| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 685,779 | T→C | 8.7% | L127L (TTA→TTG) | USA300HOU_0629 ← | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 685,779 | 0 | T | C | 8.7% | 178.7 / 6.6 | 69 | L127L (TTA→TTG) | USA300HOU_0629 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/46); new base C (3/3); total (20/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-01 | |||||||||||
ATATTACCTGCATTCGCAAGTATACCAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCATAATCTGTAACACCTGCTAAAATCTTAGTCATA > CP000730/685639‑685917 | atatTACCTGCATTCGCAAGTATACCAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGtt < 1:98429/141‑1 (MQ=255)atatTACCTGCATTCGCAAGTATACCAACACCAAAACCAATGAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGtt > 1:622956/1‑141 (MQ=255) tatTACCTGCATTCGCAAGTATACCAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTTTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTa < 1:610722/141‑1 (MQ=255) tatTACCTGCATGCGCAAGTATACCAACACCAAAACCGATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACATTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTa < 2:225743/141‑1 (MQ=255) aCCTGCATTCGCAAGTATACCAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGc > 1:269637/1‑141 (MQ=255) ccTTCATTCGCAAGTATACCAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCt < 2:676856/141‑1 (MQ=255) aTTCTCAAGTAGACCACCACCAAGACTCATTACACACTTAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTTCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAAtt < 1:838261/141‑1 (MQ=255) ttCGCAAGTATACCAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTa < 1:15347/141‑1 (MQ=255) cGCAAGTATACCAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAGATTACt > 2:542193/1‑141 (MQ=255) cGCAAGTATACCAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACt > 2:771701/1‑141 (MQ=255) gCAAGTATACCAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTCAATGCTAAATTACTc > 2:752772/1‑141 (MQ=255) gCAAGTATACCAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTCAATGCTAAATTACTc > 2:768608/1‑141 (MQ=255) gCAAGTATACCAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTCAATGCTAAATTACTc > 2:333781/1‑141 (MQ=255) cAAGTATACCAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCa < 1:817630/141‑1 (MQ=255) cAAGTATACAAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAACAAATAATGTTAATGCTAAATTACtga > 1:668495/1‑139 (MQ=255) aaGTATACCAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCaa < 1:235821/141‑1 (MQ=255) aGTATACCAACACCAAACCCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAAt < 1:219942/141‑1 (MQ=255) aGTATACCAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACACACCTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAAt < 2:94026/141‑1 (MQ=255) ggataCCAACATCAAAACCAATTAACTACATAATTAAAAACGCTTGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATa < 2:518817/139‑1 (MQ=255) cAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTGATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACtttt < 2:466223/141‑1 (MQ=255) acacCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGa < 1:795488/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) acacATAATTAAAAACGCTCGATTTAATTCTTCTCGTGCATTACCTTGTACACTAAAACTAATAAATGTGTTAAAACAAATACTACTAAACAATGTTAATGCTAACATATTTCATACCTTTTGCTATTTATCGCCAACaaa < 2:669830/141‑1 (MQ=255) acaaTAAAAAACGCTCATTTTAATTCTTCTCTTGCATAACCTTGTACACTAAAAATAACAAATGCGTTAAAACAAACAATAACAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCg < 2:589458/139‑1 (MQ=255) aaTTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCGTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCgac < 2:236277/141‑3 (MQ=255) aTTAAAATCGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCg < 1:836942/141‑1 (MQ=255) aTTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATGGCCAACAAATTCGCCg > 1:872041/1‑141 (MQ=255) aaaaCTGTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTAAACTAAAAAGACTAGATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGAttt < 2:97223/141‑1 (MQ=255) aaaaCGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATACCTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGAttt < 2:39323/141‑1 (MQ=255) cGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTTCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATc < 1:187867/141‑1 (MQ=255) gCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATcc < 2:284737/141‑1 (MQ=255) gCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATcc < 2:29798/141‑1 (MQ=255) gCTCCTTTTAATGCTGCTCTTGCATTACCTTCTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATcc < 1:1581/141‑1 (MQ=255) aaaTGCCTCCCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATc 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ttGCATTACCGTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACAt < 1:888817/141‑1 (MQ=255) tGCATTACCCTGTACACTAAATATAATAAATGCATTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATACCTCTTGTTATATATCACCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAACATCATTAATAACATc < 2:675150/141‑1 (MQ=255) gCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAATTTACTCAATGTATTCAGACACAAAGCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCt > 1:171778/1‑141 (MQ=255) ttGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATCACATCTAATTGaaa < 1:485556/141‑1 (MQ=255) ttGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGaaa < 2:22766/141‑1 (MQ=255) ttGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGaaa < 1:283842/141‑1 (MQ=255) tGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGaaat > 1:254234/1‑141 (MQ=255) gTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGaaata > 1:183271/1‑141 (MQ=255) cacTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTACTGCTAAATTACTCAATAACTGTTGATATATATTGCCAACAAAATCGCCGTTTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGaaataaat < 2:510560/141‑1 (MQ=255) aataatAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAAt < 2:853865/141‑1 (MQ=255) ataaATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAATATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCa < 1:896028/141‑1 (MQ=255) cGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCATAATCTg < 1:255255/141‑1 (MQ=255) tAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCATAATCTGTaa > 2:481372/1‑141 (MQ=255) acacaaacaaTAATAAAGAAGGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTGTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCATAATCTGTAaca < 1:383243/139‑1 (MQ=255) aaacaaacAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCACCAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCATAAGCTGTAaca > 1:86453/1‑141 (MQ=255) caaacaaTAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTATTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCATAATCTGTAACACCt > 2:215768/1‑141 (MQ=255) aaacaaTAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCATAATCTGTAACACCTg < 2:481832/141‑1 (MQ=255) aacaaTAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAGTCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCATACTCTGTAACACCTGc < 2:622956/141‑1 (MQ=255) acaaTAATAAATAATGTCAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCATAATCTGTAACACCTGCt < 1:768608/141‑1 (MQ=255) acaaTAATAAATAATGTCAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCATAATCTGTAACACCTGCt < 1:752772/141‑1 (MQ=255) acaaTAATAAAGAATGTCAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCATAATCTGTAACACCTGCt < 1:333781/141‑1 (MQ=255) caaTAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAACCGCATAATTTGTAACACGTGcca > 2:662237/1‑139 (MQ=255) taataaATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCATAATCTGTAACACCTGCTaaaa < 2:525896/141‑1 (MQ=255) aataaataATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATCACCGCCACCGACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCATAATCTGTAACACCTGCTAAAAt < 1:518619/141‑1 (MQ=255) aataaataATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCATAATCTGTAACACCTGCTAAAAt < 2:797619/141‑1 (MQ=255) taaataaTGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCTCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCGAATTGCAATACATTTTCAATGGCATAATCTGTAAAAACTGCTCAAATCt > 1:115102/1‑141 (MQ=255) gTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCATAATCTGTAACACCTGCTAAAATCTTAGTCATa < 1:106617/141‑1 (MQ=255) | ATATTACCTGCATTCGCAAGTATACCAACACCAAAACCAATTAAACACATAATTAAAAACGCTCGTTTTAATGCTTCTCTTGCATTACCTTGTACACTAAAAATAATAAATGCGTTAAAACAAACAATAATAAATAATGTTAATGCTAAATTACTCAATAACTTTTGATATATATCGCCAACAAAATCGCCGATTTTATCCGCAAAATCATTAATAACATCTAATTGAAATAAATTTTCAATCGCATAATCTGTAACACCTGCTAAAATCTTAGTCATA > CP000730/685639‑685917 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |