| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,416,458 | A→T | 100% | I216N (ATT→AAT) | USA300HOU_1314 ← | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,416,458 | 0 | A | T | 100.0% | 45.0 / NA | 16 | I216N (ATT→AAT) | USA300HOU_1314 | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (11/5); total (11/5) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTC > CP000730/1416346‑1416594 | ctTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGGTTAATATTACCTCGCTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGaat > 1:83226/1‑139 (MQ=255)ctTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACt > 1:30849/1‑141 (MQ=255) cTATATTTAATTAGACGTTCAGTCTACGGATGCAAATGCTCATTCTTTAAATGATTAGTATTACCACGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATATTTTTACTAACAATATTTCAATACATGACTTAAGtagtgtcaa > 2:211226/1‑133 (MQ=255) tttAATTAGACGTTCAGTAAACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGataat > 1:150759/1‑141 (MQ=255) tCAGTATACGGATGAATATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATCTTTCAATACAGGACGTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGa < 2:15315/141‑1 (MQ=255) ataCGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATg > 1:76696/1‑141 (MQ=255) gATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACATTCTTATAAAACATAATTGTACCGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACAATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCa > 1:105037/1‑141 (MQ=255) ttAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATc > 1:56103/1‑141 (MQ=255) tCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTAcc > 1:75401/1‑141 (MQ=255) gTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGt < 2:211384/141‑1 (MQ=255) aaTGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATCCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCaa > 2:112927/1‑141 (MQ=255) ttcttTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAatga < 2:243107/141‑1 (MQ=255) ttcttTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAatga < 2:243077/141‑1 (MQ=255) ttttAAAAAATAATTATAATGACAATATCTAAATACATGACTCAAGTTATGCGAGATAATAAATAATGTTTGACCACGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGc < 1:11469/141‑1 (MQ=255) tAAAACATAATTGTACTGACAATATTTTAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATCAATAATGTTTGACCATGTTCTTATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCacc > 2:102364/1‑139 (MQ=255) aTAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTATAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTc > 2:80466/1‑141 (MQ=255) | CTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTC > CP000730/1416346‑1416594 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |