Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 36,119 C→T 30.7% V145I (GTA→ATA)  USA300HOU_0026 ← IS431mec transposase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP00073036,1190CT30.7% 686.4 / inf 636V145I (GTA→ATA) USA300HOU_0026IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (214/224);  new base T (101/95);  total (317/319)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.48e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 642 total aligned reads displayed.

TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAAT  >  CP000730/35979‑36248
                                                                                                                                            |                                                                                                                                 
ttttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAc                                                                                                                                   <  2:201954/141‑1 (MQ=255)
ttttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAc                                                                                                                                   >  2:439505/1‑141 (MQ=40)
 tttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACt                                                                                                                                  >  2:178954/1‑141 (MQ=255)
 tttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACt                                                                                                                                  >  2:380566/1‑141 (MQ=255)
 tttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACAAAGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACt                                                                                                                                  >  2:454201/1‑141 (MQ=255)
  ttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACtt                                                                                                                                 <  2:815133/141‑1 (MQ=255)
   tAAAGTTTTCTTTGCTGTATTGATTCTTTGTTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGGCGGTGTTCTGGCTCAATGAGGTTCTTCCGATATTTCGTTGTACTATGGCAGTCAGGTTTATGTTTAAAAGCTTTTATTAtttt                                                                                                                                >  1:144486/1‑141 (MQ=255)
    aaaGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTa                                                                                                                               <  1:447806/141‑1 (MQ=255)
      aGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTaac                                                                                                                             >  1:102536/1‑139 (MQ=255)
      aGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGc                                                                                                                             <  1:17354/141‑1 (MQ=255)
       gTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTTATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTCCCAGTTGCGGGGGTTTAATTACTTTaacc                                                                                                                            <  2:418660/141‑4 (MQ=14)
          ttCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAtt                                                                                                                         <  2:539265/141‑1 (MQ=255)
           tttttGCTGTATTGATACTTTGATTCCCTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAGGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACTATTg                                                                                                                        <  2:555195/139‑1 (MQ=14)
             tttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAATTTAAACATTGCt                                                                                                                      >  2:862457/1‑141 (MQ=14)
             tttGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCt                                                                                                                      >  1:530742/1‑141 (MQ=255)
              ttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTTCGTTTAGATGCTTTTTTTTCTTTAAACATTGCtt                                                                                                                     >  1:69034/1‑140 (MQ=14)
                gccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACCTTAATATGACTGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGcc                                                                                                                   <  1:249455/138‑1 (MQ=11)
                   gTATTGATACTTTGATACCTTTTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTc                                                                                                                <  2:84966/141‑1 (MQ=255)
                   gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTc                                                                                                                >  1:413058/1‑141 (MQ=255)
                    tATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCg                                                                                                               >  1:29863/1‑141 (MQ=255)
                     aTTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAATAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGt                                                                                                              >  1:111847/1‑141 (MQ=255)
                     aTTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                              <  2:412363/141‑1 (MQ=255)
                        gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAGCTTCGTTGa                                                                                                           <  1:669099/141‑1 (MQ=255)
                         aTACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGaa                                                                                                          >  2:349405/1‑141 (MQ=255)
                          tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                                         <  1:496561/141‑1 (MQ=255)
                          tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                                         <  1:624507/141‑1 (MQ=255)
                           aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                        <  1:54921/141‑1 (MQ=255)
                             tttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                      >  1:401397/1‑141 (MQ=255)
                               tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACATTGACAGTCAGTTTTAAGTTTTAAAGCTTTTGTTGCTTTATCTATTGCTATCTTTGTTGAAGTTGct                                                                                                    >  1:284053/1‑140 (MQ=11)
                                taTACCTTGTCTTTCTTACTTCAATCTGCCGGTGATCTTGCTCAATGAGTTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                   <  2:710730/140‑1 (MQ=255)
                                   tttcttgctttcctACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTCCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGTTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                                <  2:778993/134‑1 (MQ=11)
                                    ccTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCTTTGAAGGTGCCTGATc                                                                                               >  2:296305/1‑141 (MQ=255)
                                     cTTTTCTTGCTGACTTTAAGATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCCACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCt                                                                                              <  1:890022/141‑1 (MQ=14)
                                     cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCACACCGTTAGTTGATTCAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCTTTTAAGATGCCTGATCt                                                                                              >  1:432221/1‑141 (MQ=11)
                                     cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTACTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACATTCGTTGAAGGTGCCTGATCt                                                                                              >  1:476769/1‑141 (MQ=255)
                                       tgtgTTTCTTCCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGt                                                                                            <  2:122831/141‑1 (MQ=255)
                                       tGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGt                                                                                            >  2:255796/1‑141 (MQ=255)
                                         tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTAGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                          >  1:579473/1‑141 (MQ=255)
                                         tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                          <  2:108717/141‑1 (MQ=38)
                                          cttttttACTTTAATATTACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATGCCTATCTTCGGTGAAGGTGCCTGATCTGTAAt                                                                                         <  1:217154/141‑1 (MQ=11)
                                             tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAATTTCGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAc                                                                                      >  1:852141/1‑141 (MQ=255)
                                              cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAcc                                                                                     <  2:519655/141‑1 (MQ=255)
                                              cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTAcc                                                                                     <  2:549984/141‑1 (MQ=255)
                                               ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                    <  1:352925/141‑1 (MQ=255)
                                               ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCt                                                                                    >  1:318481/1‑141 (MQ=255)
                                               ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCt                                                                                    <  2:794747/141‑1 (MQ=255)
                                                 aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGCCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTCACTACCttt                                                                                  >  2:357045/1‑141 (MQ=11)
                                                 aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTAGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGGAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttt                                                                                  >  2:589791/1‑141 (MQ=255)
                                                    ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCATTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAGCTACCTGTTGa                                                                               >  2:399336/1‑141 (MQ=11)
                                                     tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTATGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAGGGTGCCTGATCTGTATTTACCTTTTGAg                                                                              >  1:269913/1‑141 (MQ=11)
                                                      aaTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAgg                                                                             <  2:472787/141‑1 (MQ=21)
                                                         atGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAGTACCTTTTGAGGttt                                                                          <  1:455876/141‑1 (MQ=255)
                                                          tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTCATTACCTTTTGAGGTTTa                                                                         >  2:76227/1‑141 (MQ=255)
                                                          tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTa                                                                         <  1:791463/141‑1 (MQ=19)
                                                           gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                        <  2:745668/141‑1 (MQ=255)
                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                       <  2:214162/141‑1 (MQ=21)
                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                       <  2:496667/141‑1 (MQ=255)
                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                       <  1:760470/141‑1 (MQ=255)
                                                            aCGGTGATCTTGCGCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCATGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                                       <  2:320354/141‑1 (MQ=255)
                                                             cGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCa                                                                      <  2:329505/141‑1 (MQ=21)
                                                             cGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCa                                                                      <  2:52701/141‑1 (MQ=18)
                                                             cGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCa                                                                      <  2:150384/141‑1 (MQ=11)
                                                              ggTGATCTTGCTCAACGAGGTTTGTCAGATATTTCGATTTACAATGGCAGTCAGTATTAAGTATAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCGTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                     <  1:570119/141‑1 (MQ=11)
                                                               gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTggaggtgaccaat                                                                    >  2:635802/1‑129 (MQ=11)
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                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTTCCAAATTGt                                                                >  1:514834/1‑141 (MQ=12)
                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                >  1:705144/1‑141 (MQ=17)
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                                                                          cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga                                                         <  2:67367/141‑1 (MQ=32)
                                                                             tGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAc                                                      >  2:694682/1‑141 (MQ=12)
                                                                               gggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATCGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                    <  2:654672/140‑1 (MQ=11)
                                                                                ggTTATTCATATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                   <  1:367494/141‑1 (MQ=12)
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                                                                                     ttCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTAGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa                                              >  1:612699/1‑141 (MQ=11)
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                                                                                           tatTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                        >  2:165441/1‑141 (MQ=11)
                                                                                             tttCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCata                                      <  1:127467/141‑1 (MQ=17)
                                                                                              ttCGATGTGCCATGACAGTCAGTTTTAAGTTTAAAATCTGTAATTATTTTACCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAAGTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                     <  2:190544/141‑1 (MQ=11)
                                                                                              ttCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                     <  2:620806/141‑1 (MQ=255)
                                                                                               tCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATg                                    <  1:877600/141‑1 (MQ=32)
                                                                                                cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                   >  2:27684/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                 gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTACTGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                                  <  1:330966/141‑1 (MQ=17)
                                                                                                       cAATGTCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTCCTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                            <  1:194423/141‑1 (MQ=12)
                                                                                                       cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                            <  1:737245/141‑1 (MQ=17)
                                                                                                        aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                           <  1:597429/141‑1 (MQ=14)
                                                                                                         aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt                          >  1:641254/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                            |                                                                                                                                 
TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAAT  >  CP000730/35979‑36248

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: