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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 35,817 | 0 | A | T | 33.6% | 207.8 / 117.5 | 127 | intergenic (+48/+60) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
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Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
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2:787741/140‑1 (MQ=255) taataaAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAA‑GTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 1:820481/141‑1 (MQ=40) aataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAA‑GT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCt > 1:834674/1‑141 (MQ=11) ataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAA‑GT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCtt > 1:325594/1‑141 (MQ=11) ataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAA‑GT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGGTCtt > 1:340235/1‑141 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAA‑GT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 1:438144/141‑1 (MQ=11) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |