| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 162,467 | A→G | 12.1% | L63S (TTA→TCA) | USA300HOU_0153 ← | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 162,467 | 0 | A | G | 12.1% | 82.1 / 4.3 | 33 | L63S (TTA→TCA) | USA300HOU_0153 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/16); new base G (2/2); total (15/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 | |||||||||||
CCACAAAGATTGCTGCTAATAACAAATCTGGAATAGTACGAACTATATTTAAAATAAAGCGCGAGGGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGTAATTTGTTGTAAATACTCGAAATCAGGTGGAATCATTTGTTTGAATAGATCACCTATTTGAGGTATTCCTATCATTAAA > CP000730/162327‑162595 | ccACAAAGATTGCTGCTAATAACAAATCTGGAATAGTACGAACTATATTTAAAATAAAGCGCGAGGGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGGTGCTACCTa > 1:9223/1‑141 (MQ=255)ccACAAAGATTGCTGCTAATAACAAATCTGGAATAGTACGAACTATATTTAAAATAAAGCGCGAGGGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTa > 2:260994/1‑141 (MQ=255) cacaAAGATTGCTGCTAATAACAAATCTGGAATAGTACGAACTATATTTAAAATAAAGCGCGAGGGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGAGGCTACCTaa > 2:231141/1‑141 (MQ=255) ctAATAACAAATCTGGAATAGTACGAACTATATTTAAAATAAAGCGCGAGGGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAGCGGATTCCACCTAATACTGTACTTACGa < 1:267071/141‑1 (MQ=255) aaaCAAATCTGGAATAGTACGAACTATATTTAAAATAAAGCGCGAGGGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGc < 1:32171/140‑1 (MQ=255) cAAATCTGGAATAGTACGAACTATATTTAAAATAAAGCGCGAGGGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATCAGAACGCAATTGAAATTGAATCGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCAt < 1:63574/141‑1 (MQ=255) cAAATCTGGAATAGTACGAACTATATTTAAAATAAAGCGCGAGGGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCAt < 1:106191/141‑1 (MQ=255) aaTCTGGAATAGTACGAACTATATTTAAAATAAAGCGCGAGGGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTc < 1:256253/141‑1 (MQ=255) aTCTGGAATAGTACGAACTATATTTAAAATAAAGCGCGAGGGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCg > 2:231732/1‑141 (MQ=255) ggAATAGTACGAATTATATTTAAAATAAAGCGCGAGGCTGTTGGAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATg < 1:116208/141‑1 (MQ=255) ggAATAGTACGAACTATATTTAAAATAAAGCGCGAGGGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATg > 1:243428/1‑141 (MQ=255) gAATAGTACGAACTATATTTAAAATAAAGCGCGAGGGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATgg > 1:111601/1‑141 (MQ=255) aTAGTACGAACTATATTTAAAATAAAGCGCGAGGGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGAAAGTGGTACGGTAGCGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTa > 1:7732/1‑141 (MQ=255) aTAGTACGAACTATATTTAAAATAAAGCGCGAGGGGATTGAAATCCACTTTTGATAACCAATCTTCCTAGCACAAAATCACGCCACTGGTATTGAAACGACGCTACCAAATACTGTCCTTACGCTGACCAGCGGAATGGTa > 2:64941/1‑141 (MQ=255) tAAAATAAAGCGCGAGTGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGt < 1:34384/141‑1 (MQ=255) aaaTAAAGCGCGAGGGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGTaa < 2:257305/141‑1 (MQ=255) gcgAGGGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGTAATTTGTTGTa < 2:249651/141‑1 (MQ=255) tATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGTAATTTGTTGTAAATACTc < 2:113584/141‑1 (MQ=255) ccACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGTAATTTGTTGTAAATACTCGAAATCAgg < 1:231732/141‑1 (MQ=255) cACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATCGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGTAATTTTTTGTAAATACTCGAAATCAggg > 2:28687/1‑140 (MQ=255) ttGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGTAATttgttg < 1:225005/117‑1 (MQ=255) ttGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGTAATttgttg > 2:225005/1‑117 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGTAATTTGTTGTAAATACTCGAAATCAGGTGGAATCATTTGTTTGAATGGATGACCTATTTGAGGTATTc > 1:4941/1‑141 (MQ=255) tGGTATTGAAACGATGCTACCTGATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGTAATTTGTTGTAAATACTCGAAATCAGGTGGAATCATTTGTTTGAATAGATCACCTATTTGAGGTATTcc < 1:265575/141‑1 (MQ=255) tGGTATTGAAACGATGCTACCTGATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGTAATTTGTTGTAAATACTCGAAATCAGGTGGAATCATTTGTTTGAATAGATCACCTATTTGAGGTATTcc < 2:52371/141‑1 (MQ=255) tGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTGACGTAATCCTTTCGAAGGGTATCTAACATTGGCGTTGTAATTTGTTGTAAATACTCGAAATCAGGTGGAATCATTTGTTTGAATAGATCACCTATTTGAGGTATTcc < 1:183318/141‑1 (MQ=255) gTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGTAATTTGTTGTAAATACTCGAAATCAGGTGGAATCATTTGTTTGAATGGATCACCTATTTGAGGTATTCCTa > 2:45819/1‑141 (MQ=255) aCGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGTAATTTGTTGTAAATACTCGAAATCAGGTGGAATCATTTGTTTGAATAGATCACCTATTTGAGGTATTCCTATCATTaaa > 2:119353/1‑141 (MQ=255) aCGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGTAATTTGTTGTAAATACTCGAAATCAGGTGGAATCATTTGTTTGAATAGATCACCTATTCGAGGTATTCCGATCATTaaa > 2:154138/1‑141 (MQ=255) aCGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGTAATTTGTTGTAAATACTCGAAATCAGGTGGAATCATTTGTTTGAATAGATCACCAATTTGAGGTATTCCTATCATTaaa > 2:119361/1‑141 (MQ=255) | CCACAAAGATTGCTGCTAATAACAAATCTGGAATAGTACGAACTATATTTAAAATAAAGCGCGAGGGTATTGAAATCCACTTTTGATGAACGATATTGCTAGCACATAATAACGCAATTGGTATTGAAACGATGCTACCTAATACTGTACTTACGATAGCCATTCGAATGGTATCTAACATTGGCGTTGTAATTTGTTGTAAATACTCGAAATCAGGTGGAATCATTTGTTTGAATAGATCACCTATTTGAGGTATTCCTATCATTAAA > CP000730/162327‑162595 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |