| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,876 | C→T | 60.1% | intergenic (+107/+1) | USA300HOU_0025 → / ← USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,876 | 0 | C | T | 60.1% | ‑1.7 / 81.7 | 83 | intergenic (+107/+1) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/15); new base T (24/25); total (43/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.93e-01 | |||||||||||
AGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACC > CP000730/35736‑36016 | aGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑c > 2:175547/1‑141 (MQ=255) gCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAGAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAATATGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTTG‑Ct > 2:177437/1‑141 (MQ=255) cTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑Ctt < 1:289245/141‑1 (MQ=255) cTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑Ctt > 2:275276/1‑141 (MQ=255) 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1:83195/135‑1 (MQ=11) gtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg > 1:166320/7‑141 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATGACTAATATATAATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCCTGGCGAAGAGCCGTAGATCTGAAGTGACATgg > 2:271487/6‑140 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 1:295848/136‑1 (MQ=11) attttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg > 1:254896/5‑141 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg > 2:184893/4‑141 (MQ=11) 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2:269101/2‑141 (MQ=11) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCTTGTTAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGTAAATTCGTAGGTTTGATGAGACCTGCgggt > 2:296495/2‑139 (MQ=11) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTGGATCTGAAGAGACCTGCGGtt > 2:144807/2‑141 (MQ=11) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTACAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGtt > 2:319691/2‑141 (MQ=11) taataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTc < 2:295532/141‑1 (MQ=11) ttaaaGTTTCTGATGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtat < 2:134037/138‑1 (MQ=0) tAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtat > 2:152680/1‑141 (MQ=32) gctgggtCTGTTGCAAAGGAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATATCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtatat > 2:263720/7‑141 (MQ=0) aaaGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtttata < 2:217198/140‑1 (MQ=2) tgttaaaaaGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTAGCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTa < 2:114869/135‑1 (MQ=0) cctactatATCATGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCt < 1:39724/134‑1 (MQ=0) tcctGTCAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTAt < 1:334428/138‑1 (MQ=1) cAGTGTTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCATTGCCGTATTGATAc < 1:266696/141‑1 (MQ=11) cAGTGTTCG‑TTTAACCTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATAc < 1:142114/141‑1 (MQ=2) ggttttCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATACGTAGATCTGAAGAGCTCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACAATCAATACCTTTTATTGTAGCCGTTGCTGTATTGATACt < 2:318458/137‑1 (MQ=11) gttgtCG‑TTTAACTTGCTAGCGTGATGCTAATTTCGGGGCATGGCGAAAACCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACtt < 1:79420/137‑1 (MQ=11) gtgtTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTCAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACtt > 1:219203/1‑141 (MQ=11) gtgtTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACtt > 1:46401/1‑141 (MQ=17) gtgtGCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACtt < 2:301204/141‑1 (MQ=11) tgtTGG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGGATTCTTTGCTGTATTGATCCttt > 2:216968/1‑141 (MQ=9) tgtTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACttt < 2:61104/141‑1 (MQ=11) tgtTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACttt > 2:71151/1‑141 (MQ=17) tgtTCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACttt > 1:319694/1‑141 (MQ=17) tgtTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCTTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACttt < 1:207838/141‑1 (MQ=17) gtTCG‑TTTAACTTGCTAGCGTGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTAAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTg > 2:200285/1‑141 (MQ=11) ggtCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTg < 1:149450/139‑1 (MQ=17) ttCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGa > 1:212136/1‑141 (MQ=255) ttCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGa < 1:129136/141‑1 (MQ=255) ttCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGa < 1:312404/141‑1 (MQ=255) ttCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGa < 1:213419/141‑1 (MQ=11) ttCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGa > 1:166023/1‑141 (MQ=17) tCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTCGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTACAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGAt < 1:140928/141‑1 (MQ=11) tCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGAt > 1:122447/1‑141 (MQ=255) tCG‑TTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATAAATAGGTCTTATGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATTGATTCAAGACCTTTTTAATGATTCTTTTCCGTATTGATACTTTggt > 1:207518/1‑139 (MQ=11) 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(MQ=17) g‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAACATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc > 1:279781/1‑141 (MQ=17) g‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc > 1:182974/1‑141 (MQ=17) cTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc > 1:204980/1‑141 (MQ=17) | AGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCG‑CTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACC > CP000730/35736‑36016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |