| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 938,546 | G→T | 17.5% | intergenic (+1453/‑564) | USA300HOU_0902 → / → USA300HOU_0903 | NADH dehydrogenase/NhaC family sodium:proton (Na+:H+) antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 938,546 | 0 | G | T | 17.5% | 52.5 / 5.6 | 27 | intergenic (+1453/‑564) | USA300HOU_0902/USA300HOU_0903 | NADH dehydrogenase/NhaC family sodium:proton (Na+:H+) antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/10); new base T (2/3); total (14/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.90e-01 | |||||||||||
ATATATTACAAATAAGTTCTGAAGTCGATGAAATGGTATTTGAATTACCGATTACTGCAACCGAACGTGCAAGTATTAAACACAGTGATATCGCTGATTTAGTTAACCATACGAATGGACAAGGTAAAGCGCTATTTGCGGCAAGTTTTGTAACACATTTTAGTGGTCAAACACCTCACATTCATTTCGATATTGCAGGTCCAGCAACGACTAATAAAGCTTCATATAATGGTCCAAAAGGGCCAACAGGATTTATGATTCCGACGATAGTACAATGG > CP000730/938407‑938684 | atatatTACAAATAAGTTCTGAAGTCGATGAAATGGTATTTGAATTACCGATTACTGCAACCGAACGTGCAAGTATTAAACACAGTGATATCGCTGATTTAGTTAACCATACGAATGGACAAGGTAAAGCGCTATTTGCgg > 1:27653/1‑141 (MQ=255) aGTTCTGAAGTCGATGAAATGGTATTTGAATTACCGATTACTGCAACCGAACGTGCAAGTATTAAACACAGTGATATCGCTGATTTAGTTAACCATACGAATGGACAAGGTAAAGCGCTATTTGCGGCAAGTTTTGTAaca > 1:215446/1‑141 (MQ=255) tCTGAAGTCGATGAAATGGTATTTGAATTACCGATTACTGCAACTGAACGTGCAAGTATTAAACACAGTGATATCGCCGATTTAGCTAACCATACGAATGGCCAAGGCACAGCGCTCTTTGCGACAAGTTTTGTAACACAt > 2:148564/1‑141 (MQ=255) cTGAAGTCGATGAAATGGTATTTGAATTACCGATTACTGCAACCGAACGTGCAAGTATTAAACACAGTGATATCGCTGATTTAGTTAACCATACGAATGGACAAGGGAAAGCGCGATTTGCGGCAAGTTTTGTAACACAtt > 1:85819/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gAACGTGCAAGTATTAAACACAGTGATATCGCTGATTTAGTTAACCATACGAATGGACAAGGTAAAGCGCTATTTGCGGCAAGTTTTGTAACACATTTTAGTGGTCAAACACCTCACATTCATTTCGATATTGCAGGTCCa < 1:36097/141‑1 (MQ=255) aGTATTAAACACGGTGATATCGCTGATTTAGTTAACCATACGAATGGACAAGGTAAAGCGCTATTTGCGGCAAGTTTTGTAACACATTTTAGTGGTCAAACACCTCACATTCATTTCGATATTGCAGGTCCAGCAACGACt < 2:75668/141‑1 (MQ=255) aTTAAACACAGTGATATCGCTGATTTAGTTAACCATACGAATGGACAAGGTAAAGCGCTATTTGCTGCAAGTTTTGTAACACATTTTAGTGGTCAAACACCTCACATTCATTTCGATATTGCAGGTCCAGCAACGACtaat < 1:178405/141‑1 (MQ=255) aTTAAACACAGTGATATCGCTGATTTAGTTAACCATACGAATGGACAAGGTAAAGCGCTATTTGCTGCAAGTTTTGTAACACATTTTAGTGGTCAAACACCTCACATTCATTTCGATATTGCAGGTCCAGCAACGACtaat < 1:68539/141‑1 (MQ=255) aaCACAGTGATATCGCTGATTTAGTTAACCATACGAATGGACAAGGTAAAGCGCTATTTGCGGCAAGTTTTGTAACACATTTTAGTGGTCAAACACCTCACATTCATTTCGATATTGCAGGTCCAGCAACGACTAATAAAg < 1:18113/141‑1 (MQ=255) cTGATTTAGTTAACCATACGAATGGACAAGGTAAAGCGCTATTTGCGGCAAGTTTTGTAACACATTTTAGTGGTCAAACACCTCACATTCATTTCGATATTGCAGGTCCAGCAACGACTAATAAAGCTTCATATAATGGTc > 1:132718/1‑141 (MQ=255) aTTTAGTTAACCATACGAAAGGACAAGGTAAAGCGCTATTTGCGGCAAGTTTTGTAACACATTTTAGTGGTCAAACACCTCACATTCATTTCGATATTGCAGGTCCAGCAACGACTAATAAAGCTTCAAATAATGGTCCaa > 2:85435/1‑141 (MQ=255) aCCATACGAATGGACAAGGTAAAGCGCTATTTGCGGCAAGTTTTGTAACACATTTTAGTGGTCAAACACCTCACATTCATTTCGATATTGCAGGTCCAGCAACGACTAATAAAGCTTCATATAATGGTCCAAAAGGGCCaa > 1:269848/1‑141 (MQ=255) ggctGGACAAGGTAAACTGCTATTTGCTGCAAGTTTTGTAACACATTCTAGTGGTCAACCACCTCACATTCATTTCGATATTGCAGTTCCAGCAACGACTAATAAAGCTTCATATAATGGTCCAAAAGGGCCAACAGGAtt < 2:185323/138‑1 (MQ=255) aaTGGACAAGGTAAAGCGCTATTTGCGGCAAGTTTTGTAACACATTTTAGTGGTCAAACACCTCACATTCATTTCGATATTGCAGGTCCAGCAACGACTAATAAAGCTTCTTATAATGGTCCAAAAGGGCCAACAGGAttt > 1:2674/1‑141 (MQ=255) aaTGGACAAGGTAAAGCGCTATTTGCGGCAAGTTTTGTAACACATTTTAGTGGTCAAACACCTCACATTCATTTCGATATTGCAGGTCCAGCAACGACTAATAAAGCTTCATATAATGGTCCAAAAGGGCCAACAGGAttt > 2:97665/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gCGGCAAGTTTTGAAACACATTTTAGTGGTCAAACACCTCACATTCATTTCGATAGTGCAGGTCCAGCAACGACTAATAAAGCTTCATATAATGGGCCAAAAGGGCCAACAGGATTTATGATTCCGACGATAGTACAATgg < 1:46109/141‑1 (MQ=255) | ATATATTACAAATAAGTTCTGAAGTCGATGAAATGGTATTTGAATTACCGATTACTGCAACCGAACGTGCAAGTATTAAACACAGTGATATCGCTGATTTAGTTAACCATACGAATGGACAAGGTAAAGCGCTATTTGCGGCAAGTTTTGTAACACATTTTAGTGGTCAAACACCTCACATTCATTTCGATATTGCAGGTCCAGCAACGACTAATAAAGCTTCATATAATGGTCCAAAAGGGCCAACAGGATTTATGATTCCGACGATAGTACAATGG > CP000730/938407‑938684 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |