| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 111,516 | C→A | 21.0% | Q196K (CAA→AAA) | USA300HOU_0110 → | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 111,516 | 0 | C | A | 21.0% | 84.4 / 10.8 | 37 | Q196K (CAA→AAA) | USA300HOU_0110 | possible staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/9); new base A (5/3); total (25/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
TGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAA > CP000730/111377‑111651 | tGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCa < 1:111946/141‑1 (MQ=255) ggAAGTTACAGAGTACAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAata < 1:119935/141‑1 (MQ=255) aaaGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTa > 1:176528/1‑141 (MQ=255) aagaagAAAACAAAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTaa < 1:185391/141‑1 (MQ=255) agaagaAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATGTCAATTAAc < 2:192596/141‑1 (MQ=255) gaagaaAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACt < 2:121003/141‑1 (MQ=255) aaaaaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTGTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATAGATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAat < 1:141815/140‑1 (MQ=17) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgat > 1:77934/1‑141 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAatgat > 1:124611/1‑141 (MQ=255) aaCATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAatgat > 1:130446/1‑141 (MQ=255) aTAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATgatgat < 1:105364/141‑1 (MQ=255) aaTCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTaaa > 2:30002/1‑141 (MQ=255) aaaaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATGTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATACAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAAt > 2:78455/1‑141 (MQ=255) aaCTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTa > 1:257237/1‑141 (MQ=255) cTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACg > 2:192658/1‑141 (MQ=255) tAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCaa < 2:193443/141‑1 (MQ=255) tataGCAATTTTAAAGATTTAATGGATTGTAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGAAAAAGATATGATATAccg > 1:171737/1‑140 (MQ=14) gCAAATTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGCTGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATACAGCTCAATATCAATTACCTAAAGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGCCATACca‑acaa > 2:164571/1‑141 (MQ=17) aaaGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAgcg > 2:247191/1‑141 (MQ=255) aGATTGAATGAATTATAAAGATGGATCTAGACCATAAAATCTAGAGGTCCCGAGTAATTCAGAAAAATATGAATTAAGTAATGATGCTTATAGTGAAAGTCAATTAAGAAAAAGATAAGACATACCA‑AAAACTaaacactc > 2:130938/1‑136 (MQ=255) gATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACACTTACGTAAAAGATATGACAGACGA‑ACAAATAAAGCGcca > 1:32374/1‑140 (MQ=255) gATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCCg > 2:102886/1‑141 (MQ=255) taAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGaa > 2:265664/1‑141 (MQ=255) aaGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCCGAAGACGTTGTTGAAAg > 2:27738/1‑141 (MQ=255) gATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGt < 2:170075/141‑1 (MQ=255) gagaTATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAg < 2:7770/141‑1 (MQ=255) atatCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAAt > 1:79668/1‑141 (MQ=255) atCATATAAGCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATTATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCCGAAGCTTTGGTTGAAAGGTACAGGGAAttt < 2:58161/141‑1 (MQ=255) taATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAgg < 1:33190/141‑1 (MQ=255) aTCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGGACAGGGAATTTAAAAGGtt > 1:263931/1‑141 (MQ=255) gTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGtt > 1:238450/1‑141 (MQ=255) tGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTg > 1:247070/1‑141 (MQ=255) cGAGTTAGTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATATAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTCGat > 2:190423/1‑141 (MQ=255) tATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaa > 2:205055/1‑141 (MQ=255) aaTTCAGCTCAATATCAATTTCTTCTTGTTGTTGATAATGTAAAGCAATTACGTAAAAGAAATGAAATACAAGACAATTAAA‑CGCCAAAGAAGTTTTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaa > 2:70287/2‑141 (MQ=9) tCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATaaaaaa > 1:178906/1‑141 (MQ=255) cAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCAGAAGCTGTGGTTGAAAGGAACAGGGAATTTAAAGGGTTCATCAGTTGGATATaaaaaaa > 2:88258/1‑141 (MQ=255) | TGAGGAAGTTAAAGAAGAAAACATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTTTTTGCGCAATATAGCAATTTTAAAGATTTAATGAATTATAAAGATGGAGATATATCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCAGCTCAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGTAAAAGATATGACATACCA‑ACAAATAAAGCGCCGAAGCTGTTGTTGAAAGGTACAGGGAATTTAAAAGGTTCATCAGTTGGATATAAAAAAA > CP000730/111377‑111651 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |