1 (MQ=255) tAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaaga > 2:120782/1‑141 (MQ=255) | TTGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGA > CP000730/707773‑708044 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |