| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,463,475 | T→C | 14.9% | intergenic (+316/‑21) | USA300HOU_2325 → / → USA300HOU_2326 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase/ESS family glutamate:sodium (Na+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,463,475 | 0 | T | C | 14.9% | 50.5 / 4.2 | 28 | intergenic (+316/‑21) | USA300HOU_2325/USA300HOU_2326 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase/ESS family glutamate:sodium (Na+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/14); new base C (2/2); total (12/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.14e-01 | |||||||||||
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TTATAATTATTAAATTTAGATGCATTAATATTATTGATATTATTTTCAAAAACTAGAAATATTGATTTGTTGCATGTATAATGTTAAAAGCGCCCTTTTATAACGCTTACATATAAAAGCTTATTTAGGGAGAGGGATATTCAACAAGGGGGATTTGAAAATGATAGAACTTAATGCAATTACAACATTATGTTTAGCTTGTATCCTTTATTTACTTGGTAAGGCTATCGTTAATCACGTTAATTTTTTAAAACGTATTTGTATACCAGCACCAGTGATT > CP000730/2463336‑2463615 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |