| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 973,213 | C→A | 100% | E175* (GAG→TAG) | USA300HOU_0930 ← | possible HAD superfamily hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 973,213 | 0 | C | A | 100.0% | 186.3 / NA | 59 | E175* (GAG→TAG) | USA300HOU_0930 | possible HAD superfamily hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (30/29); total (30/29) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TATCTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGA > CP000730/973075‑973343 | tATCTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTaaa > 2:433720/1‑141 (MQ=255) ttCTTCATCACCGAATGCACTTATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAGTTGTCTAACTTGCTCACTGCCTCTTGGTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAat < 2:354262/140‑1 (MQ=255) aTCTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAat < 2:743258/141‑1 (MQ=255) catcaCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGAt > 1:821818/1‑141 (MQ=255) atcaCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATc > 1:706017/1‑141 (MQ=255) caCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCgg < 2:432337/141‑1 (MQ=255) caCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCgg < 2:432325/141‑1 (MQ=255) caCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCATCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCgg > 2:139188/1‑141 (MQ=255) ccGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCa < 1:646525/141‑1 (MQ=255) ccGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCa < 2:266196/141‑1 (MQ=255) cGAATGCAATCATATTATTTCGGTCCATATTTAAACATTGTCTAACTTGCTAAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCAt < 1:189251/141‑1 (MQ=255) cGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCCCTTGCTTTATTAATACCAATTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAACGTCGATGCTAAATATGATCGGCAt < 1:406772/141‑1 (MQ=255) cGAATGCAATAATATTATTTCCGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACACATTCAAGGAATGGGCCTTATTCGCCCCAACGTCGATGCTAAATATGATCGGCAt < 1:214686/141‑1 (MQ=255) gAATGCAATAATAGTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATa < 2:108789/141‑1 (MQ=255) aTGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATaaa < 2:870197/141‑1 (MQ=255) gCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATaaaaa < 1:106382/141‑1 (MQ=255) gCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATaaaaa > 1:367568/1‑141 (MQ=255) atatTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTa < 1:239318/141‑1 (MQ=255) attTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCat > 1:909303/1‑141 (MQ=255) attTCGGTCAATATATAAAAATTGTCTAGCTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCat > 1:594613/1‑141 (MQ=255) tCGCTCAATATTTAAAAATTGTCTAAATTGATCAATGCCTCTTGCTTTATCAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACACGCAATGGTGCGCCCCAGCCTCGCTGCTAAATATGATCGGCATCCAAATGAGTAAGCATAtt > 2:610889/1‑141 (MQ=255) ggTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATAtttt < 2:471281/141‑1 (MQ=255) ggTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATAtttt < 2:152620/141‑1 (MQ=255) tCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCCATGCCTCTTGCTTCATTAATACCAAGCTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCGCCCCGTGGATGGTAAATTTGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTg < 2:417338/141‑1 (MQ=255) cAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCTAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGa < 2:51160/141‑1 (MQ=255) aaTATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGAt > 1:3837/1‑141 (MQ=255) aaTATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTACGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCCTAAAAATGATTAAGCCTAGTTTTGAt > 1:3922/1‑141 (MQ=255) atatTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGAtt < 1:103615/141‑1 (MQ=255) agatTTAAAAATTGTCGAGCTTGCTCGACGCCTCTTGCTTTATTAATACCGAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCGCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGAtt < 1:545436/139‑1 (MQ=255) atTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGAttta > 2:56822/1‑140 (MQ=255) aaaaTTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTa < 2:586839/141‑1 (MQ=255) aTTGTCTAACTTCCTCAATGCCTCTTGCATTATTAATACCAAGGTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCACCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTAttt < 1:514470/141‑1 (MQ=255) ttGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTAtttt < 2:156679/141‑1 (MQ=255) cTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCACGTTTTACAATTTCAATGACAGGGCATGGTGCGCCCCAGCGTCGAGGCTAAATATGATCGGCATACAAATGAGTAAGCATATTTTTGGTTTCAGGGATTTTACTTTCTTCgac > 2:793245/1‑139 (MQ=255) aTGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCa > 1:390385/1‑141 (MQ=255) ccTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAAtt < 1:820390/141‑1 (MQ=255) cTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTg < 2:179645/141‑1 (MQ=255) cTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTg < 1:193109/141‑1 (MQ=255) ttaATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTa < 1:139188/141‑1 (MQ=255) tACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAgggg > 1:141069/1‑141 (MQ=255) taGTTTTACAATTTTAAGGATAGGGTATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTc < 2:140135/140‑1 (MQ=255) tttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTGGGCTTCAATTAAAATTGAAGTAGGGGATTCttta > 2:193844/1‑140 (MQ=255) tttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGCTTCTTTc > 1:622217/1‑141 (MQ=255) tttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGGAGGGGATTCTTTc > 2:303044/1‑141 (MQ=255) tttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGGCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTc > 1:575683/1‑141 (MQ=255) tttACAATTTCAATGACAGGGAATGATGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAACATGCGTCAGCATATTTTTGATTTCGGGTATTTTCCTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTTAGGTGGGGGTTTCttta > 2:39049/1‑140 (MQ=255) tACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTGTTTTACTTTCTTCGGGTTCAACTAACATTGAGGAAGGGGATTCTTTCaa > 1:350247/1‑141 (MQ=255) tACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCaa > 1:765337/1‑141 (MQ=255) ttCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGCTGCAGATTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGAc > 1:253242/1‑141 (MQ=255) aaTGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAg < 1:476167/141‑1 (MQ=255) tGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTa > 1:599498/1‑141 (MQ=255) gACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAGAGGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCCTCGGCTTCAATTAAAATTTAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTaa > 1:304032/1‑141 (MQ=255) gACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTaa > 1:303923/1‑141 (MQ=255) gACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATGTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTaa > 2:450469/1‑141 (MQ=255) cAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAAt > 2:170853/1‑141 (MQ=255) gcgcCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGa > 2:433285/1‑141 (MQ=255) gcgcCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATAACCAGTTTGa > 2:257540/1‑141 (MQ=255) cgcCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAGGTAAATTACCAGTTTGaa > 1:693619/1‑141 (MQ=255) cAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCtt > 2:293588/1‑141 (MQ=255) cGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGa < 2:274830/141‑1 (MQ=255) | TATCTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGA > CP000730/973075‑973343 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |