| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 76,180 | C→T | 34.6% | intergenic (+238/‑896) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 76,180 | 0 | C | T | 34.6% | 109.0 / 49.7 | 66 | intergenic (+238/‑896) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/15); new base T (8/14); total (35/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.29e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.08e-01 | |||||||||||
ATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATT > CP000730/76043‑76318 | aTTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCCA‑AGTTGAATCtat > 1:79244/1‑141 (MQ=255) atatTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAAc < 2:285464/141‑1 (MQ=255) gctgcACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACaaaaa > 2:67191/1‑141 (MQ=255) gcACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGa < 1:76552/141‑1 (MQ=255) aTCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTg > 1:292128/1‑141 (MQ=255) attAAAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATg < 2:211292/140‑1 (MQ=255) ttAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGa > 1:348948/1‑141 (MQ=255) cAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACACTTGAGTGTTTTCTGTATGAACTAtt < 2:254627/141‑1 (MQ=38) aaCCAAAGTGTTAGTAGTCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGa > 1:212122/1‑141 (MQ=255) aCCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCAGTATGAACTATTTCAGat > 1:176824/1‑141 (MQ=255) gtTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCGGTATGAACTATTTCCGATATAAACaa > 2:114905/1‑141 (MQ=255) ggtAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTAAAGTATAATTGTAATCAACAGACAGCTTCTGTATGAACTATTTAGGATCTaagaaa > 2:251470/3‑137 (MQ=25) ttAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAAt > 2:353397/1‑141 (MQ=255) aGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAAttt < 1:352890/141‑1 (MQ=255) aTCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACa > 2:216849/1‑141 (MQ=255) ccAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTCTGGAAGATTTGTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAg > 1:260613/1‑141 (MQ=25) ggAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATg > 1:330841/1‑141 (MQ=255) tAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCAc > 2:260730/1‑141 (MQ=255) aaCACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTATTCTGTATGAACTATTTCAGATATGCACTAGTTAACAAGGATGTTATCACt < 2:254141/141‑1 (MQ=21) acacAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTg < 2:239842/141‑1 (MQ=255) aaaGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGc < 1:149501/141‑1 (MQ=255) cAATTAATTTAATAATTATAGCAAAGTATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATGTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTg > 2:199508/1‑141 (MQ=255) ttaatAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTAt < 1:174851/141‑1 (MQ=255) ataGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGatat > 2:153709/1‑141 (MQ=255) gCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCa < 1:294525/141‑1 (MQ=255) gCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGATACTATCTAAGATATGCa > 1:292785/1‑141 (MQ=255) cagttaggaGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCAt > 1:315747/9‑141 (MQ=1) cagttaggaGGTTCTGTTGAAAGCGTTG‑ATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTACCCAAGATATGCAt > 2:76881/9‑141 (MQ=11) agtaaatgaGGTTCTGTTGCAA‑AGTTTAACTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCAt < 2:214506/133‑1 (MQ=11) gttaggaGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATTTATAATATAATTTTACGCTAATGGCGTCTGCTTTATTAACTATTTCAGATATAAACTATTTTACGATGAGGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTg < 2:343856/135‑1 (MQ=2) gttaggaGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTg < 1:186757/135‑1 (MQ=255) gttaggaGGTTCTGGTGCAA‑AGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTg < 1:91643/135‑1 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(MQ=255) aatgaGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAg < 2:7551/137‑1 (MQ=2) tataGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGt < 1:341334/141‑1 (MQ=38) tataGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGt < 1:331156/141‑1 (MQ=39) atgaGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGt < 1:334623/138‑1 (MQ=2) atgaGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGt < 1:95422/138‑1 (MQ=9) aggaGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAgc > 1:4434/4‑140 (MQ=2) tgaGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGtt < 2:301061/139‑1 (MQ=9) ggaGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAgct > 2:245063/3‑139 (MQ=0) gaGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTa > 1:192789/2‑141 (MQ=14) gaGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATTGATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTATGTGTGAACTATTTCTGGTATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGTCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTa > 1:261903/2‑141 (MQ=1) aGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTAt < 1:307768/141‑1 (MQ=2) aGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTAt > 1:166708/1‑141 (MQ=0) aGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATGTGCTTTGAGTTAt > 1:52768/1‑141 (MQ=25) aGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTac > 2:214690/1‑140 (MQ=37) aGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTAt > 1:181493/1‑141 (MQ=35) aGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTAt > 2:321021/1‑141 (MQ=35) ggTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCGGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATc > 1:323099/1‑141 (MQ=25) ggTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATc > 2:248020/1‑141 (MQ=35) gTTCTGTTGCAA‑ATTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCg < 1:65202/141‑1 (MQ=25) gTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATATATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCg > 1:218156/1‑141 (MQ=12) tcttccAA‑AGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCATCGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGat < 1:245679/136‑1 (MQ=1) aa‑aGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCt > 1:219407/1‑141 (MQ=35) aa‑aGTTGAATCGATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAAAAACAATTTAACATGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAGGTTATGCTTTTAGTTATCGTGatattttt > 1:158931/1‑137 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ATTTAATATAACTAATATTGCTGCACCTGTATCACTTAGAACAGCTAACCAAAGTGTTAGTAATCCAGGGAATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAA‑AGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATT > CP000730/76043‑76318 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |