Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 2,680,194 T→C 7.3% intergenic (+246/+286) USA300HOU_2536 → / ← USA300HOU_2537 possible secretory antigen/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007302,680,1940TC 7.3% 228.0 / 2.2 77intergenic (+246/+286)USA300HOU_2536/USA300HOU_2537possible secretory antigen/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (50/21);  new base C (2/4);  total (52/25)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.31e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

TGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTA  >  CP000730/2680056‑2680329
                                                                                                                                           |                                                                                                                                           
tGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAAtttttt                                                                                                                                           <  1:736994/141‑1 (MQ=255)
tGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAAtttttt                                                                                                                                           <  1:229109/141‑1 (MQ=255)
tGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAAtttttt                                                                                                                                           <  1:316065/141‑1 (MQ=255)
   aCGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATttgttggt                                                                                                                                        >  2:398769/1‑139 (MQ=255)
   aCGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTgtt                                                                                                                                        >  2:697087/1‑139 (MQ=255)
      tataTTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTCTTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATATAAATAATTTTTTGCTGtt                                                                                                                                  >  1:448644/1‑141 (MQ=255)
      tataTTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGtt                                                                                                                                  <  2:201922/141‑1 (MQ=255)
        tatTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGtttt                                                                                                                                <  1:702823/141‑1 (MQ=255)
          tttCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCa                                                                                                                              <  1:899546/141‑1 (MQ=255)
              ttcttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGt                                                                                                                          >  1:285742/1‑141 (MQ=255)
                cttcAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTct                                                                                                                        >  1:170578/1‑140 (MQ=255)
                    aatcaatttaccATCTTCGGCATCGTCTAAATTTAAAATTTTATGCTTTTTTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACTAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGCTTTTTTTCGTCGTCAtc                                                                                                                     <  1:582392/130‑2 (MQ=255)
                    aaCTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTat                                                                                                                   >  2:310203/1‑140 (MQ=255)
                       tattatTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTa                                                                                                                >  1:768889/1‑141 (MQ=255)
                         ttattTCCTCTTTAGCATAATCTATATAGAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTaaa                                                                                                              <  2:204431/141‑1 (MQ=255)
                         ttattTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGATATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTATAAATATCAATAATTTTTTGCTGTTTTAATGTCTATTAGTTaaa                                                                                                              >  2:398621/1‑141 (MQ=255)
                         aattaccATCTTCGGCATCGTCTAAGTTTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGTTa                                                                                                                <  2:137134/135‑1 (MQ=255)
                             accatcttcggCATAGTCTAAGTTTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGTTTTTTTTCGTCGTCATCAGTTaaaaa                                                                                                            >  1:476859/11‑141 (MQ=255)
                             accATCTTCAGCATCGTCTAAGTTTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGTTaaaaa                                                                                                            <  2:469359/139‑1 (MQ=255)
                              tCATCTTTAGCATAATCTATATACAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAaat                                                                                                         <  1:51875/141‑1 (MQ=255)
                              ccATCTTCTGCATCGTCTAAGTTTAAAATTTTATGCTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGATTTTTTTCGTCGTCATCAGTTaaaaag                                                                                                           <  2:632117/140‑2 (MQ=255)
                                     tAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATATTTTTTTGCTGTTTTCTTCGTCTTTAGTTAAAAAAATAATTTaa                                                                                                  >  1:8637/1‑141 (MQ=255)
                                     tAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTaa                                                                                                  >  1:764750/1‑141 (MQ=255)
                                       gCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTGTTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACt                                                                                                <  1:794337/141‑1 (MQ=255)
                                        cATAATCTAGACATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATTAtttctctc                                                                                               <  2:690123/141‑6 (MQ=255)
                                         aTAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGa                                                                                              <  1:228433/141‑1 (MQ=255)
                                          tAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAg                                                                                             <  1:524242/141‑1 (MQ=255)
                                          tAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAg                                                                                             <  1:829526/141‑1 (MQ=255)
                                             tCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGttt                                                                                          <  1:126145/141‑1 (MQ=255)
                                                  atataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAAATGAGTTTTTgcg                                                                                     >  1:699235/1‑139 (MQ=255)
                                                     taAAATTTTATCCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGAcc                                                                                  <  2:581240/141‑1 (MQ=255)
                                                         aTTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGtt                                                                              <  1:909429/141‑1 (MQ=255)
                                                           tttATGCTATTATTTAAATACTACGCCATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTa                                                                            >  1:671084/1‑141 (MQ=255)
                                                           tttATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTa                                                                            >  2:898789/1‑141 (MQ=255)
                                                              aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt                                                                         >  1:39482/1‑141 (MQ=255)
                                                              aTGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAt                                                                         >  1:413396/1‑141 (MQ=255)
                                                               tGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATATTTTTTTGGTGTTTTCATCGTTTTTAGTTGAAAAAGTATTTTAACTGGGTTTTGGTGACTTGTTTAAAtt                                                                        >  1:1281/1‑141 (MQ=255)
                                                               tGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAtt                                                                        >  1:46528/1‑141 (MQ=255)
                                                                gCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAAttt                                                                       >  1:367672/1‑140 (MQ=255)
                                                                 cTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATtga                                                                      >  1:892104/1‑141 (MQ=255)
                                                                      ttttAAATAATCCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACt                                                                 <  1:314435/140‑1 (MQ=255)
                                                                           aataatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATACTTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGATACCTAGTTAAATTAGTGACTCatca                                                            >  1:828562/1‑138 (MQ=255)
                                                                           aataatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTTCGACCTTTTTTACTTTCTGGCTCaaaa                                                            >  2:814026/1‑141 (MQ=255)
                                                                           aataatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCaaca                                                            >  2:24415/1‑139 (MQ=255)
                                                                           aataatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCaaaa                                                            >  1:424526/1‑141 (MQ=255)
                                                                           aataatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTAATGACTCaaaa                                                            >  1:418166/1‑141 (MQ=255)
                                                                              aatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTAGTTAAAAAAATAATTTAATTAAGTTTTTGTGAGTTGTTTAGATtgttttttaaaatttt                                                         >  2:834298/1‑127 (MQ=255)
                                                                              aatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTCGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGCTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCt                                                         >  2:85899/1‑141 (MQ=255)
                                                                              aatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCt                                                         >  1:768380/1‑141 (MQ=255)
                                                                              aatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATGTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGAACTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCt                                                         >  1:559321/1‑141 (MQ=255)
                                                                                   gCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATc                                                    <  1:169337/141‑1 (MQ=255)
                                                                                   gCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATc                                                    >  1:61916/1‑141 (MQ=255)
                                                                                     tataACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGTGACCTGTTTAATTTGATGACTCATAACCTTTATccc                                                  >  1:245984/1‑141 (MQ=255)
                                                                                      ataACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTTTTGTTTTTTTCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGGTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCCAAACATTTATcccc                                                 >  2:652665/1‑141 (MQ=255)
                                                                                       taACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTTCTTTTTTCCTCATCATTAGTTAAAAAAATCATTTAACTGAGGCTTTGAGACCTGTTTACATTGATGAGTCACAACCTATATcccat                                                >  2:344476/1‑139 (MQ=255)
                                                                                           ttAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTc                                            >  1:737828/1‑141 (MQ=255)
                                                                                             aaCATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTATTTAAAAGAATAATTTAAATGAGTTTTTGAGACCTGTTGAAATTGATGACTCAAAAACTTTTATCCATTTTCaa                                          >  2:2483/1‑140 (MQ=255)
                                                                                             aaCATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTCTCCCCTTTTCAc                                          >  2:117176/1‑141 (MQ=255)
                                                                                             aaCATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCAc                                          >  2:515796/1‑141 (MQ=255)
                                                                                              aCATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACt                                         >  2:453431/1‑141 (MQ=255)
                                                                                               cATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTc                                        >  1:795508/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                aTACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCCTTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCg                                       <  1:898789/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                aTACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCg                                       <  2:671084/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                 tACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTTCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAATAATAATTTAAATGAGTTTTTTAGACCTTTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCTCCTTTTctttcgt                                      >  2:524715/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                   cGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGtt                                    >  1:647789/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                    gTTTTCGATATAAACCTACCACTAGTTCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGttt                                   >  2:196297/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      tttCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTaa                                 >  2:293878/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                         cGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTg                              >  1:885054/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                         cGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTg                              >  1:248141/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                         cGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTg                              >  1:421593/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                           atatAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCt                            <  2:413396/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                              taAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTa                         >  2:718340/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                aaCCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAACTTGATGACTCCAAACCTTTATCCCCCTTTCACTCGGTTTAACTGCTTTAat                       >  2:607909/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                   cTTGTTCTACATCCCAATAATTTTTTGCTGCATTGATCGTAATTAGTTTCTAAACTATTAAAACGGAGTTTTTAAGACCTGTTTAAATTGATGGATCAAAACCTTTATCCCCTTTTCAATCGGTTTAATTGCTTTAAAAtt                    >  2:414821/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      gTTCTAAATCTCAATAATTTCTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCGCTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTaa                 >  1:552319/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                         cTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCCCTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAaccc              >  2:630479/1‑139 (MQ=255)
                                                                                                                                   aataatTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCAtt     <  2:630066/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                    ataatTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTg    <  2:421593/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                    ataatTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTg    <  2:885054/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     taatTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGt   >  1:521401/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                      aatTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTa  >  1:796192/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                           |                                                                                                                                           
TGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTCAATAATTTTTTGCTGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTGCTTTAATATTTAACACAGTCTCATTGTA  >  CP000730/2680056‑2680329

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: