Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP000730 | 35,850 | 0 | C | T | 39.8% | 130.8 / 102.0 | 107 | intergenic (+81/+27) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
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2:204979/1‑139 (MQ=9) ggggtcggTTGCAAA‑GT‑AAAAAATATAGCTAGTGACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTGCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATaga < 2:856567/134‑1 (MQ=1) ttatcTAACCACTAAGTTAACAGGTCAGTGTTCGGTTAACGTTCTAGCATTATGCTAATTTCGTTGTATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTATTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCtttt < 1:187955/137‑1 (MQ=1) | AAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAA‑GTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTT > CP000730/35719‑35982 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |