| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,679,263 | A→T | 26.0% | intergenic (+135/‑254) | USA300HOU_2535 → / → USA300HOU_2536 | hypothetical protein/possible secretory antigen |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,679,263 | 0 | A | T | 26.0% | 43.9 / 3.7 | 22 | intergenic (+135/‑254) | USA300HOU_2535/USA300HOU_2536 | hypothetical protein/possible secretory antigen |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/10); new base T (4/2); total (10/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATA > CP000730/2679124‑2679403 | aaTGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTaa < 1:12844/141‑1 (MQ=255) tgcaacaaagtgaCATTGAGTCACATCAAGTCGTTTGAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAAt < 1:60899/129‑1 (MQ=255) cATTAATCCATGGAGTACCATCATCTCATGTTAGTGCTTTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCAttt < 1:4641/141‑1 (MQ=255) tGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTcc > 1:215748/1‑141 (MQ=255) catcTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATcc < 2:116264/141‑1 (MQ=255) catcTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTGATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATcc < 2:68763/141‑1 (MQ=255) catcTCATGTTAGCGCGCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTTAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATcc < 1:144675/141‑1 (MQ=255) atcTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCg < 2:231514/141‑1 (MQ=255) aTGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTCCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCTACTAATATCCGCTGtt > 1:130458/1‑141 (MQ=255) cTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCa < 1:234450/141‑1 (MQ=255) tAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTTAATTTTTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGAc > 2:32666/1‑141 (MQ=255) gTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATg > 2:255472/1‑141 (MQ=255) gTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACAtt > 1:159769/1‑140 (MQ=255) tataTTTGGATTTCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGa < 2:63786/141‑1 (MQ=255) gtgATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTTATTTTTTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTTTGACATTTAATTTTTTAATACTTGGAttttt > 2:5818/1‑139 (MQ=255) cTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACAtttt < 1:24024/141‑1 (MQ=255) tttctttcAATGATAGAAATATGTCCAATTTTTTTTAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAAGCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTTTaaaaaaaataa < 2:270175/141‑11 (MQ=255) aGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCAttttt > 1:250225/1‑141 (MQ=255) gAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTAAATTTTATGAAAAAATCCAtttttt > 1:26349/1‑140 (MQ=255) aCCATGTACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTATATTTTACCACTAATCTCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTTTTACAATTTATTGTTAAATACATAAATTTCTTTTTTTTTTTTATTATTCCATTTttatt > 2:118477/1‑141 (MQ=255) tGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAACATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACaa < 2:130458/141‑1 (MQ=255) aCCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTc > 1:146562/1‑141 (MQ=255) ccTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCa < 2:159742/141‑1 (MQ=255) aaaTCATTTTATATTTTTCCACTAATATCCGTTGTTAATCAATTCTGTTATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTTAATACATGAATTTTTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTATAATTCAATACTTtata > 2:191309/1‑141 (MQ=255) aaaTCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTtata < 2:215748/141‑1 (MQ=255) | AATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATA > CP000730/2679124‑2679403 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |