| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,486,381 | G→T | 100% | Q5215K (CAA→AAA) | ebh ← | extracellular matrix binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,486,381 | 0 | G | T | 100.0% | 63.9 / NA | 20 | Q5215K (CAA→AAA) | ebh | extracellular matrix binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (8/12); total (8/12) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AAGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTGATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAAGCCTTTCATCGCTGTAT > CP000730/1486254‑1486518 | aaGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGTTTGGGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCt < 2:140896/141‑1 (MQ=255) aGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCtt > 1:238407/1‑141 (MQ=255) cTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACt < 2:109254/141‑1 (MQ=255) aaGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGTTTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGCCGTACTCGttc > 2:228120/1‑140 (MQ=255) tttCGCGCAGCATTTTATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGa < 2:178656/141‑1 (MQ=255) tttCGCGCACCATTTACTGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGa < 1:70976/141‑1 (MQ=255) gcgcACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGattat > 2:89831/1‑141 (MQ=255) aTTTAATGCCTGTTCTTTAGTTTTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACt < 1:147548/141‑1 (MQ=255) tAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCCCTTGTGATTTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGc < 2:5170/141‑1 (MQ=255) tGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGAcc > 1:52788/1‑141 (MQ=255) ttCACTTGTGATTTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCt < 1:200212/140‑1 (MQ=255) ttCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCt < 1:193338/140‑1 (MQ=255) ccTTGTGATGTTACTTGCGTAATTGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCt < 2:108989/140‑1 (MQ=255) gATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCGGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAAtt > 2:203997/1‑141 (MQ=255) aTGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTTTTTGGGCTTTCGTCAGTGTTGTTTTGACCTGCTTTAAttt > 1:208148/1‑140 (MQ=38) ttACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAAttgttg < 2:238407/141‑1 (MQ=255) tttGGTGCCATTGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCGGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTa < 2:65840/141‑1 (MQ=255) aTCGTTGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAAg > 1:194848/1‑141 (MQ=255) tGGGTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAGTCCttt > 1:58175/1‑141 (MQ=255) gTTCGATGTTTTATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAAGCCTTTCAt < 1:89831/141‑1 (MQ=255) ttttATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAAGCCTTTCATCGCTGTAt < 1:21788/141‑1 (MQ=255) | AAGTTGTTTTTCGCAGTTGTCTTAGCTTGAGCTAAGTTTCGCGCACCATTTAATGCCTGTTCTTTAGTTGTCACTTGTGATGTTACTTGCGTAATAGTATTTGGTTCCATCGTTGGGTTCGATGTTTGATTAATGATTGCTTTTGCTGCAGTAACTGCACTGTCGTACTCGTTACGATTATTTGGACTTGCGTCAGTGTAGTTTTGACCTGCTTTAATTGTTGCTTCATTCGCAATACTATCTCTTAAGCCTTTCATCGCTGTAT > CP000730/1486254‑1486518 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |